macs2 - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

macs2 - macs2 - التحليل القائم على النموذج لتسلسل الرقائق

الوصف

الاستخدام: macs2 [-h] [--الإصدار]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pilup,randsample,refinpeak}


أجهزة ماكينتوش2 -- التحليل القائم على النموذج لتسلسل الرقائق

الموضعية الحجج:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pilup,randsample,refinpeak}

com.callpeak
وظيفة MACS2 الرئيسية: استدعاء القمم من نتائج المحاذاة.

com.bdgpeakcall
استدعاء القمم من إخراج bedGraph. ملاحظة: جميع المناطق على نفس الكروموسوم في
يجب أن يكون ملف bedGraph مستمرًا، لذا فإن ملفات bedGraph فقط من MACS2 هي
مقبول.

com.bdgbroadcall
استدعاء قمم واسعة من إخراج bedGraph. ملحوظة: جميع المناطق على نفس الكروموسوم
يجب أن يكون ملف bedGraph مستمرًا، لذا فإن ملفات bedGraph فقط من MACS2 هي فقط
مقبول.

bdgcmp قم بخصم الضوضاء من خلال مقارنة مسارين للإشارة في bedGraph. ملاحظة: جميع المناطق في
يجب أن يكون نفس الكروموسوم الموجود في ملف bedGraph مستمرًا، لذا يجب أن تكون ملفات bedGraph فقط
من MACS2 مقبولة.

عمليات bdgopt على عمود النتيجة في ملف bedGraph. ملاحظة: جميع المناطق على نفس المنوال
يجب أن يكون الكروموسوم الموجود في ملف bedGraph متواصلًا، لذلك لا يتم إلا من ملفات bedGraph
MACS2 مقبولة.

com.cmbreps
الجمع بين BEDGraphs للعشرات من التكرارات. ملاحظة: جميع المناطق على نفس المنوال
يجب أن يكون الكروموسوم الموجود في ملف bedGraph متواصلًا، لذلك لا يتم إلا من ملفات bedGraph
MACS2 مقبولة.

com.bdgdiff
الكشف عن الذروة التفاضلية بناءً على أربعة ملفات رسم بياني مقترنة. ملحوظة: جميع المناطق
على نفس الكروموسوم في ملف bedGraph يجب أن يكون مستمرًا، لذلك فقط bedGraph
الملفات من MACS2 مقبولة.

com.filterdup
إزالة القراءات المكررة في نفس الموضع، ثم تحويل التنسيق المقبول إلى BED
تنسيق.

توقع
توقع حجم d أو الجزء من نتائج المحاذاة. * لن يتم تصفية التكرارات *

تتم قراءة محاذاة Pileup بحجم ملحق معين (حجم الجزء أو d في MACS
لغة). لاحظ أنه لن تكون هناك خطوة لتصفية القراءات المكررة أو تسلسلها
تحجيم العمق، لذلك قد تحتاج إلى إجراء بعض المعالجة المسبقة/اللاحقة.

randsample
رقم العينة / النسبة المئوية لإجمالي القراءات بشكل عشوائي.

finpeak
(تجريبي) خذ محاذاة القراءات الأولية، وقم بتحسين القمم وقم بإعطاء الدرجات
قياس توازن علامات واستون/كريك. مستوحاة من SPP.

اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج

--الإصدار
إظهار رقم إصدار البرنامج والخروج

للحصول على خيارات سطر الأوامر لكل أمر، اكتب: macs2 COMMAND -h

استخدم macs2 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net