هذا هو الأمر macs2_bdgopt الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
macs2_bdgopt - تحليل قائم على نموذج لتسلسل ChIP
الوصف
الاستخدام: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {اضرب ، أضف ، p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [- Outdir OUTDIR] -o
أوفيل
اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
-i IFILE ، - ملف IFILE
درجة MACS في bedGraph. ملاحظة: يجب أن يكون هذا ملف bedGraph يغطي كامل
الجينوم. مطلوب
-m {الضرب ، الإضافة ، p2q} ، --طريقة {ضرب ، إضافة ، p2q}
طريقة لتعديل عمود النقاط في ملف bedGraph. الخيارات المتاحة هي:
الضرب أو الإضافة أو p2q. 1) مضاعفة ، مطلوب EXTRAPARAM وسيكون كذلك
مضروبة في عمود النتيجة. إذا كنت تنوي تقسيم عمود النتيجة على X ، فاستخدم
قيمة 1 / X كـ EXTRAPARAM. 2) إضافة ، مطلوب EXTRAPARAM وستتم إضافته إلى
عمود النتيجة. إذا كنت تنوي طرح عمود النتيجة بواسطة X ، فاستخدم قيمة -X
كما EXTRAPARAM. 3) p2q ، سيؤدي ذلك إلى تحويل درجات قيمة p إلى درجات q باستخدام
عملية Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM غير مطلوب. تفترض هذه الطريقة
الدرجات -لوج 10 قيمة p من MACS2. أي أنواع أخرى من النقاط سوف تسبب
أخطاء غير متوقعة.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]] ، - إضافي بارام [إكسترابارام [إكسترابارام ...]]
المعلمة الإضافية للطريقة. تحقق من التفاصيل -m الخيار.
--أوتدير في الهواء الطلق
إذا تم تحديد جميع ملفات الإخراج سيتم كتابتها إلى هذا الدليل. الافتراضي: ملف
دليل العمل الحالي
-o أوفيل ، - الملف الشخصي أوفيل
إخراج اسم ملف BEDGraph.
استخدم macs2_bdgopt عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
