ميريل - على الانترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ميريل - عد الكيلومترات والمرافق الداخلية والخارجية

موجز

تقدير ذاكرة المتطلبات
ميريل -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

ميريل -P -m kmersize [-c #] [-p] -n com.mercount

ابني a جدول
ميريل -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L الحدوث] [-U الحد الأقصى]
[-الخيوط n | {-القطع شرائح | -ذاكرة ميغابايت} [-configbatch [-سيج اسم الوظيفة]]]
-s seq.fasta -o com.tblprefix

ميريل -countbatch عدد [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o com.tblprefix

ميريل -دمج عدد [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o com.tblprefix

أداء عمليات on a جدول
ميريل -M عملية [-v] -s com.tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o الناتج

الإغراق a جدول
ميريل د -s com.tblprefix

ميريل -Dt -n mincount -s com.tblprefix

الوصف

ميريل يحسب محتوى كيلومتر من التسلسلات الجينومية. يتم تمثيل محتوى Kmer كـ
قائمة الكيلومترات وعدد مرات حدوث كل منها في تسلسل الإدخال. يمكن أن يكون الكيمر
يقتصر على الكيلومتر الأمامي فقط، أو الكيلومر الخلفي فقط، أو الكيلومتر الأساسي
(من الناحية المعجمية أصغر من الكيلومتر الأمامي والخلفي في كل موقع). ميريل يمكن
الإبلاغ عن الرسم البياني للتعدادات، وقائمة الكيلومترات وأعدادهم، أو يمكن القيام بها
العمليات الرياضية والضبطية على ملفات البيانات المعالجة.

إخراج ميريل عبارة عن ملفين ثنائيين، يُطلق عليهما قاعدة بيانات Meryl، ويمكن تحليلهما بسرعة
ملقاة لتوفير رسم بياني للأعداد، أو الأعداد الفعلية. يتم توفير مكتبة C++
للوصول المباشر إلى الملفات.

OPTIONS

-P تقدير متطلبات الذاكرة. نظرا لملف تسلسل (-s) أو الحد الأعلى على
عدد العلامات في الملف (-n)، حساب حجم الجدول (-t في البناء) للتقليل
استخدام الذاكرة. يتعرف هذا الوضع على الخيارات التالية:

-m # حجم المير (مطلوب)

-c # ضغط البوليمر المتجانس (اختياري)

-p تمكين المواقف

-s seq.fasta
ملف التسلسل المراد مسحه لتحديد عدد Mers

-n # حساب المعلمات بافتراض وجود ملف به العديد من العناصر

واحد فقط من -s, -n بحاجة إلى تحديد. فإذا أعطي كلاهما -s يأخذ الأولوية.

-B حساب جداول عدد Mer في ضوء ملف تسلسلي (-s) والكثير من المعلمات. بواسطة
بشكل افتراضي، تتم معالجة كلا الخيطين.

-f بناء فقط للحبلا إلى الأمام

-r بناء فقط للحبلا العكسي

-C استخدم Mers الكنسي (يفترض كلا الفرعين)

-L # لا تقم بحفظ الرسائل التي تحدث أقل من # مرة

-U # لا تقم بحفظ الرسائل الإعلانية التي تحدث أكثر من # مرة

-m # حجم المير (مطلوب)

-c # ضغط البوليمر المتجانس (اختياري)

-p تمكين المواقف

-s seq.fasta
تسلسل لبناء الجدول ل

-o com.tblprefix
بادئة جدول الإخراج

-v ترفيه المستخدم

• ميريل يمكن تشغيل العملية في دفعة واحدة كبيرة من الذاكرة، وفي العديد من دفعات الذاكرة الصغيرة،
أو تحت سيطرة SGE، كل ذلك مع أو بدون استخدام مراكز وحدة المعالجة المركزية المتعددة. بشكل افتراضي،
ويتم الحساب كعملية واحدة متسلسلة كبيرة. عملية متعددة الخيوط
ممكن، على حساب ذاكرة إضافية، كما هو عملية مجزأة، إضافية
حساب الإدخال/الإخراج.

الخيوط عملية
قم بتقسيم العد إلى قطع متساوية الحجم تقريبًا. هذا يستخدم اضافية
ح ميغابايت (من -P) لكل موضوع.

-الخيوط n
تستخدم n خيوط لبناء

مجزأة، تسلسلي عملية
قم بتقسيم العد إلى أجزاء لا تتناسب مع أكثر من م ميغابايت
الذاكرة، أو إلى قطع متساوية الحجم. يتم حساب كل قطعة بالتسلسل،
ويتم دمج النتائج في النهاية. واحد فقط من -ذاكرة و -القطع is
الحاجة.

