hmmsearch - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

hmmsearch - ملف (ملفات تعريف) البحث في قاعدة بيانات تسلسلية

موجز

hmmsearch [خيارات]

الوصف

hmmsearch يُستخدم للبحث في ملف تعريف واحد أو أكثر مقابل قاعدة بيانات تسلسلية. لكل
الملف الشخصي في ، استخدم ملف تعريف الاستعلام هذا للبحث في قاعدة البيانات المستهدفة للتسلسلات
، وإخراج قوائم مرتبة من التسلسلات مع أهم التطابقات مع
حساب تعريفي. لإنشاء ملفات تعريف من محاذاة متعددة، راجع hmmbuild.

إما الاستعلام أو الهدف قد يكون "-" (حرف شرطة) ، وفيه
في حالة قراءة ملف تعريف الاستعلام أو إدخال قاعدة البيانات الهدف من ملف تعريف الاستعلام الأنابيب بدلا من ذلك
من من ملف. يمكن أن يأتي مصدر إدخال واحد فقط ، ليس كليهما. استثناء
هذا إذا كان يحتوي على أكثر من استعلام ملف تعريف واحد، إذن لا يمكن أن يأتي من
، لأننا لا نستطيع إرجاع قاعدة البيانات المستهدفة المتدفقة للبحث عنها بأخرى
الملف الشخصي.

تم تصميم تنسيق الإخراج ليكون قابلاً للقراءة من قبل الإنسان ، ولكنه غالبًا ما يكون ضخمًا جدًا
قراءتها غير عملية وتحليلها ألم. ال --tblout و --domtblout الخيارات
حفظ الإخراج بتنسيقات جدولية بسيطة تكون موجزة وأسهل في التحليل. ال -o خيار
يسمح بإعادة توجيه المخرجات الرئيسية ، بما في ذلك التخلص منها في / dev / null.

OPTIONS

-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا ​​باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.

OPTIONS لأي المتابعة OUTPUT

-o قم بتوجيه الإخراج الرئيسي الذي يمكن قراءته من قبل الإنسان إلى ملف بدلا من الافتراضي stdout.

-A حفظ محاذاة متعددة لجميع النتائج الهامة (تلك مرضية إدراجه
الحدود القصوى) إلى الملف .

--tblout
احفظ ملفًا جدوليًا بسيطًا (محدد المسافات) يلخص الإخراج لكل هدف ،
مع وجود خط بيانات واحد لكل تسلسل هدف متماثل.

--domtblout
احفظ ملفًا جدوليًا بسيطًا (محدد المسافات) يلخص الإخراج لكل مجال ،
مع سطر بيانات واحد لكل مجال متماثل تم اكتشافه في تسلسل استعلام لكل منها
نموذج متماثل.

--acc استخدم المداخلات بدلاً من الأسماء في المخرجات الرئيسية ، حيثما كان ذلك متاحًا للتوصيفات
و / أو المتتاليات.

--نوالي
حذف قسم المحاذاة من الإخراج الرئيسي. هذا يمكن أن يقلل بشكل كبير من الإخراج
وحدة التخزين.

- لا نص
قم بإلغاء تحديد طول كل سطر في الإخراج الرئيسي. الحد الافتراضي هو 120
أحرف لكل سطر ، مما يساعد في عرض الإخراج بشكل نظيف على المحطات الطرفية و
في المحررين ، ولكن يمكنه اقتطاع سطور وصف الملف الشخصي الهدف.

