الصورة المصغرة - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

minimap - رسم خرائط سريع بين تسلسلات الحمض النووي الطويلة

موجز

الخريطة المصغرة [-lSOV] [-k كمير] [-w winSize] [-I حجم الدفعة] [-d ملف مهمل] [-f occThres] [-r
عرض النطاق] [-m minShared] [-c minCount] [-L مين ماتش] [-g maxGap] [-T غبارThres] [-t
نثريدس] [-x مسبقا] target.fa query.fa > input.paf

الوصف

Minimap هي أداة للعثور بكفاءة على مواقع رسم خرائط تقريبية متعددة بين موقعين
مجموعات من التسلسلات الطويلة، مثل ما بين القراءات والجينومات المرجعية، وبين الجينومات و
بين القراءات الصاخبة الطويلة. تحتوي الخريطة المصغرة على مرحلة فهرسة ورسم خرائط. في الفهرسة
المرحلة الأولى، تجمع كل أدوات التصغير لمجموعة كبيرة من التسلسلات المستهدفة في جدول التجزئة؛ في
في مرحلة رسم الخرائط، فإنها تحدد مجموعات جيدة من الزيارات المصغر الخطية. الخريطة المصغرة تفعل ذلك
لا تنشئ محاذاة تفصيلية بين الهدف وتسلسلات الاستعلام. انه فقط
يُخرج إحداثيات البداية والنهاية التقريبية لهذه المجموعات.

OPTIONS

الفهرسة الخيارات
-k INT طول المصغر k-mer [15]

-w INT تصغير حجم النافذة [2/3 طول k-mer]. المصغر هو أصغر k-mer
في نافذة من k-mers متتالية.

-I NUM تحميل على الأكثر NUM القواعد المستهدفة في ذاكرة الوصول العشوائي للفهرسة [4G]. إذا كان هناك أكثر من
NUM قواعد في target.fa، الخريطة المصغرة تحتاج إلى القراءة query.fa عدة مرات لتعيينه
ضد كل دفعة من التسلسلات المستهدفة. NUM قد تنتهي بـ k/K/m/M/g/G.

-d FILE تفريغ مؤشر التصغير إلى FILE [لا يوجد تفريغ]

-l تشير إلى أن target.fa هو في الواقع مؤشر مصغر تم إنشاؤه بواسطة الخيار -d، لا
ملف FASTA أو FASTQ.

التخطيط الخيارات
-f تطفو تجاهل القمة تطفو جزء من المصغرات الأكثر حدوثًا [0.001]

-r INT عرض النطاق الترددي التقريبي لمجموعات الضربات الأولية [500]. أ المصغر
ضرب هو أداة تصغير موجودة في كل من تسلسل الهدف والاستعلام. أ المصغر
ضرب كتلة عبارة عن مجموعة من الضربات الخطية المحتملة بين الهدف
وتسلسل الاستعلام.

-m تطفو دمج مجموعات الضرب المصغر الأولية إذا تطفو أو نسبة أعلى من المصغرات
يتم تقاسمها بين المجموعات [0.5]

-c INT احتفظ بمجموعة النتائج المصغرة إذا كانت تحتوي على INT أو أكثر من الضربات المصغرة [4]

-L INT تجاهل مجموعة النتائج المصغرة إذا كان عدد المطابقة بعد الخطية المتداخلة
القواعد أدناه INT [40]. يعمل هذا الخيار بشكل أساسي على تقليل حجم الإخراج. لقد
تأثير يذكر على سرعة وذروة الذاكرة.

-g INT قم بتقسيم مجموعة الضربات المصغرة عند فجوة INT-bp أو أطول لا يحتوي على
أي مصغر يضرب [10000]

-T INT قناع المناطق في تسلسل الاستعلام مع عتبة درجة SDUST INT; 0 للتعطيل
[0]. SDUST هي خوارزمية لتحديد التبعات منخفضة التعقيد. ليس
ممكّن افتراضيًا. إذا كان SDUST هو المفضل، تكون القيمة بين 20 و25
مُستَحسَن. عتبة أعلى تخفي تسلسلات أقل.

-S تنفيذ رسم الخرائط الكل مقابل الكل. في هذا الوضع، إذا كان اسم تسلسل الاستعلام
معجميا أكبر من اسم التسلسل الهدف، والضربات بينهما
سيتم قمعها. إذا كان اسم تسلسل الاستعلام هو نفس الاسم الهدف،
سيتم أيضًا منع ضربات التصغير القطرية.

-O قم بإسقاط ضربة مصغر إذا كانت بعيدة عن النتائج الأخرى (تجريبية). هذا
الخيار مفيد لرسم خرائط الكروموسومات الطويلة من نوعين متباينين.

-x STR تغيير إعدادات متعددة بناءً على STR [غير مضبوط]. يوصى بالتطبيق
هذا الخيار قبل الخيارات الأخرى، بحيث قد يتم تجاوز الخيارات التالية
الإعدادات المتعددة المعدلة بواسطة هذا الخيار.

ava10k لقراءة تعيين PacBio أو Oxford Nanopore الكل مقابل الكل (-Sw5 -L100 -m0).

الإدخال / الإخراج الخيارات
-t INT عدد المواضيع [3]. يستخدم Minimap ثلاثة سلاسل على الأكثر عند التجميع
المصغرات على التسلسل المستهدف، ويستخدم ما يصل إلى INT+1 المواضيع عند تعيين (
الخيط الإضافي مخصص للإدخال/الإخراج، وهو غالبًا ما يكون خاملاً ويستغرق القليل من وقت وحدة المعالجة المركزية).

-V طباعة رقم النسخة على stdout

OUTPUT FORMAT

يقوم Minimap بإخراج مواضع التعيين بتنسيق Pairwise mApping Format (PAF). PAF هو TAB-
تنسيق نص محدد مع كل سطر يتكون من 12 حقلاً على الأقل كما هو موضح في
الجدول التالي:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│مع │ النوع │ الوصف │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ سلسلة اسم تسلسل الاستعلام │
│ 2 │ int طول تسلسل الاستعلام │
│ 3 │ int │ بدء تنسيق الاستعلام (على أساس 0) │
│ 4 │ int │ تنسيق نهاية الاستعلام (على أساس 0) │
│ 5 char │ `+ 'إذا كان الاستعلام والهدف على نفس الخيط ؛ "- 'إذا كان العكس │
│ 6 │ سلسلة اسم تسلسل الهدف │
│ 7 │ int طول التسلسل المستهدف │
│ 8 │ int │ الهدف تنسيق البدء على الخيط الأصلي │
│ 9 │ int │ تنسيق النهاية المستهدفة على الشريط الأصلي │
│ 10 │ int عدد قواعد المطابقة في التعيين │
│ 11 │ int قواعد الأرقام ، بما في ذلك الفجوات ، في التعيين │
│ 12 │ int │ تعيين الجودة (0-255 مع 255 للمفقودين) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

عندما تكون المحاذاة متاحة، يعرض العمود 11 إجمالي عدد مطابقات التسلسل،
عدم التطابق والفجوات في المحاذاة؛ العمود 10 مقسومًا على العمود 11 يعطي المحاذاة
هوية. نظرًا لأن الخريطة المصغرة لا تنشئ محاذاة تفصيلية، فإن هذين العمودين هما كذلك
تقريبي. قد تحتوي PAF اختياريًا على حقول إضافية في قيمة المفتاح المكتوبة الشبيهة بـ SAM
شكل. يقوم Minimap بكتابة عدد مرات الوصول إلى التصغير في المجموعة إلى العلامة cm.

استخدم الخريطة المصغرة عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net