هذا هو الأمر king-probe الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
مسبار الملك - تقييم وتصور التعبئة بين الذرات للبروتين
الوصف
التركيب اللغوي: probe input.pdb >> out.kin
أو: التحقيق [الأعلام] "نمط src" ["نمط الهدف"] pdbfiles... >> out.kin
الأعلام:
-الذات التقاطع الذاتي: src -> src (افتراضي)
-كلاهما تتقاطع في كلا الاتجاهين: src <=> targ
-مرة واحدة تقاطع واحد: src -> targ
-خارج سطح فان دير فال الخارجي لـ src (سطح ملامس للمذيب)
-أوتوبوندروت اسم الملف
قراءة ملف autobondrot ومعالجته
الاختصارات:
< > نفس: -4H -مك -هيت -الذات "altA ogt33"
-الافتراضيات
مثل: < > ، ولكن يسمح ببعض الأعلام الأخرى
-SCSurface مثل: -يسقط -راد 1.4 -خارج "لا ماء"
-مُعرض ل
مثل: -يسقط -راد 1.4 -خارج (ملاحظة: نمط لوازم المستخدم)
-سطح
مثل: -يسقط -راد 0.0 -add1.4 -خارج "لا ماء"
-وصول
مثل: -يسقط -راد 0.0 -add1.4 -خارج (ملاحظة: نمط لوازم المستخدم)
- المسح الضوئي 0 مثل: -4H -مك -الذات "alta blt40 ogt33"
- المسح الضوئي 1 مثل: -4H -بمجرد "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65، (وليس الماء ogt33)"
-دومباتومينفو
عد الذرات في التحديد: src
(لاحظ أن كلاهما يتطلب نمطين بينما
OUT وSELF وDUMPATOMINFO يتطلبان نمطًا واحدًا فقط)
-ضمني
الهيدروجين الضمني
- صريح
الهيدروجين الصريح (افتراضي)
-كثافة#
ضبط كثافة النقطة (الافتراضي 16 نقطة / مربع أ)
-نصف القطر#. #
ضبط نصف قطر المسبار (الافتراضي 0.25 أ)
-ADDvdw#. #
تمت إضافة الإزاحة إلى نصف قطر Van der Waals (الافتراضي 0.0)
-سكل vdw#.# عامل القياس لنصف قطر فان دير فالس (الافتراضي 1.0)
-COSCale#. #
مقياس C = O نصف قطر الكربون Van der Waals (الافتراضي 0.94)
-يرتقع ارسم مسمارًا بدلًا من النقاط (افتراضي)
-يرتقع#. #
تعيين مقياس السنبلة (افتراضي = 0.5)
-NOSpike
ارسم النقاط فقط
-HBR منتظم#. # الحد الأقصى للتداخل مع Hbonds العادية (الافتراضي = 0.6)
-HB مشحونة#.# الحد الأقصى للتداخل لسندات Hbonds المشحونة (الافتراضي = 0.8)
-احتفظ احتفظ بالذرات غير المنتقاة (افتراضي)
-يسقط إسقاط الذرات غير المحددة
-حد الحد من نقاط الارتطام إلى الحد الأقصى عند التقبيل (افتراضي)
-لا حدود
لا تحد من النقاط
-عدسة إضافة كلمة رئيسية للعدسة إلى ملف أقارب
- نولين
لا تقم بإضافة كلمة أساسية للعدسة إلى ملف الأقارب (افتراضي)
-MC تشمل mainchain-> تفاعلات mainchain
-HETs قم بتضمين النقاط لمجموعات HET غير المائية (افتراضي)
-نوهيتس
استبعاد النقاط إلى مجموعات HET غير المائية
-مياه
تضمين النقاط في الماء (افتراضي)
- الآن
استبعاد النقاط إلى الماء
-وات 2 وات
تظهر النقاط بين المياه
-DUMPH2O
تشمل الماء H؟ قائمة المتجهات في الإخراج
-4H تمديد إزالة نقطة سلسلة السندات إلى 4 لـ H (افتراضي)
-3 الحد من إزالة نقطة سلسلة السندات إلى 3
