التمهيدي - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الاشعال - نسخة بسيطة من primer3 لاختيار الاشعال PCR

موجز

الاشعال -تسلسل seqall [-المنطقة المستهدفة نطاق] [- دقيقة عدد صحيح] [-اقصى حجم عدد صحيح]
[-الحد الأقصى الطفو] [- شرح منطقية] [-عودة عدد صحيح] -ملف ملف

الاشعال -مساعدة

الوصف

الاشعال هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) القيادة "النووية: البادئة".

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall
التسلسل الذي يتم اختيار الاشعال منه. يجب تقديم التسلسل 5 '-> 3'

إضافي قسم
-المنطقة المستهدفة نطاق
إذا تم تحديد هدف واحد أو أكثر ، فيجب أن يحيط زوج تمهيدي قانوني واحد على الأقل
منهم. قد يكون الهدف عبارة عن موقع تكرار تسلسل بسيط (على سبيل المثال تكرار CA) أو
تعدد الأشكال أحادي القاعدة. يجب أن تكون القيمة قائمة مفصولة بمسافات من
و أزواج أين هو فهرس القاعدة الأولى للهدف ، و
هو الأخير Eg 50,51،2 يتطلب من بادئات إحاطة القاعدتين في المواضع 50
و 51

- دقيقة عدد صحيح
الطول الأدنى المقبول للبرايمر. يجب أن يكون أكبر من 0 وأقل من أو يساوي
إلى الحجم الأقصى. القيمة الافتراضية: 18

-اقصى حجم عدد صحيح
الطول الأقصى المقبول (في القواعد) من مادة التمهيدي. حاليا لا يمكن أن تكون هذه المعلمة
أكبر من 35. يخضع هذا الحد الأقصى لحجم oligo الذي يستخدمه Primer3's
درجة حرارة الانصهار صالحة. القيمة الافتراضية: 27

-الحد الأقصى الطفو
أقصى فرق مقبول (غير موقع) بين درجات حرارة انصهار
التمهيدي الأمامي والخلفي. القيمة الافتراضية: 100.0

الناتج قسم
- شرح منطقية
إذا كانت هذه العلامة غير 0 ، فقم بإنتاج LEFT-EXPLAIN و RIGHT-EXPLAIN ، والإخراج ، وهما
تهدف إلى توفير معلومات عن عدد أزواج البرايمر التي فحصها Primer3 ،
وإحصائيات عن العدد المهمل لأسباب مختلفة. القيمة الافتراضية: N

-عودة عدد صحيح
الحد الأقصى لعدد أزواج البرايمر المراد إرجاعها. أزواج التمهيدي التي تم إرجاعها مرتبة حسب
"جودتهم" ، بمعنى آخر من خلال قيمة الوظيفة الموضوعية (حيث يكون أقل
الرقم يشير إلى زوج تمهيدي أفضل). تحذير: ضبط هذه المعلمة على حجم كبير
ستزيد القيمة من وقت التشغيل. القيمة الافتراضية: 5

-ملف ملف

استخدم Primerse عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net