- نص
قم بتعيين حد طول خط الإخراج الرئيسي على أحرف في كل سطر. الافتراضي هو
120

OPTIONS المتابعة التبليغ الحدود القصوى

تتحكم عتبات الإبلاغ في النتائج التي يتم الإبلاغ عنها في ملفات الإخراج (الإخراج الرئيسي ،
--tbloutو --domtblout). يتم ترتيب زيارات التسلسل ونتائج المجال حسب الإحصاء
يتم إنشاء الأهمية (القيمة الإلكترونية) والمخرجات في قسمين يسمى لكل هدف ولكل
إخراج المجال. في الإخراج لكل هدف ، بشكل افتراضي ، تصل جميع التسلسلات بقيمة E <= 10
تم عمل تقرير لها. في الإخراج لكل مجال ، لكل هدف تم اجتيازه لكل هدف
حدود إعداد التقارير ، يتم الإبلاغ عن جميع المجالات التي تلبي حدود إعداد التقارير لكل مجال.
بشكل افتراضي ، هذه هي المجالات ذات القيم الإلكترونية الشرطية من <= 10. الخيارات التالية
تسمح لك بتغيير عتبات إعداد التقارير الافتراضية للقيمة الإلكترونية ، أو استخدام درجة البت
عتبات بدلا من ذلك.

-E في الإخراج لكل هدف ، قم بالإبلاغ عن تسلسلات الهدف بقيمة E تساوي <= .
الافتراضي هو 10.0 ، مما يعني أنه في المتوسط ​​، سيتم الإبلاغ عن 10 إيجابيات خاطئة
لكل طلب بحث ، حتى تتمكن من رؤية الجزء العلوي من الضوضاء وتقرر بنفسك ما إذا كانت كذلك
ضوضاء حقا.

-T بدلاً من تحديد الناتج لكل ملف تعريف على القيمة الإلكترونية ، بدلاً من الإبلاغ عن الهدف
متواليات بدرجة قليلة من> = .

--قبة
في الإخراج لكل مجال ، للتسلسلات المستهدفة التي استوفت بالفعل
عتبة تقارير الملف الشخصي ، قم بالإبلاغ عن المجالات الفردية ذات القيمة الإلكترونية المشروطة
من <= . الافتراضي هو 10.0. القيمة الإلكترونية المشروطة تعني الرقم المتوقع
من المجالات الإيجابية الخاطئة الإضافية في مساحة البحث الأصغر لتلك المجالات
المقارنات التي استوفت بالفعل عتبة إعداد التقارير لكل هدف (وبالتالي
يجب أن يحتوي بالفعل على مجال متماثل واحد على الأقل).

--domT
بدلاً من تحديد الناتج لكل مجال على القيمة الإلكترونية ، قم بدلاً من ذلك بالإبلاغ عن المجالات بامتداد
درجة البت> = .

OPTIONS لأي تضمين الحدود القصوى

عتبات التضمين أكثر صرامة من عتبات الإبلاغ. السيطرة على عتبات الشمول
التي تعتبر الزيارات موثوقة بدرجة كافية ليتم تضمينها في محاذاة الإخراج أو
جولة بحث لاحقة، أو تم وضع علامة "هامة" ("!") بدلاً من "" المشكوك فيها ("؟")
في إخراج المجال.

--incE
استخدم قيمة E من <= كحد أدنى لتضمين الهدف. الافتراضي هو
0.01 ، مما يعني أنه في المتوسط ​​، من المتوقع حدوث حوالي 1 إيجابي خاطئ في كل منها
100 عملية بحث مع تسلسل استعلام مختلف.

--incT
بدلاً من استخدام القيم الإلكترونية لتعيين حد التضمين ، استخدم قليلاً بدلاً من ذلك
درجة> = كحد أدنى لتضمين الهدف. افتراضيا هذا الخيار هو
غير محدد.

--الملكية
استخدم القيمة الإلكترونية المشروطة لـ <= كحد أدنى للتضمين حسب النطاق ، في
الأهداف التي استوفت بالفعل عتبة الشمول الإجمالية لكل هدف.
الافتراضي هو 0.01.

- الحكمة
بدلاً من استخدام القيم الإلكترونية ، استخدم درجة صغيرة من> = كإدراج لكل مجال
عتبة.

