gmx-tcaf - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-tcaf - حساب لزوجة السوائل

موجز

جي إم إكس تي كاف [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-لا [<.xvg>]] [-وا [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-من [<.xvg>]]
[-أوك [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] مول] [-[لا]ك34]
[-وزن ] [-تقلب ] [- [لا] تطبيع] [-P ]
[- فيتفن ] [-البدء ] [-نظافه ]

الوصف

GMX com.tcaf يحسب الارتباطات الذاتية الحالية العرضية. وتستخدم هذه لتقدير
لزوجة القص، إيتا. لمزيد من التفاصيل انظر: بالمر، فيز. القس ه 49 (1994) ص 359-366.

يتم حساب التيارات المستعرضة باستخدام المتجهات k (1,0,0،2,0,0،XNUMX) و (XNUMX،XNUMX،XNUMX) لكل منهما أيضًا
ال y- و z-الاتجاه، (1,1,0،1،1,0) و (2،-XNUMX،XNUMX) أيضًا في المستويين الآخرين (هذه
المتجهات ليست مستقلة) و (1,1,1،3،XNUMX) والأقطار الثلاثة الأخرى (أيضًا ليست كذلك
مستقل). لكل متجه k يتم استخدام الجيب وجيب التمام، بالاشتراك مع
السرعة في اتجاهين متعامدين. وهذا يعطي إجمالي 2*16*2=2 عرضيًا
التيارات. يتم حساب ارتباط تلقائي واحد لكل ناقل k، مما يعطي 16
TCAFs. تم تجهيز كل من TCAFs هذه بـ f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)))، v = -t/(2
tau)، W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2)، والذي يعطي 16 قيمة لـ tau وeta. القياس
تتحلل الأوزان بشكل كبير مع ثابت الوقت w (يعطى مع -وزن) مثل exp(-t/w)، و
يتم حساب TCAF والملاءمة حتى وقت 5*w. ينبغي تركيب قيم إيتا على 1 - أ
eta(k) k^2، والتي يمكن من خلالها تقدير لزوجة القص عند k=0.

عندما يكون الصندوق مكعبا، يمكن للمرء استخدام الخيار -أوك، والذي يبلغ متوسط ​​TCAFs على الإطلاق
ناقلات k بنفس الطول. وهذا يؤدي إلى TCAFs أكثر دقة. كلا مكعب
تتم كتابة TCAFs والنوبات ل -أوك تتم كتابة تقديرات إيتا المكعبة أيضًا -ov.

مع خيار -مول، يتم تحديد التيار العرضي للجزيئات بدلاً من الذرات. في
في هذه الحالة، يجب أن تتكون المجموعة الفهرسية من أرقام الجزيئات بدلاً من أرقام الذرات.

اللزوجة التي تعتمد على k في -ov يجب أن يكون الملف ملائمًا لـ eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
للحصول على اللزوجة عند الطول الموجي اللانهائي.

ملحوظة: تأكد من كتابة الإحداثيات والسرعات بشكل كافٍ. الأولي،
غير الأسي، جزء من وظيفة الارتباط التلقائي مهم جدًا للحصول على أ
لياقه جيده.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (تراج.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-لا [<.xvg>] (transcur.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-وا [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr / xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr / xmgr

-من [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr / xmgr

-أوك [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

- [لا] مول (لا)
حساب TCAF من الجزيئات

-[لا]ك34 (لا)
استخدم أيضًا k=(3,0,0) وk=(4,0,0)

-وزن 5
وقت الاضمحلال الأسي لأوزان TCAF المناسبة

-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات

- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF

-P 0
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3

- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9

-البدء 0
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط

-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية

استخدم gmx-tcaf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net