hmm2search - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

hmm2search - ابحث في قاعدة بيانات تسلسلية باستخدام ملف تعريف HMM

موجز

hmm2search [خيارات] هممملف seq

الوصف

hmm2search يقرأ HMM من هممملف وعمليات البحث seq ل مماثلة إلى حد كبير
مباريات التسلسل.

seq سيتم البحث عنه أولاً في دليل العمل الحالي، ثم في الدليل
تمت تسميته بواسطة متغير البيئة BLASTDB. يتيح ذلك للمستخدمين استخدام قواعد بيانات BLAST الموجودة،
إذا تم تكوين BLAST للموقع.

hmm2search قد يستغرق تشغيله دقائق أو حتى ساعات، اعتمادًا على حجم التسلسل
قاعدة البيانات. إنها فكرة جيدة لإعادة توجيه الإخراج إلى ملف.

يتكون الإخراج من أربعة أقسام: قائمة مرتبة لأفضل تسلسلات التسجيل، أ
قائمة مرتبة لأفضل مجالات التسجيل، والمحاذاة لجميع مجالات أفضل التسجيل، و
رسم بياني للعشرات. قد تكون درجة التسلسل أعلى من درجة المجال لـ
نفس التسلسل إذا كان هناك أكثر من مجال واحد في التسلسل؛ تأخذ درجة التسلسل
في الاعتبار جميع المجالات. جميع التسلسلات سجلت أعلى من -E و -T تظهر القطع
في القائمة الأولى، ثم كل المجال الموجود في هذه القائمة يظهر في القائمة الثانية
زيارات المجال. إذا رغبت في ذلك، يمكن أيضًا تطبيق عتبات القيمة الإلكترونية ونقاط البت على
قائمة المجال باستخدام --قبة و --domT خيارات.

OPTIONS

-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.

-A يحد من إخراج المحاذاة إلى أفضل مجالات التهديف. -A0 يغلق
محاذاة الإخراج ويمكن استخدامها لتقليل حجم ملفات الإخراج.

-E قم بتعيين الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية لقائمة النتائج المصنفة لكل تسلسل على و أين هو
عدد حقيقي موجب الافتراضي هو 10.0. النتائج ذات القيم الإلكترونية أفضل من (أقل
من) سيتم عرض هذه العتبة.

-T قم بتعيين قطع نقاط البت لقائمة النتائج المصنفة لكل تسلسل على و أين is
عدد حقيقي. الافتراضي هو اللانهاية السلبية؛ بشكل افتراضي، العتبة هي
يتم التحكم فيها عن طريق القيمة الإلكترونية وليس عن طريق نقاط البت. الزيارات بدرجات بت أفضل من
(أكبر من) سيتم عرض هذه العتبة.

-Z احسب درجات القيمة الإلكترونية كما لو أننا رأينا قاعدة بيانات تسلسلية
تسلسلات. الافتراضي هو عدد التسلسلات التي تظهر في ملف قاعدة البيانات الخاصة بك
.

EXPERT OPTIONS

- كومبات
استخدم تنسيق إخراج HMMER 2.1.1، الإصدار العام 1998-2001؛ بشرط ذلك
2.1.1 لا يلزم إعادة كتابة المحلل اللغوي.

--وحدة المعالجة المركزية
يضبط الحد الأقصى لعدد وحدات المعالجة المركزية (CPU) التي سيتم تشغيل البرنامج عليها. الافتراضي هو استخدام
جميع وحدات المعالجة المركزية في الجهاز. يتجاوز متغير البيئة HMMER_NCPU. فقط
يؤثر على الإصدارات المترابطة من HMMER (الافتراضي في معظم الأنظمة).

--cut_ga
استخدام قطع النتيجة Pfam GA (عتبة التجميع). أي ما يعادل --globT
--domT ، ولكن تتم قراءة القطع المقطوعة GA2 وGA1 من ملف HMM. hmm2build
يضع هذه القطع هناك إذا تم وضع تعليق توضيحي على ملف المحاذاة بطريقة صديقة لـ Pfam
تنسيق المحاذاة (تنسيق SELEX أو ستوكهولم الممتد) وGA الاختياري
كان سطر التعليق التوضيحي موجودًا. إذا لم يتم تعيين هذه القطع في ملف HMM، --cut_ga
لا يعمل.

--cut_tc
استخدم قطع النقاط Pfam TC (القطع الموثوق به). أي ما يعادل --globT --domT
، ولكن تتم قراءة القطع المقطوعة TC2 وTC1 من ملف HMM. hmm2build يضع هذه
قطع هناك إذا تم شرح ملف المحاذاة في محاذاة صديقة لـ Pfam
(تنسيق SELEX أو تنسيق ستوكهولم الممتد) وكان خط التعليق التوضيحي TC الاختياري
حاضر. إذا لم يتم تعيين هذه القطع في ملف HMM، --cut_tc لا يعمل.

