هذا هو الأمر macs2_pileup الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
macs2_pileup - التحليل القائم على النموذج لتسلسل الرقائق
الوصف
الاستخدام: macs2 تتراكم [-h] -i ايفيل [ايفيل ...] -o ملف الإخراج [--outdir OUTDIR]
[-f {AUTO، BAM، SAM، BED، ELAND، ELANDMULTI، ELANDEXPORT، BOWTIE}]
[-B] [--حجم إضافي EXTSIZE] [--مطول مطول]
اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
-i IFILE [IFILE ...] ، - ملف ايفيل [ايفيل ...]
ملف محاذاة ChIP-seq. إذا تم تقديم عدة ملفات كـ "-t AB C" ، فسيتم ذلك
يجب أن تقرأ جميعًا وتندمج. لاحظ أنه ليس من المفترض أن تعمل بيانات نهاية الزوج مع هذا
أمر. مطلوب.
-o ملف إلاخراج، - الملف الشخصي ملف إلاخراج
اسم ملف الرسم البياني لسرير الإخراج. إذا لم يتم تحديده، سيتم الكتابة إلى الإخراج القياسي.
مطلوب.
--أوتدير في الهواء الطلق
إذا تم تحديد جميع ملفات الإخراج سيتم كتابتها إلى هذا الدليل. الافتراضي: ملف
دليل العمل الحالي
-f {AUTO ، BAM ، SAM ، BED ، ELAND ، ELANDMULTI ، ELANDEXPORT ، BOWTIE} ، --صيغة
{AUTO ، BAM ، SAM ، BED ، ELAND ، ELANDMULTI ، ELANDEXPORT ، BOWTIE}
تنسيق ملف العلامات ، "AUTO" ، "BED" أو "ELAND" أو "ELANDMULTI" أو "ELANDEXPORT" أو
"SAM" أو "BAM" أو "BOWTIE". سيسمح خيار AUTO الافتراضي لـ "macs2pilup" باتخاذ القرار
وهو تنسيق الملف. يرجى التحقق من التعريف في ملف README إذا اخترت
ELAND / ELANDMULTI / ELANDEXPORT / SAM / BAM / BOWTIE. الافتراضي: "تلقائي"
-B, --كلا الاتجاه
افتراضيًا، سيتم تمديد أي قراءة باتجاه اتجاه المصب عن طريق التمديد
مقاس. لذا فهو [0، size-1] (نظام فهرس قائم على 1) لقراءة زائد و
[-size+1,0] للقراءة السالبة حيث يكون الموضع 0 هو 5' نهاية القراءة المحاذية.
يمكن للسلوك الافتراضي محاكاة طريقة MACS2 لتكديس قراءات عينة Chip حيث
يتم تعيين حجم الامتداد على أنه حجم القطعة/d. إذا تم تعيين هذا الخيار على وضع التشغيل، فسيتم محاذاته
سيتم تمديد القراءات في كلا الاتجاهين المنبع والمصب عن طريق التمديد
مقاس. يعني [-size,size] حيث 0 هو نهاية 5' للقراءة المحاذية. يمكن
محاكاة طريقة MACS2 جزئيًا لتراكم قراءات التحكم. لكن MACS2 التحيز المحلي
يتم حسابه عن طريق تعظيم التراكم المتوقع على حجم جزء الشريحة/اليوم
المقدرة من 10 كيلو بايت، 1 كيلو بايت، د وخلفية الجينوم بأكملها. الافتراضي: خطأ
--extsize حجم إضافي
حجم الامتداد بالثانية. ستصبح كل قراءة محاذاة حجمًا كبيرًا للجزء،
ثم تتراكم. التحقق من الوصف ل -B لمزيد من التفاصيل. إنه ضعف "حجم التحول".
بلغة MACSv1 القديمة. الافتراضي: 200
- الإسراف عنابي
تعيين مستوى مطول. 0: إظهار الرسالة الحرجة فقط ، 1: إظهار تحذير إضافي
الرسالة ، 2: إظهار معلومات العملية ، 3: إظهار رسائل التصحيح. إذا أردت أن تعرف
أين هي القراءات المكررة ، استخدم 3. افتراضي: 2
استخدم macs2_pileup عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
