macsyfinder - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

macsyfinder - صفحة دليل macsyfinder 1.0.2

الوصف

الاستخدام: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[- db-type {unordered_replicon، order_replicon، gembase، unordered}]
[- طبولوجيا-طوبولوجيا {خطي ، دائري}] [- طبولوجيا-ملف TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[- inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[- الحد الأدنى من الجينات المطلوبة MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [- الحد الأدنى من الجينات المطلوبة MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [- الحد الأقصى للجينات MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [- متعدد المواقع
MULTI_LOCI] [- hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [- e-value-search
E_VALUE_RES] [- تحديد التقييم الأول I_EVALUE_SEL] [- ملف تعريف الغلاف COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-لاحقة
RES_SEARCH_SUFFIX] [- لاحقة استخراج الموارد RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[- لاحقة الملف الشخصي PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [- أنظمة PREVIOUS_RUN التي تم تشغيلها سابقًا] [أنظمة ...]

MacSyFinder هو أداة للكشف عن أنظمة إفراز البروتين لبكتيريا ديديرم
من مجموعة بيانات البروتين.

الموضعية الحجج:
نظم
أنظمة الكشف. هذا خيار إلزامي بدون أي كلمة رئيسية مرتبطة به
هو - هي. للكشف عن جميع أنظمة إفراز البروتين والملحقات ذات الصلة: اضبط على
"الكل" (غير حساس لحالة الأحرف). خلاف ذلك ، يمكن تحديد نظام واحد أو عدة أنظمة.
على سبيل المثال: "T2SS T4P".

اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج

إدخال بيانات الخيارات:
- النتائج- ديسيبل SEQUENCE_DB
المسار إلى مجموعة بيانات التسلسل بتنسيق Fasta.

- نوع ديسيبل {unordered_replicon، order_replicon، gembase، unordered}
نوع مجموعة البيانات المطلوب التعامل معها. يتوافق "unordered_replicon" مع أ
جينوم غير مُجمَّع ، "غير مرتب" لمجموعة بيانات ميتاجينومية ، "مرتب متكرر"
الجينوم المجمع ، و "gembase" لمجموعة من النسخ المتسلسلة حيث معرفات التسلسل
اتبع هذا الاصطلاح: "> RepliconName SequenceID".

- ريبليكون - طوبولوجيا {خطي ، دائري}
طوبولوجيا النسخ المتماثلة (يكون هذا الخيار ذا معنى فقط إذا كان نوع db_type
"order_replicon" أو "gembase".

--ملف طبولوجيا TOPOLOGY_FILE
مسار ملف الهيكل. يسمح ملف الهيكل بتحديد هيكل (خطي أو
دائري) لكل نسخة (يكون هذا الخيار ذا معنى فقط إذا كان نوع db_type
"order_replicon" أو "gembase". ملف الهيكل هو ملف جدولي يحتوي على اثنين
الأعمدة: الأول هو اسم النسخ المتماثل ، والثاني هو الهيكل المقابل:
"RepliconA خطي"

- idx يفرض على إنشاء الفهارس لمجموعة بيانات التسلسل حتى لو كانت واضحة
محسوبة وموجودة في موقع مجموعة البيانات (افتراضي = خطأ)

أنظمة كشف الخيارات:
- بين الجين ماكس الفضاء INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
معيار التوطين المشترك: الحد الأقصى لعدد المكونات غير المتطابقة مع ملف تعريف
يسمح بين عنصرين متطابقين حتى يتم اعتبارهما متجاورتين. خيار
ذات مغزى فقط لمجموعات البيانات "المطلوبة". يجب أن تتطابق القيمة الأولى مع نظام ، وهو
في المرتبة الثانية لعدد من المكونات. يمكن تكرار هذا الخيار عدة مرات:
"- inter-gene-max-space T2SS 12 - بين الجين ماكس الفضاء فلاجيلوم 20 "

- الحد الأدنى من الجينات المطلوبة MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
الحد الأدنى من عدد الجينات الإلزامية المطلوبة لتقييم النظام. الأول
يجب أن تتوافق القيمة مع اسم النظام ، القيمة الثانية لعدد صحيح. هذا الخيار
يمكن تكرارها عدة مرات: "- T2SS 15
- الحد الأدنى من الجينات المطلوبة فلاجيلوم 10 "

- الجينات الدقيقة المطلوبة MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
الحد الأدنى من عدد الجينات المطلوبة لتقييم النظام (يشمل كليهما
مكونات "إلزامية" و "ملحق"). يجب أن تتوافق القيمة الأولى مع
اسم النظام ، القيمة الثانية لعدد صحيح. يمكن تكرار هذا الخيار عدة مرات
الأوقات: "- min-genesrequired T2SS 15 - الجينات الدقيقة المطلوبة فلاجيلوم 10 "

