هذا هو الأمر go2rdfp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
go2fmt ، go2obo_xml ، go2owl ، go2rdf_xml ، go2obo_text - أداة التحويل وأغلفةها
موجز
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / *. ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml الأنطولوجيا / gene_ontology.obo
الوصف
يوزع أي ملف أنطولوجيا نمط GO / OBO ويكتب بتنسيق مختلف
الحجج
-e خطأ
يكتب أخطاء التحليل في XML - الإعدادات الافتراضية لـ STDERR (يجب ألا يكون هناك أخطاء في التحليل بشكل جيد
الملفات المشكلة)
-p FORMAT
يحدد المحلل اللغوي الذي يجب استخدامه ؛ إذا تركت دون تحديد ، فستقوم بالتخمين بناءً على الملف
لاحقة. انظر أدناه للحصول على الأشكال
-w | كاتب FORMAT
تنسيق الإخراج - انظر أدناه للحصول على القائمة
- | xslt XSLT
اسم أو اسم ملف تحويل XSLT
يمكن أن يكون هذا إما مسارًا مطلقًا لملف في أي مكان على نظام الملفات ، أو يمكنه ذلك فقط
يكون اسم xslt ؛ على سبيل المثال
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
إذا تم تحديد الاسم ، فسيتم أولاً البحث عن $ GO_ROOT / xml / xsl / *. xsl ؛ لو
لم يتم تعيين GO_ROOT ، ثم سيتم البحث في وحدات perl النمطية dir حيث تم تثبيت GO (ملف
سيتم تثبيت xslts هنا تلقائيًا إذا اتبعت عملية التثبيت العادية)
-ادفع نقدا
إذا تم تحديد رمز التبديل هذا ، فسيتم تشغيل وضع التخزين المؤقت.
باستخدام وضع التخزين المؤقت ، في المرة الأولى التي تقوم فيها بتحليل ملف ، سيكون الملف الإضافي
يتم تصديرها بتنسيق خاص سريع التحليل. سيكون لهذا الملف نفس اسم الملف
كملف أصلي ، إلا أنه سيكون له لاحقة ". ذاكرة التخزين المؤقت".
في المرة التالية التي تقوم فيها بتحليل الملف ، سيقوم هذا البرنامج تلقائيًا بالتحقق من وجوده
من ملف "ذاكرة التخزين المؤقت". إذا كان موجودًا ، وكان أحدث من الملف الذي حددته ، فهذا
بدلا من ذلك. إذا لم يكن موجودًا ، فسيتم إعادة بنائه.
سيؤدي ذلك إلى تحسين سرعة b من تنسيقات الإخراج أدناه (مثل
قائمة المسار). تعمل معظم تنسيقات الإخراج مع التحليل المستند إلى الحدث ، لذا فإن التخزين المؤقت للكائن يجلب
لا فائدة وسيكون في الواقع أبطأ من تجاوز ذاكرة التخزين المؤقت
صيغ
التنسيقات القابلة للكتابة هي
go_ont
الملفات ذات اللاحقة ".ontology"
هذه تخزن DAGs الوجودية
go_def
الملفات ذات اللاحقة ".defs"
go_xref
مراجع قاعدة البيانات الخارجية لشروط GO
الملفات ذات اللاحقة "2go" (على سبيل المثال ، ec2go ، metacyc2go)
go_assoc
شروح الجينات أو المنتجات الجينية باستخدام GO
الملفات ذات البادئة "gene-Association".
obo_text
الملفات ذات اللاحقة ".obo"
هذا هو تنسيق ملف جديد لاستبدال تنسيقات GO المسطحة الحالية. هو - هي
يتعامل مع الأنطولوجيا والتعريفات و xrefs (ولكن ليس الجمعيات)
obo_xml
الملفات ذات اللاحقة ".obo.xml" أو ".obo-xml"
هذا هو إصدار XML من تنسيق ملف OBO الثابت أعلاه
لغة حاسوب
حقائق برولوج - ستحتاج إلى مترجم برولوج / مترجم فوري لاستخدامها. تستطيع
سبب هذه الحقائق باستخدام Obol أو مشروع Bio-LP القادم
tbl تمثيل جدولي بسيط (ضياع)
ملخص
يمكن استخدامها في كل من ملفات الأنطولوجيا وملفات الارتباط
قائمة المسار
يظهر كل المسارات إلى الجذر
تنسيق owl OWL (الافتراضي: OWL-DL)
OWL هو تنسيق قياسي W3C للأنطولوجيا
ستحتاج إلى ملفات XSL من توزيعة go-dev الكاملة لتشغيل هذا ؛ انظر XML
قسم فيhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
تمثيل YAML لكائن GO :: Model :: Graph
obj_storable
تفريغ كائن perl GO :: Model :: Graph. تحتاج إلى Storable من CPAN لهذا الغرض
الشغل. يهدف هذا إلى تخزين الكائنات مؤقتًا على نظام الملفات ، للوصول السريع. ال
قد لا يكون تمثيل obj_storable محمولاً
text_html
تنسيق إخراج OBO بتنسيق html-ified
الله
XML الذي يعين مباشرةً مخطط GODB العلائقي (يمكن تحميله بعد ذلك باستخدام
الأيل-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML الذي يعين مباشرة مخطط Chado العلائقي (يمكن بعد ذلك تحميله باستخدام
الأيل-storenode.pl)
وثائق
<http://www.godatabase.org/dev>
استخدم go2rdfp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
