هذا هو الأمر gmx-make_ndx الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-make_ndx - عمل ملفات الفهرس
موجز
جي إم إكس make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-الناتوم ] [-[ليس فوز]
الوصف
مجموعات الفهرس ضرورية لكل برنامج من برامج GROMACS تقريبًا. كل هذه البرامج يمكن
إنشاء مجموعات فهرس افتراضية. ما عليك سوى استخدام ملفات GMX جعل_ندكس عندما تحتاج إلى SPECIAL
مجموعات الفهرس. توجد مجموعة فهرس افتراضية للنظام بأكمله ، 9 مجموعات فهرس افتراضية
للبروتينات ، ويتم إنشاء مجموعة فهرس افتراضية لكل اسم متبقي آخر.
في حالة عدم توفير ملف فهرس أيضًا GMX جعل_ندكس سوف تولد المجموعات الافتراضية. مع
محرر الفهرس يمكنك تحديد أسماء وأرقام الذرة والبقايا والسلسلة. عندما يركض
يتم توفير ملف الإدخال ويمكنك أيضًا تحديد نوع atom. يمكنك استخدام NOT و AND و OR
يمكن تقسيم المجموعات إلى سلاسل أو بقايا أو ذرات. يمكنك حذف وإعادة تسمية المجموعات.
يبدأ الترقيم atom في المحرر وملف الفهرس من 1.
• -التوأم التبديل يكرر كافة مجموعات الفهرس بإزاحة -الناتوم، وهو أمر مفيد
لتركيبات الغشاء مزدوج الطبقة في الفيزيولوجيا الكهربية الحسابية.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro) (اختياري)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس
خيارات أخرى:
-الناتوم 0
تعيين عدد الذرات (الافتراضي: قراءة من ملف تنسيق أو فهرس)
-[ليس فوز (لا)
قم بتكرار كل مجموعات الفهرس بإزاحة -natoms
استخدم gmx-make_ndx عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