-2 الحد من إزالة نقطة سلسلة السندات إلى 2
-1 الحد من إزالة نقطة سلسلة السندات إلى 1
-يتجاهل إسقاط صريح "للنمط": تجاهل الذرات المحددة بواسطة النمط
-دوتشو
التعرف على CH..O Hbonds
-تشو#. #
عامل القياس لدرجة CH ..O Hbond (الافتراضي = 0.5)
-القطب
استخدام أنصاف أقطار قصيرة من الهيدروجين القطبي (افتراضي)
-NOPolarH
لا تقصر أنصاف أقطار الهيدروجين القطبي
-NOFACEhbond لا تحدد HBonds للوجوه العطرية
اسم- "الاسم" حدد اسم المجموعة (الافتراضي "النقاط")
-دوتماستر
اسم المجموعة المستخدم كرئيس إضافي = {name} في القوائم
-NOGroup
لا تقم بإنشاء عبارة @group بتنسيق إخراج .kin
-KINemage
قم بإضافة عبارة @kinemage 1 إلى أعلى إخراج تنسيق .kin
-العد النقاط
إنتاج عدد من النقاط - وليس قائمة نقطية
-غير متشكل
إخراج معلومات النقطة الخام
الاسم:بات:النوع:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:
-التنسيق
تم تنسيق معلومات نقطة الإخراج للعرض في O
-تنسيق XV
تم تنسيق معلومات نقطة الإخراج للعرض في XtalView
-خط واحد
إخراج سطر واحد: جهات الاتصال: حسب: الخطورة: النوع:
-لون الفجوة
نقاط اللون بمقدار الفجوة (افتراضي)
-ATOM اللون
نقاط اللون حسب نوع الذرة
-اللون الأساسي
نقاط اللون حسب نوع قاعدة الحمض النووي
-قاعدة اللون
نقاط اللون حسب الفجوة ونوع قاعدة الحمض النووي
- اللون حدد "الاسم" لون النقطة لـ -خارج (الافتراضي "الرمادي")
-وزن الفجوة#
ضبط الوزن لتسجيل الفجوات (الافتراضي 0.25)
-وزن عثرة# ضبط المقياس النسبي لتسجيل النتوءات (10.0 الافتراضي)
-HB الوزن#
تعيين مقياس نسبي لتسجيل نقاط Hbonds (الافتراضي 4.0)
-DIVLow#. #
قسم لفئات النتوء (افتراضي -0.4)
-DIVHigh#. #
قسم فئات الاتصال (الافتراضي 0.25)
-السوق#. #
الإشغال أدناه هو نفس الصفر (الافتراضي 0.02)
-عنصر
إضافة أزرار رئيسية لعناصر مختلفة في إخراج الأقارب
-نوهبوت
لا تقم بإخراج جهات الاتصال لـ HBonds
-نوكلاشوت
لا تقم بإخراج جهات الاتصال للاشتباكات
-نوفدووت
لا تقم بإخراج جهات الاتصال لتفاعلات van der Waals
- فقط
إخراج Onlybadout اشتباكات سيئة (جهات اتصال متداخلة بشدة)
-ملخص
قائمة ملخص الإخراج من الاتصالات والاشتباكات
-خط واحد
قائمة ملخص الإخراج على الإنترنت
-الإشعارات
لا تعرض شريط اسم المادة المتبقية أثناء المعالجة
-STDBOND
افترض فقط أنماط الترابط القياسية في المخلفات القياسية
-لا يوجد أصل
لا تربط الهيدروجين على أساس جدول الذرات الثقيلة الأم
-سيجيد استخدم حقل PDB SegID للتجزئة بين المخلفات
-أولدو توليد النمط القديم -u الإخراج: KissEdge2BullsEye، إلخ
-فيربوز
الوضع المطول (الافتراضي)
-مرجع
عرض سلسلة مرجعية
- التغييرات
عرض قائمة تغييرات البرنامج
-هادئ الوضع الصامت
-يساعد إظهار إشعار المساعدة الموسع (يتضمن علامات أخرى)
-إصدار
إصدار سطر واحد إلى stdout
