هذا هو الأمر gmx-spol الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-spol - تحليل اتجاه المذيب ثنائي القطب والاستقطاب حول المواد المذابة
موجز
جي ام اكس سبول [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[حاليا]
[-xvg ] [-[لا كوم] [-رفات ] [-رمين ]
[-رماكس ] [- تراجع ] [-وزن الجسم ]
الوصف
GMX الجنس يحلل ثنائيات القطب حول المذاب ؛ إنه مفيد بشكل خاص للمياه القابلة للاستقطاب.
مجموعة ذرات مرجعية ، أو مركز مرجع جماعي (خيار -كوم) ومجموعة من
مطلوب ذرات المذيبات. يقسم البرنامج مجموعة ذرات المذيبات إلى جزيئات.
لكل جزيء مذيب المسافة إلى أقرب ذرة في المجموعة المرجعية أو إلى
تم تحديد COM. يتم رسم التوزيع التراكمي لهذه المسافات. لكل
المسافة بين -رمين و -رماكس المنتج الداخلي لمتجه المسافة وثنائي القطب
يتم تحديد جزيء المذيب. بالنسبة لجزيئات المذيبات ذات الشحنة الصافية (الأيونات) ، فإن
يتم طرح صافي شحنة الأيون بالتساوي من جميع الذرات عند اختيار كل أيون.
تتم طباعة متوسط هذه المكونات ثنائية القطب. وينطبق الشيء نفسه على الاستقطاب ،
حيث يتم طرح متوسط ثنائي القطب من ثنائي القطب اللحظي. حجم
يتم تعيين متوسط ثنائي القطب مع الخيار - تراجع، يتم تحديد الاتجاه بواسطة المتجه من
الذرة الأولى في مجموعة المذيبات المختارة إلى نقطة المنتصف بين الثانية و
الذرة الثالثة.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
-[لا كوم (لا)
استخدم مركز الكتلة كموقع مرجعي
-رفات 1
الذرة المرجعية لجزيء المذيب
-رمين 0
المسافة القصوى (نانومتر)
-رماكس 0.32
المسافة القصوى (نانومتر)
- تراجع 0
متوسط ثنائي القطب (D)
-وزن الجسم 0.01
عرض الصندوق
استخدم gmx-spol عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
