هذا هو الأمر map2slimp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
map2slim - خرائط ارتباطات الجينات إلى أنطولوجيا "ضئيلة"
موجز
مؤتمر نزع السلاح الذهاب
map2slim GO_slims / goslim_generic.obo علم الوجود / علم الجينات.
الوصف
بالنظر إلى ملف GO slim ، والأنطولوجيا الحالية (في ملف واحد أو أكثر) ، سيتم تعيين هذا البرنامج النصي
ملف ارتباط الجينات (يحتوي على تعليقات توضيحية على GO الكامل) للمصطلحات الواردة في GO
معتدل البنيه.
يمكن استخدام البرنامج النصي لإنشاء ملف ارتباط جيني جديد يحتوي على أكثر من ملف
تدخلات GO النحيفة ذات الصلة ، أو في وضع العد ، وفي هذه الحالة ستعطي جينًا متميزًا
المنتج مهم لكل مصطلح ضئيل
يتم وصف تنسيق ملف الاقتران هنا:
<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml# ملف>
الحجج
-b دلو نحيل ملف
تضيف هذه الحجة دلو سياسة الحجب وتقييد الوصول إلى علم الوجود ضئيلة. انظر الوثائق أدناه ل
تفسير. ستتم كتابة ملف الأنطولوجيا النحيف الجديد ، بما في ذلك شروط الجرافة
دلو نحيل ملف
-outmap نحيل رسم الخرائط ملف
سيؤدي هذا إلى إنشاء ملف تعيين لكل مصطلح في الأنطولوجيا الكاملة يظهر كلا من
المصطلح النحيف الأكثر صلة وكل المصطلحات النحيلة التي هي أسلاف. إذا كنت تستخدم هذا
الخيار ، لا تقدم ملف الجمعيات الجينية
الأسماء المعروضة
(يعمل فقط مع -outmap)
اعرض أسماء المصطلح في ملف التعيين النحيف
-c سيؤدي ذلك إلى إجبار map2slim على إعطاء تعدادات لملف التجميع ، بدلاً من تعيينه
-t عند استخدامها بالتزامن مع -c سيعمل على جدولة الإخراج بحيث تعكس المسافة البادئة
التسلسل الهرمي للشجرة في الملف النحيف
-o خارج ملف
سيؤدي هذا إلى كتابة المساعد المعين (أو الأعداد) إلى الملف المحدد ، وليس إلى
الشاشة
DOWNLOAD
هذا البرنامج النصي هو جزء من الذهاب بيرل الحزمة المتاحة من CPAN
<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>
لن يعمل هذا البرنامج النصي بدون تثبيت go-perl
MAPPING الخوارزمية
GO هو DAG وليس شجرة. هذا يعني أنه غالبًا ما يكون هناك أكثر من مسار واحد من مصطلح GO
حتى عقدة Gene_Ontology الجذر ؛ قد يتقاطع المسار في مصطلحات متعددة في النحيف
علم الوجود - مما يعني أنه يمكن تعيين تعليق توضيحي لعدة مصطلحات ضئيلة!
(لاحظ تحتاج إلى عرض هذا على الإنترنت لرؤية الصورة أدناه - إذا كنت لا تشاهد هذا على
ال http://www.geneontology.org الموقع ، يمكنك إلقاء نظرة على عنوان URL التالي:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/* checkout * / geneontology / go-dev / go-perl / doc / map2slim.gif>
)
يظهر المثال الافتراضي للدوائر الزرقاء المصطلحات في GO النحيف ، وتظهر الدوائر الصفراء
المصطلحات في الأنطولوجيا الكاملة. تستوعب الأنطولوجيا الكاملة النحيف ، لذا فإن المصطلحات الزرقاء هي
أيضا في الأنطولوجيا.
انتقل إلى خرائط الهوية للتعرف على هوية جميع الأسلاف النحيفين
===== =============== ===================
5 2 + 3 2,3,1
6 3 فقط 3,1،XNUMX
7 4 فقط 4,3,1،XNUMX
8 3 فقط 3,1،XNUMX
9 4 فقط 4,3,1،XNUMX
10 2 + 3 2,3,1
يُظهر العمود الثاني المعرف (المعرفات) الأكثر صلة في التعيين النحيف المباشر. و 2
يظهر العمود جميع الأجداد في النحيف.
لاحظ على وجه الخصوص تعيين معرف 9 على الرغم من أن هذا يحتوي على مسارين إلى الجذر من خلال
النحيف عبر 3 و 4 ، يتم تجاهل 3 لأنه محصور في 4.