عناصر النمط: (يجب وضعها بين علامتي اقتباس في سطر الأوامر)
الملف # داخل الملف #
الموديل # ضمن الموديل #
شينا
ضمن السلسلة أ
سيجااا
معرف المقطع aaaa (حيث _ يمثل فارغًا)
البديل البديل أ
أتوماااا
اسم الذرة aaaa (حيث _ يمثل فارغًا) (يتم استخدام جميع الأحرف الأربعة لذلك سيكون H
ATOM_H__)
RESaaa بقايا آآ
#بقايا #
# بقايا #، أدخل أ
#-# نطاق المخلفات # (تم تجاهل رموز الإدخال)
نوع بقايا برموز حرف واحد (على سبيل المثال. y)
نوع بقايا aaa برموز مكونة من ثلاثة أحرف (على سبيل المثال، tyr)
الكل ، البروتين ، MC ، SC ، BASE ، ALPHA ، BETA ، NITROGEN ، CARBON ،
الأكسجين، الكبريت، الفوسفور، الهيدروجين، المعادن، القطبية،
غير قطبي، مشحون، متبرع، متقبل، عطري، ميثيل، HET، ماء، DNA، RNA
كل الذرات أو مجموعة فرعية منها
OLT# الإشغال أقل من # (نسبة مئوية صحيحة)
OGT # الإشغال أكبر من # (النسبة المئوية الصحيحة)
BLT # B- قيمة أقل من # (عدد صحيح)
BGT # B- قيمة أكبر من # (عدد صحيح)
INSa أدخل الكود أ (حيث يمثل _ فارغًا)
ضمن #.# من #.#، #.#، #.#
الذرات على مسافة من النقطة
يمكن دمج الأنماط في قوائم مفصولة بفواصل مثل معنى "trp، phe، tyr"
TRP أو PHE أو TYR.
يجب أن تكون جميع الأنماط المفصولة بفراغات صحيحة ، مثل معنى "chainb 1-5"
البقايا من 1 إلى 5 في السلسلة B.
يمكنك أيضًا تجميع الأنماط بأقواس ، وفصل الأنماط المتعددة باستخدام |
بمعنى "أو" واختر المكمل بـ NOT كما في "not file1" بمعنى ليس في
الملف 1.
يشبه ملف autobondrot ملفات إدخال PDB الأخرى ولكنه يتضمن معلومات
تحديد الذرات الخاضعة للدوران والتحولات الأخرى.
مثال على جزء من ملف autobondrot يُظهر دوران رابطة Calpha-Cbeta ودوريًا
وظيفة عقوبة الالتواء لهذا التناوب
ذرة 1 سي بي TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00
بوندروت:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659
كوس:-3:60:3: اتوم 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ذرة 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ذرة 1 سي جي
تي آر 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...
تستخدم أوامر Autobondrot النقطتين لفصل القيم التحولات:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
فارغة # وهمية
وظائف التحيز:
COS:المقياس:phaseOffset:التردد POLY:المقياس:الإزاحة:متعدد الحدوددرجة CONST:القيمة
التفرع:
حفظ واستعادة أو "(" و ")"
(على سبيل المثال لتدوير كل تشي والميثيل من أجل الأيسولوسين
التسلسل هو: rotChi1 / SAVE / rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2)
تعيين الاتجاه: GO:angle1:angle2:... تضمين الملفات: @filename التعليقات:
نص تعليق واحد
التحقيق: الإصدار 2.13.110909، حقوق الطبع والنشر 1996-2011، J. مايكل وورد
استخدم king-probe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
