هذا هو الأمر hmm2fetch الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmm2fetch - استرداد HMM من قاعدة بيانات HMM
موجز
hmm2fetch [خيارات] قاعدة بيانات الاسم
الوصف
hmm2fetch هي أداة مساعدة صغيرة تسترجع HMM تسمى الاسم من قاعدة بيانات نموذج HMMER
تسمى قاعدة البيانات. بتنسيق جديد ، ويطبع هذا النموذج إلى الإخراج القياسي. على سبيل المثال،
hmm2fetch بفام RRM يسترد نموذج RRM (عزر التعرف على RNA) من Pfam ، إذا كان
تم تعيين متغير البيئة HMMERDB على موقع قاعدة بيانات Pfam. تم الاسترجاع
تمت كتابة ملف HMM بتنسيق HMMER 2 ASCII.
يجب أن تحتوي قاعدة البيانات على ملف فهرس GSI مرتبط. لفهرسة قاعدة بيانات HMM ، استخدم ملف
برنامج هموم 2 الفهرس.
OPTIONS
-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.
-n فسر الاسم كرقم HMM بدلاً من اسم. يبدأ الترقيم من 0. For
على سبيل المثال ، لجلب أول HMM من قاعدة بيانات HMM تسمى فو كنت ستفعل
hmm2fetch -n 0 فو.
استخدم hmm2fetch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