--cut_nc
استخدام قطع النتيجة Pfam NC (قطع الضوضاء). أي ما يعادل --globT --domT ,
ولكن تتم قراءة قطع NC1 وNC2 من ملف HMM. hmm2build يضع هذه
قطع هناك إذا تم شرح ملف المحاذاة في محاذاة صديقة لـ Pfam
(تنسيق SELEX أو تنسيق ستوكهولم الممتد) وكان خط التعليق التوضيحي NC الاختياري
حاضر. إذا لم يتم تعيين هذه القطع في ملف HMM، --cut_nc لا يعمل.

--قبة
قم بتعيين الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية لقائمة النتائج المصنفة لكل مجال على و أين هو
عدد حقيقي موجب الافتراضي هو اللانهاية. بشكل افتراضي، كافة المجالات في
سيتم الإبلاغ عن التسلسلات التي تجاوزت العتبة الأولى في القائمة الثانية
أن عدد المجالات المبلغ عنها في القائمة لكل تسلسل يتوافق مع
الرقم الذي يظهر في القائمة لكل مجال.

--domT
قم بتعيين الحد الأقصى لنقاط البت لقائمة النتائج المصنفة لكل مجال على و أين هو
عدد حقيقي. الافتراضي هو اللانهاية السلبية؛ بشكل افتراضي، كافة المجالات في
سيتم الإبلاغ عن التسلسلات التي تجاوزت العتبة الأولى في القائمة الثانية
أن عدد المجالات المبلغ عنها في القائمة لكل تسلسل يتوافق مع
الرقم الذي يظهر في القائمة لكل مجال. مهم ملاحظة: مجال واحد فقط في
يتم التحكم في التسلسل تمامًا بواسطة هذه المعلمة، أو بواسطة --domT. الثاني و
النطاقات اللاحقة في التسلسل لها عتبة نقاط فعلية تبلغ 0 لأن
تفاصيل كيفية عمل HMMER. يتطلب HMMER تمريرة واحدة على الأقل عبر
النموذج الرئيسي لكل تسلسل؛ للقيام بأكثر من تمريرة واحدة (أكثر من مجال واحد).
يجب أن تحصل محاذاة النطاقات المتعددة على درجة أفضل من محاذاة النطاق الفردي،
وبالتالي يجب أن تساهم المجالات الإضافية في النتيجة الإيجابية. راجع دليل المستخدمين
لمزيد من التفاصيل.

--إلى الأمام
استخدم خوارزمية Forward بدلاً من خوارزمية Viterbi لتحديد كل
عشرات التسلسل. لا يزال يتم تحديد النتائج لكل مجال بواسطة خوارزمية Viterbi.
جادل البعض بأن Forward هي خوارزمية أكثر حساسية للكشف عن بعد
متماثلات التسلسل؛ ومع ذلك، فإن تجاربي مع HMMER لم تؤكد ذلك.

--معلومات
تأكد من أن الإدخال seq في شكل ؛ لا تقم بتشغيل تنسيق Babelfish
الاكتشاف التلقائي. هذا يزيد من موثوقية البرنامج إلى حد ما ، لأن
Babelfish يمكن أن يخطئ. موصى به بشكل خاص لغير المراقبين ، عالية
يدير الصبيب من HMMER. تتضمن سلاسل التنسيق الصالحة FASTA و GENBANK و EMBL و GCG و
PIR و STOCKHOLM و SELEX و MSF و CLUSTAL و PHYLIP. انظر دليل المستخدم للحصول على ملف
قائمة كاملة.

--null2
قم بإيقاف تشغيل النموذج الفارغ الثاني المخصص. بشكل افتراضي، يتم إعادة تسجيل كل محاذاة بواسطة
خطوة ما بعد المعالجة تأخذ في الاعتبار التكوين المتحيز المحتمل في أي منهما
HMM أو التسلسل المستهدف. وهذا أمر ضروري تقريبا في عمليات البحث في قاعدة البيانات،
خاصة مع نماذج المحاذاة المحلية. هناك فرصة ضئيلة جدا أن هذا
قد تؤدي المعالجة اللاحقة إلى إزالة التطابقات الحقيقية، وفي هذه الحالات --null2 أيمكن إثباته
الحساسية على حساب تقليل الخصوصية عن طريق السماح بتكوين متحيز
يضرب من خلال.

--pvm تشغيل على آلة افتراضية متوازية (PVM). يجب أن يكون PVM قيد التشغيل بالفعل. ال
برنامج العميل hmm2search-pvm يجب تثبيته على جميع عقد PVM. PVM اختياري
يجب أن يكون قد تم تجميع الدعم في HMMER.

--xnu قم بتشغيل تصفية XNU لتسلسلات البروتين المستهدفة. ليس له أي تأثير على الحمض النووي
تسلسلات. في التجارب التجريبية، --xnu يبدو أن أداءه أقل جودة من
النموذج الافتراضي بعد المخصص null2.

استخدم hmm2search عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net