هذا هو الأمر maqview الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
مقفيو - مفهرس المحاذاة وعارضها
موجز
ماكيندكس -i|-v|-b [-c in.cns] في الخريطة [مركز حقوق الإنسان[:بداية[-النهاية]] [...]]
مقفيو [-c in.cns] في الخريطة
الوصف
مقفيو هي مجموعة من البرامج التي تحقق وصولاً عشوائيًا سريعًا إلى ملف المحاذاة
تم إنشاؤها بواسطة `ماك map '، ويعرض المحاذاة باستخدام واجهة مستخدم رسومية لطيفة (مستخدم رسومية
واجهه المستخدم). إنه ذو كفاءة عالية في السرعة والذاكرة واستخدام القرص. مقفيو مبني على
OpenGL ومن المعروف أنه يعمل على كل من نظامي التشغيل Mac OS X و Linux. النقل إلى Windows هو من حيث المبدأ
سهل.
ماكيندكس
ماكيندكس -i|-v|-b [-c in.cns] في الخريطة [مركز حقوق الإنسان[:بداية[-النهاية]] [...]]
-i قم بفهرسة ملف المحاذاة
-v اطبع المحاذاة في المنطقة المحددة بتنسيق "maq mapview"
-b تفريغ المحاذاة في المنطقة المحددة بتنسيق الخريطة الثنائي
-c FILE قم بفهرسة ملف إجماع مق للعرض في مقفيو في نفس الوقت
البرنامج ماكيندكس يقوم بفهرسة ملف محاذاة maq في الخريطة أو يسترجع جميع القراءات بسرعة
منطقة واحدة أو عدة مناطق. واحد من -i, -v و -b لابد من استخدامه. ل -v or -b، مرة على الأقل
يجب تحديد منطقة مثل "chrX" أو "chrX: 1000" أو "chrX: 1,000،2,000-XNUMX،XNUMX". مناطق متعددة
مسموح.
مقفيو
مقفيو [-c in.cns] في الخريطة
-c FILE ملف إجماع مق
البرنامج مقفيو يعرض محاذاة القراءة في نافذة رسومية. متي in.cns is
المحدد ، التسلسل العلوي هو المرجع ، متبوعًا بتسلسل إجماع Maq ؛
وإلا فسيتم احتساب إجماع قاعدة الأغلبية.
Maqview له وجهان: عرض التسلسل وعرض المربع. في عرض التسلسل ، اقرأ التسلسلات
ستتم طباعته على الشاشة. تشير القواعد الأغمق إلى صفات أساسية أقل وخصائص حمراء
تظهر الاختلافات بالمقارنة مع المرجع إذا in.cns محدد أو إلى
توافق حكم الأغلبية إذا لم يكن كذلك. في عرض الصندوق ، توجد أنواع مختلفة من النيوكليوتيدات
تتمثل في مربعات ألوان باللون الأخضر لـ A ، وسماوي لـ C ، وبرتقالي لـ G ، وأحمر لـ T وداكن
الرمادي لـ N. يشير تشبع الألوان إلى الصفات الأساسية وخطوط السمك
يوضح عدد القراءات تعيين صفات محاذاة القراءة. التكبير / التصغير مدعوم فقط
في عرض المربع. في كلا العرضين ، سيظهر شريط الحالة في أسفل النافذة بعضًا
معلومات حول اللمسات الرئيسية ، وقراءة الأسماء والصفات الأساسية التي يشير إليها الماوس.
يتم إجراء التنقل في المحاذاة عن طريق روابط مفاتيح خادعة.
· ارتباطات رئيسية:
؟ عرض المساعدة
مخرج
عرض التسلسل
عرض مربع
p التبديل إلى التسلسل المرجعي السابق
n التبديل إلى التسلسل المرجعي التالي
r تحديث
الانتقال إلى الموضع المشار إليه
ح / تحرك إلى اليسار بقاعدة واحدة
ل / التحرك لليمين بقاعدة واحدة
ك / تحرك للأعلى بمقدار سطر واحد
ي / تحرك لأسفل بمقدار سطر واحد
> الانتقال إلى القراءة التالية
<الانتقال إلى القراءة السابقة
ز / الانتقال إلى بداية المرجع الحالي
ز / الانتقال إلى نهاية المرجع الحالي
ش / تحرك إلى اليسار بمقدار صفحة واحدة
/ تحرك يمينًا بصفحة واحدة
تحرك بمقدار 100 قاعدة
تحرك بمقدار 1000 قاعدة
+ أضف طريقة عرض جديدة
- إزالة العرض الحالي
التبديل بين تشغيل / إيقاف تشغيل التمرير التلقائي الأيمن
^ ب تبديل تشغيل / إيقاف التمرير التلقائي الأيسر
+ تكبير
- تصغير
0 تكبير المقياس الافتراضي
q تبديل إظهار / إخفاء خصائص التعيين
قم بتبديل عرض خصائص خرائط SE / PE
o افتح ملف محاذاة جديد
· أدخل عددًا صحيحًا ثم اضغط للقفز إلى الموضع المطلوب.
· أدخل عددًا صحيحًا ثم اضغط على مفتاح آخر غير لتسريع التمرير بواسطة ملف
عامل محدد.
· انقر بزر الفأرة الأيسر واسحب الصليب الأصفر في المربع للتحرك على طول التسلسل. حق
انقر فوق المرجع لتحديد عمود.
استخدم مقفيو على الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
