هذا هو الأمر idfetch الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
idfetch - استرداد البيانات البيولوجية من خادم NCBI ID1
موجز
com.idfetch [-] [-F شارع] [-G اسم الملف] [-Q اسم الملف] [-c N] [-d شارع] [-e N] [-f شارع] [-g N]
[-i N] [-l اسم الملف] [-n] [-o اسم الملف] [-q شارع] [-s شارع] [-t N]
الوصف
com.idfetch هو عميل لخادم ID1 الخاص بـ NCBI ، والذي يحتوي على قاعدة بيانات كبيرة مشروحة
التسلسلات البيولوجية.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.
- طباعة رسالة الاستخدام
-F شارع إضافة أنواع الميزات المحددة (مفصول بفواصل) ؛ القيم المسموح بها هي CDD ، SNP ،
SNP_graph و MGC و HPRD و STS و tRNA و microRNA.
-G اسم الملف
ملف مع قائمة GIs ، و (ذات إصدار) المنضمات ، و FASTA SeqIDs لتفريغ
-Q اسم الملف
قم بإنشاء قائمة GI عن طريق استعلام Entrez بتنسيق اسم الملف؛ يتطلب -dn or -dp.
-c N أقصى تعقيد:
0 الحصول على blob بالكامل (افتراضي)
1 احصل على بيوزك الفائدة
2 الحصول على الحد الأدنى من مجموعة bioseq التي تحتوي على bioseq للفائدة
3 الحصول على الحد الأدنى من nuc-prot يحتوي على bioseq الاهتمام
4 الحصول على الحد الأدنى من مجموعة الحانة التي تحتوي على bioseq للفائدة
-d شارع قاعدة البيانات المراد استخدامها (مع -q، يمكن للإثنين n للنيوكليوتيدات أو p للبروتينات).
-e N رقم الكيان (رقم الاسترجاع) المراد تفريغه
-f شارع تسلسل بالارض. التنسيقات الممكنة:
نوع([الاسم] [، [الانضمام] [، [الافراج عن] [،الإصدار]]]) كـ "5 (HUMHBB)"
نوع=الانضمام
نوع:عدد
(نوع هو رقم يشير إلى النوع الفرعي ASN.1 Seq-id.)
-g N معرّف GI لكيان واحد ليتم تفريغه
-i N نوع البحث:
0 الحصول على إدخال التسلسل (افتراضي)
1 الحصول على حالة GI (الإخراج إلى stderr)
2 احصل على تسلسل
3 الحصول على سجل GI (تغيير التسلسل فقط)
4 الحصول على محفوظات المراجعة (أي تغيير في ASN.1)
-l اسم الملف
ملف تسجيل
-n أخرج فقط قائمة GIs (مع -q و -Q).
-o اسم الملف
اسم ملف الإخراج (افتراضي = المعياري)
-q شارع إنشاء قائمة gi بواسطة استعلام Entrez. يتطلب -dn or -dp.
-s شارع أسلوب فاستا SeqId مدرج في الاقتباسات. التنسيقات:
lcl |مادبا or شارع
بى بى اس |مادبا
bbm |مادبا
جيجابايت |لجنة التنسيق الإدارية|الكونغرس
emb |لجنة التنسيق الإدارية|الكونغرس
البير |لجنة التنسيق الإدارية|الاسم
sp |لجنة التنسيق الإدارية|الاسم
بات |البلد|براءة الإختراع|يليها
gi |مادبا
dbj |لجنة التنسيق الإدارية|الكونغرس
prf |لجنة التنسيق الإدارية|الاسم
pdb |دخول|سلسلة
-t N نوع الإخراج:
نص واحد ASN.1 (افتراضي)
2 ثنائي ASN.1
3 GenBank (دخول التسلسل فقط)
4 GenPept (دخول التسلسل فقط)
5 FASTA (جدول للتاريخ)
6 درجات جودة (دخول التسلسل فقط)
7 Entrez DocSums
8 FASTA عكس مكمل
استخدم idfetch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