-ذاكرة m
تستخدم على الأكثر m ميغابايت من الذاكرة لكل قطعة

-القطع n
تستخدم n شرائح

مجزأة، دفعة واحدة عملية
مثل التسلسلي، إلا أن هذا يسمح بتنفيذ كل مقطع يدويًا
بالتوازي. واحد فقط من -ذاكرة و -القطع وهناك حاجة. انظر أيضا
مثال القسم في هذه الصفحة.

-ذاكرة m
تستخدم على الأكثر m ميغابايت من الذاكرة لكل قطعة

-القطع n
تستخدم n شرائح

-configbatch
إنشاء الدفعات

-countbatch n
تشغيل رقم الدفعة n

-دمج
دمج الدفعات

يمكن تشغيل الوضع المجمع على الشبكة.

-سيج اسم الوظيفة
اسم وظيفة فريد لهذا التنفيذ. ميريل سيتم تقديم وظائف مع الاسم
mpاسم الوظيفة، نكاسم الوظيفة، نانومتراسم الوظيفة، لمراحل التحضير والعد والدمج.

-sgebuild "خيارات"

-sgemerge "خيارات"
أي خيارات إضافية ل com.qsub(١) (على سبيل المثال، "-ص -153 -نفس الخيط 2 -A
ميريلاكونت") ملحوظة - -N سيتم تجاهله ملحوظة - تأكد من اقتباس
الخيارات

-M بالنظر إلى قائمة الجداول، قم بإجراء عملية حسابية أو منطقية أو حدية. إلا إذا
المحددة، كافة العمليات تأخذ أي عدد من قواعد البيانات. العمليات الحسابية هي:

دقيقة العد هو الحد الأدنى لعدد كافة قواعد البيانات. إذا لم يكن مير موجودا في
في جميع قواعد البيانات، يكون عدد المرات صفرًا، وهو غير موجود في الإخراج.

mineexist
العد هو الحد الأدنى لعدد كافة قواعد البيانات التي تحتوي على Mer

ماكس count هو الحد الأقصى لعدد كافة قواعد البيانات

تضيف العد هو مجموع الأعداد لجميع قواعد البيانات

فرعية العد هو الأول ناقص الثاني (ثنائي فقط)

(ABS) العد هو القيمة المطلقة للأول ناقص الثاني (ثنائي فقط)

العمليات المنطقية هي:

و النواتج مير إذا كان موجودا في جميع قواعد البيانات

ناندو تكون المخرجات أكثر إذا كانت موجودة في قاعدة بيانات واحدة على الأقل، ولكن ليس كلها

or المخرجات أكثر إذا كانت موجودة في قاعدة بيانات واحدة على الأقل

XOR المخرجات أكثر إذا كانت موجودة في عدد فردي من قواعد البيانات

عمليات العتبة هي:

أقل من x
النواتج مير إذا كان لديه عدد < س

اصغر من او يساوي x
النواتج مير إذا كان لديه عدد <= س

أكثر من x
النواتج مير إذا كان لديه عدد > س

أكبر من أو يساوي x
النواتج مير إذا كان لديه عدد >= س

متساو x
النواتج مير إذا كان لديه عدد == س

تعمل عمليات العتبة على قاعدة بيانات واحدة بالضبط.

-s com.tblprefix
تستخدم com.tblprefix كقاعدة بيانات

-o com.tblprefix
إنشاء هذا الإخراج

-v ترفيه المستخدم

-D جدول التفريغ (ليس كل هذه الأعمال)

- د تفريغ رسم بياني للمسافة بين نفس العلامات.

-Dt تفريغ Mers >= عتبة. يستخدم -n لتحديد العتبة.

-العاصمة قم بإحصاء عدد العلامات المميزة والعلامات المميزة والفريدة من نوعها.

د تفريغ (إلى stdout) رسم بياني لأعداد Mer.

-s اقرأ جدول العد من هنا (اترك .mcdat أو .mcidx).

مثال

دفعة خلق of a جدول
تهيئة الحساب باستخدام -configbatch، والذي يحتاج إلى جميع خيارات البناء. تنفيذ الكل
-countbatch الوظائف إذن -دمج لإكمال.

ميريل -configbatch -B [خيارات] -o ملف
ميريل -countbatch 0 -o ملف
ميريل -countbatch 1 -o ملف

ميريل -countbatch N -o ملف
ميريل -دمج N -o ملف

استخدم Meryl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net