OPTIONS لأي موديل محدد أحرز هدفا العبادة

قد تحدد قواعد بيانات ملفات التعريف المنسقة عتبات نقاط بت معينة لكل ملف تعريف ،
يحل محل أي عتبة على أساس الدلالة الإحصائية وحدها.

لاستخدام هذه الخيارات ، يجب أن يحتوي الملف الشخصي على (GA و / أو TC و / أو NC) المناسب
التعليق التوضيحي لعتبة الدرجة الاختيارية ؛ التقطت هذا بواسطة hmmbuild من تنسيق ستوكهولم
ملفات المحاذاة. يحتوي كل خيار عتبة على درجتين: عتبة كل تسلسل
والعتبة لكل مجال هذه تتصرف كما لو -T --incT --domT
- الحكمة تم تطبيقه على وجه التحديد باستخدام العتبات المنسقة لكل نموذج.

--cut_ga
استخدم درجات بت GA (التجميع) في النموذج لتعيين كل تسلسل (GA1) وكل-
نطاق (GA2) تقارير وعتبات التضمين. عتبات GA بشكل عام
تعتبر العتبات المنسقة الموثوقة التي تحدد عضوية الأسرة؛ ل
على سبيل المثال، في Pfam، تحدد هذه الحدود ما يتم تضمينه في Pfam Full
المحاذاة بناءً على عمليات البحث باستخدام نماذج Pfam Seed.

--cut_nc
استخدم عتبات نقاط بت NC (قطع الضوضاء) في النموذج لتعيين كل تسلسل
(NC1) وعتبات الإبلاغ والإدراج لكل مجال (NC2). عتبات NC هي
تعتبر عمومًا درجة أعلى الدرجات الإيجابية الكاذبة المعروفة.

--cut_tc
استخدم عتبات نقاط البت TC (القطع الموثوق به) في النموذج لتعيين كل تسلسل
(TC1) وعتبات الإبلاغ والإدراج لكل مجال (TC2). عتبات TC هي
تعتبر عمومًا درجة أقل نتيجة إيجابية حقيقية معروفة
هو قبل كل شيء ايجابيات كاذبة معروفة.

OPTIONS المتابعة ال التعجيل خط انابيب

يتم تسريع عمليات البحث HMMER3 في خط أنابيب مرشح من ثلاث خطوات: مرشح MSV ، و
مرشح Viterbi ، ومرشح Forward. المرشح الأول هو الأسرع والأكثر
تقريبي؛ الأخير هو خوارزمية التهديف الكاملة إلى الأمام. هناك أيضا مرشح التحيز
خطوة بين MSV و Viterbi. الأهداف التي تجتاز كافة الخطوات في مسار التسريع
تخضع بعد ذلك للمعالجة اللاحقة - تحديد النطاق والتسجيل باستخدام
إلى الأمام / الخلف الخوارزمية.

يؤدي تغيير حدود المرشح فقط إلى إزالة أو تضمين الأهداف من الاعتبار ؛ المتغيرة
عتبات التصفية لا تغير درجات البت أو القيم الإلكترونية أو المحاذاة ، وكلها
مصممة فقط في المعالجة اللاحقة.

--الأعلى قم بإيقاف تشغيل كافة عوامل التصفية، بما في ذلك مرشح التحيز، وقم بتشغيل الأمام/الخلف بالكامل
المعالجة اللاحقة على كل هدف. هذا يزيد من الحساسية إلى حد ما ، بشكل عام
التكلفة في السرعة.

--F1
قم بتعيين حد القيمة P لخطوة تصفية MSV. الافتراضي هو 0.02 ، مما يعني
أن ما يقرب من 2 ٪ من أعلى الأهداف غير المتجانسة من المتوقع أن تمر
مرشح.

--F2
قم بتعيين عتبة القيمة P لخطوة مرشح Viterbi. الافتراضي هو 0.001.

--F3
عيّن حد القيمة P لخطوة التصفية إلى الأمام. الافتراضي هو 1e-5.