من ناحية أخرى ، 10 خرائط لكل من 2 و 3 لأن كلاهما أول معرف رفيع في ملف
مساران صالحان إلى الجذر ، ولا يستوعب أي منهما الآخر.
الخوارزمية المستخدمة هي:
لتعيين أي مصطلح واحد في الأنطولوجيا الكاملة: ابحث عن جميع المسارات الصالحة من خلال عقدة الجذر في
الأنطولوجيا الكاملة
لكل مسار ، خذ المصطلح الضئيل الأول الذي تمت مواجهته في المسار
تجاهل أي شروط ضئيلة زائدة عن الحاجة في هذه المجموعة ، أي الشروط الضئيلة المدرجة في المصطلحات الصغيرة الأخرى
في المجموعة
دلو شروط
إذا قمت بتشغيل البرنامج النصي باستخدام الخيار -b ، فستتم إضافة شروط المجموعة. لأي مصطلح P في
النحيف ، إذا كان لدى P طفل واحد على الأقل C ، فسيتم إنشاء مصطلح الجرافة P 'تحت P. هذا هو
مصطلح شامل لتعيين أي مصطلح في الأنطولوجيا الكاملة ينحدر من P ، ولكن
ليس من نسل أي طفل من P في علم الوجود النحيف.
على سبيل المثال ، يحتوي الإصدار العام النحيف 0208 على المصطلحات والهيكل التاليين:
٪ ربط الحمض النووي. اذهب: 0003677
٪ ربط الكروماتين. اذهب: 0003682
نسبة نشاط عامل النسخ ؛ اذهب: 0003700 ، انطلق: 0000130
بعد إضافة شروط المجموعة ، سيبدو كما يلي:
٪ ربط الحمض النووي. اذهب: 0003677
٪ ربط الكروماتين. اذهب: 0003682
نسبة نشاط عامل النسخ ؛ اذهب: 0003700 ؛ مرادف: GO: 0000130
@ bucket: ربط Z-OTHER-DNA ؛ Slim_temp_id: 12
المصطلحات من الأنطولوجيا الكاملة التي هي أطفال آخرون لربط الحمض النووي ، مثل مفرد
سيتم ربط ربط الحمض النووي الذي تقطعت به السبل وأحفاده بمصطلح الحاوية.
يحتوي مصطلح الجرافة على معرف رفيع يكون عابرًا ولا يوجد إلا لتسهيل
رسم الخرائط. لا ينبغي استخدامه خارجيًا.
مصطلح الجرافة له البادئة Z-OTHER ؛ Z هو اختراق للتأكد من أن المصطلح
دائمًا ما يتم إدراجه في الترتيب الأبجدي الأخير.
يتم تعديل الخوارزمية بشكل طفيف إذا تم استخدام مصطلحات المجموعة. مصطلح الجرافة له امتداد
علاقة ضمنية بجميع الأشقاء الآخرين ليسوا في النحافة.
Do I حاجة دلو شروط؟
في الوقت الحاضر ، تكون معظم الملفات الصغيرة "مكتملة" بالكامل أو تقريبًا ، وهذا يعني عدم وجود فجوات.
هذا يعني أن الخيار -b لن ينتج عنه نتائج مختلفة ملحوظة. على سبيل المثال،
قد ترى مصطلح مجموعة ربط آخر تم إنشاؤه ، بدون إضافة أي تعليقات توضيحية له: لأن الكل
يتم تمثيل أبناء التجليد في GO في الملف الصغير.
يعد خيار الحاوية ضروريًا فقط لبعض الملفات النحيفة المؤرشفة الأقدم ،
التي تكون ثابتة وتم إنشاؤها بطريقة مخصصة إلى حد ما ؛ يميلون إلى تراكم "الفجوات"
بمرور الوقت (على سبيل المثال ، ستضيف GO عنصرًا ثانويًا جديدًا للربط ، لكن الملف النحيف الثابت لن يصل إلى
التاريخ ، لذلك فإن أي منتجات جينية تم شرحها بهذا المصطلح الجديد سيتم تعيينها إلى ارتباط آخر في
معتدل البنيه)
رسم بياني أخطاء
لاحظ أن ملف (ملفات) الأنطولوجيا الصغيرة قد تكون قديمة فيما يتعلق بالتيار
الأنطولوجيا.
حاليًا لا يشير map2slim إلى عدم تطابق الرسم البياني بين الرسم البياني النحيف والرسم البياني في
ملف الأنطولوجيا الكامل ؛ يأخذ الأنطولوجيا الكاملة على أنها الرسم البياني الحقيقي. ومع ذلك ، فإن
سيتم استخدام علم الوجود النحيف لتنسيق النتائج إذا اخترت ذلك -t -c كخيارات.
