macs2_bdgcmp - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

macs2_bdgcmp - التحليل القائم على النموذج لتسلسل الرقائق

الوصف

الاستخدام: macs2 bdgcmp [-h] -t TFILE -c ملف CFILE [-S SFACTOR] [-p PseudoCOUNT]

[-م {ppois،qpois،طرح،logFE،FE،logLR،slogLR}
[{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--أوتدير أوتدير] (--o- بادئة أوبريفكس | -o الملف [الملف ...])

اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج

-t تفيل، - t ملف TFILE
ملف الرسم البياني لسرير العلاج، على سبيل المثال *_treat_pileup.bdg من MACSv2. مطلوب

-c ملف، --ملف ملف
التحكم في ملف bedGraph، على سبيل المثال *_control_lambda.bdg من MACSv2. مطلوب

-S سافكتور، --عامل التحجيم عامل
عامل التحجيم لمسار العلاج والسيطرة. احتفظ به كـ 1.0 أو الافتراضي في معظم الأحيان
حالات. قم بتعيينه فقط عندما يكون لديك إخراج SPMR من callpeak MACS2، وتخطط لذلك
حساب الدرجات كوحدة callpeak MACS2. إذا كنت تريد محاكاة "callpeak" بدون
"--إلى كبير"، احسب حجم العينة الأصغر الفعال بعد تصفية التكرارات
يقرأ بالمليون (على سبيل المثال، ضع 31.415926 إذا كانت القراءات الفعالة هي 31,415,926) والمدخلات
من أجل '-S'؛ من أجل "callpeak". --إلى حد كبير'، حساب القراءات الفعالة في عينة أكبر.
الافتراضي: 1.0

-p رقم كاذب، --العدد الزائف رقم كاذب
العد الكاذب المستخدم لحساب logLR أو logFE أو FE. سيتم تطبيق العد
بعد تطبيع عمق التسلسل. الافتراضي: 0.0، لا يتم تطبيق أي عدد زائف.

-m {ppois،qpois،طرح،logFE،FE،logLR،slogLR}
[{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], --طريقة
{ppois،qpois،طرح،logFE،FE،logLR،slogLR} [{ppois،qpois،subtract،logFE،FE،logLR،slogLR}
...]
طريقة تستخدم أثناء حساب النتيجة في أي سلة من خلال مقارنة قيمة العلاج و
قيمة التحكم. الاختيارات المتاحة هي: ppois، وqpois، وsubtract، وlogFE، وlogLR، و
slogLR. أنها تمثل بواسون Pقيمة (-لوج 10(pvalue) النموذج) باستخدام التحكم مثل لامدا
والمعاملة كملاحظة، قيمة q من خلال عملية BH لقيم بواسون،
الطرح من العلاج، إثراء أضعاف النطاق الخطي، سجل 10 أضعاف
التخصيب (تحتاج إلى تعيين عدد زائف)، احتمالية تسجيل الدخول 10 بين النموذج المخصب بالرقاقة
ونموذج الكروماتين المفتوح (تحتاج إلى تعيين عدد زائف)، واحتمالية log10 المتماثلة
بين نموذجين لتخصيب رقاقة. الخيار الافتراضي هو ppois.

--أوتدير في الهواء الطلق
إذا تم تحديد جميع ملفات الإخراج سيتم كتابتها إلى هذا الدليل. الافتراضي: ملف
دليل العمل الحالي

--o- بادئة OPREFIX
بادئة ملف bedGraph الناتج لكتابة الدرجات. إذا تم إعطاؤه كـ A، والطريقة
هو 'ppois'، وسيكون ملف الإخراج A_ppois.bdg. حصرية متبادلة مع -o/ - ofile.

-o أوفيل [أوفيل ...]، - الملف الشخصي الملف [الملف ...]
ضع اسم الملف. حصرية متبادلة مع --o- بادئة. العدد والترتيب
الحجج ل - الملف الشخصي يجب أن يكون هو نفسه بالنسبة ل -m.

استخدم macs2_bdgcmp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net