هذا هو الأمر hmmalign الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmmalign - محاذاة التسلسلات إلى ملف تعريف HMM
موجز
hmmalign [خيارات]
الوصف
قم بإجراء محاذاة تسلسلية متعددة لجميع التسلسلات بتنسيق من خلال مواءمتها
بشكل فردي إلى ملف التعريف HMM في . المحاذاة الجديدة هي الإخراج إلى المعياري in
تنسيق ستوكهولم.
• يجب أن يحتوي على ملف تعريف واحد فقط. إذا كان يحتوي على المزيد ، فقط الأول
سيتم استخدام الملف الشخصي في الملف.
كل or (ولكن ليس كلاهما) قد تكون "-" (شرطة) ، مما يعني قراءة هذا
نموذج الادخال ستدين بدلا من ملف.
التسلسل في يتم محاذاة في وضع المحاذاة المحلية unihit. لذلك هم
يجب أن يكون معروفًا بالفعل أنه يحتوي على مجال واحد فقط (أو جزء من واحد). ال
قد تحدد المحاذاة المثلى بعض البقايا على أنها غير متجانسة (حالات N و C) ، حيث
في حالة استمرار تضمين هذه البقايا في المحاذاة الناتجة ، ولكن يتم دفعها إلى الخارج
حواف. لتقليم هذه البقايا غير المتجانسة من النتيجة ، انظر --تقليم
الخيار.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.
-o قم بتوجيه محاذاة الإخراج إلى ملف و بدلا من com.stdout.
--مابالي
دمج المحاذاة الموجودة في الملف في النتيجة ، أين هو بالضبط
نفس المحاذاة التي تم استخدامها لبناء النموذج في . يتم ذلك باستخدام ملف
خريطة أعمدة المحاذاة لمواقع ملف التعريف المتفق عليها والمخزنة في ملف
. المحاذاة المتعددة في سيتم استنساخه بالضبط في ملف
أعمدة الإجماع (كما هو محدد بواسطة ملف التعريف) ، ولكن المحاذاة المعروضة بتنسيق
قد يتم تعديل إدراج أعمدة ، لأن الإدخالات المتعلقة بملف التعريف تكون كذلك
تعتبر من خلال الاتفاقية بيانات غير محاذاة.
--تقليم تقليم البقايا غير المتجانسة (المخصصة للحالات N و C في المحاذاة المثلى)
من ناتج المحاذاة المتعددة الناتج.
--امينو
حدد أن كل التسلسلات بتنسيق هي بروتينات. بشكل افتراضي ، نوع الأبجدية هو
تم الكشف عنها تلقائيًا من النظر إلى تكوين البقايا.
--الحمض النووي حدد أن كل التسلسلات بتنسيق هي الحمض النووي.
--rna حدد أن كل التسلسلات بتنسيق هي RNAs.
--معلومات
تعلن أن الإدخال في شكل . تنسيقات ملفات التسلسل المقبولة
تشمل FASTA و EMBL و GenBank و DDBJ و UniProt و Stockholm و SELEX. الافتراضي هو
الكشف التلقائي عن تنسيق الملف.
--تنسيق
حدد أن الإخراج متعدد المحاذاة في التنسيق . في الوقت الراهن
تتضمن تنسيقات ملفات تسلسل المحاذاة المتعددة المقبولة فقط ستوكهولم و SELEX.
استخدم hmmalign عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