OUTPUT
في الوضع العادي ، سيتم كتابة ملف ارتباط جيني بتنسيق قياسي. عمود GO ID
(5) سوف تحتوي على معرفات GO Slim. التعيين يتوافق مع العمود الثاني في الجدول
فوق. لاحظ أن ملف الإخراج قد يحتوي على سطور أكثر من ملف الإدخال. هذا هو
لأن بعض معرّفات GO الكاملة تحتوي على أكثر من معرّف رفيع ذي صلة.
بالإحصاء MODE
يمكن تشغيل map2slim باستخدام الخيار -c ، والذي سيعطي عدد الجينات المميزة
المنتجات المعينة لكل مصطلح قليل السُمك. الأعمدة على النحو التالي
مصطلح GO
العمود الأول هو معرف GO متبوعًا باسم المصطلح (يتم توفير اسم المصطلح كـ
تم العثور عليها في كل من GO الكامل والأنطولوجيا ضئيلة - وعادة ما تكون هي نفسها
ولكن في بعض الأحيان سيتخلف الملف الصغير عن التغييرات في ملف GO)
عدد المنتجات الجينية التي يعتبر هذا المصطلح الأكثر أهمية بالنسبة لها
عدد المنتجات الجينية المتميزة التي يعتبر هذا هو أكثرها صلة / تنحيفًا مباشرًا
هوية شخصية. نعني بالأكثر مباشرة أنه إما أن يتم الارتباط مباشرة بهذا المصطلح ،
أو يتم الارتباط بطفل بهذا المصطلح النحيف وليس هناك طفل نحيل
المصطلح الذي تحدده الجمعية.
بالنسبة لمعظم النحيفين ، سيكون هذا العدد معادلاً لعدد الجمعيات بشكل مباشر
تعيين لهذا المصطلح النحيف. ومع ذلك ، فإن بعض الملفات ضئيلة القديمة "متقطعة" من حيث أنها
اعترف "الثغرات". على سبيل المثال ، إذا كان سليم لديه جميع الأطفال من "عملية بيولوجية" مع
باستثناء "السلوك" فإن جميع التعليقات التوضيحية على "السلوك" أو العناصر الفرعية لها ستكون كذلك
تحسب هنا
انظر المثال أدناه
عدد المنتجات الجينية التي يُستنتج أنها مرتبطة بمصطلح رفيع
وعدد المنتجات الجينية المميزة التي تم شرحها لأي سليل من هذا
معرف ضئيلة (أو مشروحة مباشرة إلى معرف سليم).
علم الزوال
GO الأنطولوجيا
لنأخذ مثالا. إذا استخدمنا -t و -c مثل هذا:
map2slim -t -c GO_slims / goslim_generic.obo علم الوجود / علم الجينات.
ثم قد يبدو جزء من النتائج كما يلي:
GO: 0008150 العملية البيولوجية (العملية البيولوجية) 34 العملية البيولوجية
GO: 0007610 السلوك (السلوك) 632 العملية البيولوجية
GO: 0000004 عملية بيولوجية غير معروفة (عملية بيولوجية غير معروفة) 832 عملية بيولوجية
GO: 0007154 الاتصالات الخلوية (الاتصالات الخلوية) 333 1701 العملية البيولوجية
GO: 0008037 التعرف على الخلايا (التعرف على الخلايا) 19 19 العملية البيولوجية
تم تعيين 19 منتجًا إلى GO: 0008037 أو أحد أبنائها. (GO: 0008037 هي عقدة ورقية في النحيف ، لذا فإن العددين متطابقان).
من ناحية أخرى ، تحصل GO: 0008150 على 34 منتجًا فقط يكون هذا هو الأكثر ملاءمة لها
مصطلح. هذا لأن معظم التعليقات التوضيحية ستنسب إلى عنصر تابع لـ GO: 0008150 في شكل نحيف ،
مثل GO: 0007610 (سلوك). هذه المنتجات الجينية 34 إما مشروحة مباشرة إلى
اذهب: 0008150 ، أو لبعض الأطفال من هذا المصطلح وهو ليس في النحافة. هذا يمكن أن يشير إلى
"فجوات" في النحيف. لاحظ أن تشغيل map2slim مع الخيار -b سوف "يسد" هذه الفجوات
بشروط حشو اصطناعي.
استخدم map2slimp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