- الحد الأقصى للجينات MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
العدد الأقصى للجينات المطلوبة لتقييم النظام. يجب أن تكون القيمة الأولى
يتوافق مع اسم النظام ، القيمة الثانية لعدد صحيح. يمكن أن يكون هذا الخيار
تكرر عدة مرات: "-max-nb-genes T2SS 5 - الحد الأقصى للجينات السوط 10

- متعدد المواقع MULTI_LOCI
السماح بتخزين أنظمة متعددة المواقع للأنظمة المحددة. الأنظمة
محدد كقائمة مفصولة بفواصل (- متعدد المواقع sys1، sys2) الافتراضي هو False

مزيد من الخيارات For همر و الزيارات الفلتره:
- حمير HMMER_EXE
الطريق إلى برنامج همر.

--فهرس- ديسيبل INDEX_DB_EXE
المفهرس الذي سيستخدم في Hmmer. يمكن أن تكون القيمة إما "makeblastdb" أو
'formatdb' أو المسار إلى أحد هذه الملفات الثنائية (افتراضي = makeblastb)

- البحث عن القيمة الإلكترونية E_VALUE_RES
الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية للنتائج التي سيتم الإبلاغ عنها أثناء بحث Hmmer. (افتراضي = 1)

- i-Evalue-select I_EVALUE_SEL
يتم تحديد الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية المستقلة لضربات Hmmer للكشف عن النظام.
(افتراضي = 0.001)

- التغطية الشخصية COVERAGE_PROFILE
الحد الأدنى من تغطية ملف التعريف المطلوبة في محاذاة الدخول للسماح بتحديد عدد مرات الدخول
لاكتشاف النظام. (افتراضي = 0.5)

مسار الخيارات:
-d DEF_DIR ، - ديف DEF_DIR
المسار إلى ملفات تعريف الأنظمة.

-o OUT_DIR ، - خارج دير OUT_DIR
المسار إلى الدليل حيث يتم تخزين النتائج. إذا تم تحديد outdir res-search-dir
سيتم تجاهله.

-r RES_SEARCH_DIR ، --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
المسار إلى الدليل حيث يتم تخزين أدلة نتائج بحث MacSyFinder
(دليل العمل الحالي الافتراضي).

--res- بحث- لاحقة RES_SEARCH_SUFFIX
اللاحقة لإعطاء ملفات الإخراج الخام Hmmer.

--res-extract-لاحقة RES_EXTRACT_SUFFIX
اللاحقة التي ستعطى لملفات الإخراج التي تمت تصفيتها.

-p PROFILE_DIR ، - الملف الشخصي- دير PROFILE_DIR
المسار إلى دليل الملفات الشخصية.

- الملف الشخصي- لاحقة PROFILE_SUFFIX
لاحقة ملفات التوصيف. لكل عنصر "جين" ، ملف التعريف المقابل هو
تم البحث في ملف "profile_dir" ، في ملف يعتمد اسمه على اسم الجين + ملف
لاحقة الملف الشخصي. على سبيل المثال ، إذا كان الجين يسمى "gspG" واللاحقة هي
".hmm3" ، ثم يجب وضع الملف الشخصي في الموقع المحدد وتسميته
"gspG.hmm3"

العلاجات العامة الخيارات:
-w WORKER_NB ، --عامل WORKER_NB
عدد العمال الذين سيتم استخدامهم بواسطة MacSyFinder. في حالة رغبة المستخدم في الجري
MacSyFinder في وضع multithread. (0 يعني أنه سيتم استخدام جميع النوى ، الافتراضي 1)

-v, - اللفظ
يزيد من مستوى الإسهاب. هناك 4 مستويات: رسائل خطأ (افتراضي) ،
تحذير (-v)، معلومات (-vv) و Debug. (-vvv)

--سجل ملف تسجيل
المسار إلى الدليل حيث يتم تخزين ملف السجل "macsyfinder.log".

- تكوين CFG_FILE
المسار إلى ملف تكوين MacSyFinder المفترض لاستخدامه.

- التشغيل السابق PREVIOUS_RUN
المسار إلى دليل تشغيل MacSyFinder سابق. يسمح للمرء بتخطي الهمر
خطوة البحث في نفس مجموعة البيانات ، حيث تستخدم نتائج التشغيل السابقة وبالتالي المعلمات
بخصوص كشف Hmmer. سيكون ملف التكوين من هذا التشغيل السابق
مستخدم. (يتعارض مع الخيارات - تكوين, - النتائج- ديسيبل, - الملف الشخصي- لاحقة,
--استخراج لاحقة, - القيمة- الدقة, - نوع ديسيبل, - حمير)

لمزيد من التفاصيل ، قم بزيارة موقع MacSyFinder واطلع على وثائق MacSyFinder.

استخدم macsyfinder عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net