هذا هو الأمر macs2_bdgdiff الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
macs2_bdgdiff - التحليل المستند إلى النموذج لتسلسل ChIP
الوصف
الاستخدام: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG - ج 1 C1BDG - ج 2 C2BDG
[- CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [- Outdir OUTDIR] (--o- بادئة أوبريفكس | -o أوفيل أوفيل أوفيل)
اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph للشرط 1. غير متوافق مع callpeak - SPMR الناتج.
مطلوبة
--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph للشرط 2. غير متوافق مع callpeak - SPMR الناتج.
مطلوبة
- ج 1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph للحالة 1. غير متوافق مع callpeak - SPMR
انتاج. مطلوب
- ج 2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph للحالة 2. غير متوافق مع callpeak - SPMR
انتاج. مطلوب
-C قطع، --قطع قطع
قطع logLR. الافتراضي: 3 (نسبة الاحتمالية = 1000)
-l MINLEN ، - مين لين مينلين
الحد الأدنى لطول المنطقة التفاضلية. حاول قيمة أكبر لإزالة المناطق الصغيرة.
الافتراضي: 200
-g MAXGAP ، --ماكس فجوة ماكسجاب
أقصى فجوة لدمج المناطق التفاضلية القريبة. ضع في اعتبارك وجود فجوة أوسع للعرض
علامات. يجب أن يكون الحد الأقصى للفجوة أصغر من الحد الأدنى للطول (-g). الافتراضي: 100
- د 1 DEPTH1 ، --العمق 1 العمق 1
عمق التسلسل (عدد القراءات غير الزائدة بالمليون) للشرط 1. سيكون كذلك
تستخدم مع - د 2. انظر وصف - د 2 أدناه لمعرفة كيفية تعيينها.
الافتراضي: 1
- د 2 DEPTH2 ، --العمق 2 العمق 2
عمق التسلسل (عدد القراءات غير الزائدة بالمليون) للشرط 2. سيكون كذلك
تستخدم مع - د 1. سيتم استخدام DEPTH1 و DEPTH2 لحساب القياس
عامل لكل عينة ، لتصغير العينة الأكبر إلى مستوى أصغر.
على سبيل المثال ، عند مقارنة 10 ملايين حالة 1 و 20 مليون حالة 2 ، استخدم
- د 1 10 - د 2 20 ، ثم سيتم تقسيم قيمة pileup في bedGraph للشرط 2 على
2. الافتراضي: 1
--أوتدير في الهواء الطلق
إذا تم تحديد جميع ملفات الإخراج سيتم كتابتها إلى هذا الدليل. الافتراضي: ملف
دليل العمل الحالي
--o- بادئة OPREFIX
بادئة ملف الإخراج. سيتم تسمية الملفات الفعلية باسم PREFIX_cond1.bed ،
PREFIX_cond2.bed و PREFIX_common.bed. حصري مع -o/ - ofile.
-o OFILE OFILE OFILE ، - الملف الشخصي أوفيل أوفيل أوفيل
أسماء ملفات الإخراج. يجب تقديم ثلاث وسيطات بالترتيب: 1. ملف للمناطق الفريدة في
الشرط 1 ؛ 2. ملف مناطق فريدة في حالة 2 ؛ 3. ملف للمناطق المشتركة
في كلتا الحالتين. ملاحظة: متنافي مع --o- بادئة.
استخدم macs2_bdgdiff عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