- الرهاب
قم بإيقاف تشغيل مرشح التحيز. هذا يزيد من الحساسية إلى حد ما ، ولكن يمكن أن يأتي في
تكلفة عالية في السرعة ، خاصةً إذا كان الاستعلام يحتوي على تركيبة بقايا متحيزة (مثل
منطقة تسلسل متكرر ، أو إذا كان بروتين غشائي مع مناطق كبيرة من
كره الماء). بدون مرشح التحيز ، قد يمر عدد كبير جدًا من التسلسلات بالفلتر
بطلبات بحث متحيزة ، مما يؤدي إلى أداء أبطأ من المتوقع مثل
تحمل خوارزميات الأمام / الخلف المكثفة حسابيًا ثقيلًا بشكل غير طبيعي
تحميل.

أخرى OPTIONS

- نول 2
قم بإيقاف تشغيل تصحيحات النتيجة null2 للتكوين المتحيز.

-Z تأكد من أن العدد الإجمالي للأهداف في عمليات البحث الخاصة بك هو ، من أجل غايات
من حسابات القيمة الإلكترونية لكل تسلسل ، بدلاً من العدد الفعلي للأهداف
رأيت.

--domZ
تأكد من أن العدد الإجمالي للأهداف في عمليات البحث الخاصة بك هو ، من أجل غايات
من حسابات القيمة الإلكترونية المشروطة لكل مجال ، بدلاً من عدد الأهداف
التي تجاوزت عتبات إعداد التقارير.

--بذرة
اضبط بذرة الرقم العشوائي على . تتطلب بعض الخطوات في المعالجة اللاحقة Monte
محاكاة كارلو. الافتراضي هو استخدام بذرة ثابتة (42) ، بحيث تكون النتائج
قابل للاستنساخ بالضبط. أي عدد صحيح موجب آخر سيعطي مختلفة (ولكن أيضا
قابلة للتكرار) النتائج. اختيار 0 يستخدم بذرة تم اختيارها عشوائيًا.

- تنسيق
تأكد من تنسيق ملف قاعدة بيانات التسلسل الهدف . التنسيقات المقبولة
تتضمن FASTA, embl, بنك الجينات, com.ddbj, com.uniprot, ستوكهولم, pfam, a2mو أفا.
الافتراضي هو الكشف التلقائي عن تنسيق الملف.

--وحدة المعالجة المركزية
قم بتعيين عدد مؤشرات ترابط العمال المتوازية إلى . بشكل افتراضي ، يقوم HMMER بتعيين هذا إلى
عدد نوى وحدة المعالجة المركزية التي يكتشفها في جهازك - أي أنها تحاول تعظيمها
استخدام نوى المعالج المتوفرة لديك. ضبط أعلى من عدد
النوى المتاحة قليلة القيمة ، إن وجدت ، ولكن قد ترغب في ضبطها على شيء ما
أقل. يمكنك أيضًا التحكم في هذا الرقم عن طريق تعيين متغير بيئة ،
HMMER_NCPU.

هذا الخيار متاح فقط إذا تم تجميع HMMER مع دعم سلاسل عمليات POSIX.
هذا هو الإعداد الافتراضي ، ولكن ربما تم إيقاف تشغيله في وقت الترجمة لموقعك
أو آلة لسبب ما.

--المماطلة
لتصحيح أخطاء إصدار MPI الرئيسي / العامل: توقف مؤقتًا بعد البدء ، لتمكين
مطور لإرفاق مصححات الأخطاء إلى العمليات الرئيسية والعامل (العمال) قيد التشغيل. يرسل
إشارة SIGCONT لتحرير الإيقاف المؤقت. (تحت gdb: (جدب) بسيطة سيجكون) (فقط
متاحًا إذا تم تمكين دعم MPI الاختياري في وقت الترجمة.)

--mpi قم بالتشغيل في MPI master / worker mode باستخدام مبيرون. (متاح فقط إذا كان MPI اختياري
تم تمكين الدعم في وقت الترجمة.)

استخدم hmmsearch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net