showseqe - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

showseq - يعرض تسلسلات مع ميزات بتنسيق جميل

موجز

showseq -تسلسل seqall -ملف ملف البيانات -شكل الإدارية -أشياء الإدارية [-يترجم نطاق]
[-revtranslate نطاق] [-الأحرف الكبيرة نطاق] [-تسليط الضوء نطاق] [-حاشية. ملاحظة نطاق]
[- الانزيمات سلسلة] [-الطاولة الإدارية] [-Sourcematch سلسلة] [-طريقة سلسلة]
[-Sensematch عدد صحيح] [-مينسكور الطفو] [-أقصى درجة الطفو] [-tagmatch سلسلة]
[-valuematch سلسلة] [-العلامات التجارية منطقية] -تنسيق مسطح منطقية -mincuts عدد صحيح
- الحد الأقصى عدد صحيح -سيتلين عدد صحيح -أعزب منطقية -صريح منطقية -لزج منطقية
-التباس منطقية -بلازميد منطقية -المثيلة منطقية - تجاري منطقية
-حد منطقية - حجم صغير عدد صحيح -ثلاثة أحرف منطقية -رقم منطقية
-عرض عدد صحيح -الطول عدد صحيح -هامش عدد صحيح -اسم منطقية -وصف منطقية
-عوض عدد صحيح -لغة البرمجة منطقية -ملف ملف

showseq -مساعدة

الوصف

showseq هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). وهو جزء من أمر "Nucleic:Translation,Nucleic:Restriction".
مجموعات).

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall

-ملف ملف البيانات
القيمة الافتراضية: Emethylsites.dat

مطلوب: قسم
-شكل الإدارية
القيمة الافتراضية: 2

-أشياء الإدارية
حدد قائمة مكونة من حرف واحد أو أكثر من أحرف التعليمات البرمجية بالترتيب الذي تريد أن تكون به الأشياء
يتم عرضها واحدة فوق الأخرى أسفل الصفحة. على سبيل المثال، إذا كنت ترغب في رؤية الأشياء
يتم عرضه بالترتيب: التسلسل، التسلسل التكميلي، خط التجزئة، الإطار 1
الترجمة، سطر فارغ؛ ثم يجب عليك إدخال 'S,C,T,1,B'. القيمة الافتراضية: B,N,T,S,A,F

إضافي قسم
-يترجم نطاق
المناطق المراد ترجمتها (في حالة الترجمة). إذا تم ترك هذا فارغًا فإن التسلسل الكامل هو
مترجم. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. ال
المواقف هي أعداد صحيحة. مفصولة بأي حرف غير رقمي وغير ألفا.
أمثلة لمواصفات المنطقة هي: 24-45 ، 56-78 1:45 ، 67 = 99 ؛ 765

-revtranslate نطاق
المناطق المراد ترجمتها (في حالة الترجمة). إذا تم ترك هذا فارغًا فإن التسلسل الكامل هو
مترجم. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. ال
المواقف هي أعداد صحيحة. مفصولة بأي حرف غير رقمي وغير ألفا.
أمثلة على مواصفات المنطقة هي: 78-56، 45-24، 888..765، 99=67؛ 45:1

-الأحرف الكبيرة نطاق
المناطق التي يجب وضعها بأحرف كبيرة. إذا تم ترك هذا فارغًا، فسيتم ترك حالة التسلسل
وحيد. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. المواقف هي
الأعداد الصحيحة. ويتم فصلها بأي حرف غير رقمي وغير ألفا. أمثلة على المنطقة
المواصفات هي: 24-45، 56-78 1:45، 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-تسليط الضوء نطاق
المناطق المراد تلوينها في حالة التنسيق لـ HTML. إذا تم ترك هذا فارغًا، فهذا يعني أن التسلسل هو
ترك وحيدا. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. ال
المواقف هي أعداد صحيحة. ويتبعها أي لون خط HTML صالح. أمثلة على
مواصفات المنطقة هي: 24-45 أزرق 56-78 برتقالي 1-100 أخضر 120-156 أحمر ملف من
يمكن تحديد النطاقات للون (نطاق واحد لكل سطر) كـ "@filename".

-حاشية. ملاحظة نطاق
المناطق المراد التعليق عليها عن طريق وضع علامة. إذا تم ترك هذا فارغًا ، فلن تتم إضافة أي تعليق توضيحي. أ
يتم تحديد مجموعة من المناطق من خلال مجموعة أزواج من المواضع متبوعة بنص اختياري.
المواقف هي أعداد صحيحة. ويتبعها أي نص (ولكن ليس بأرقام عندما تكون في ملف
سطر الأوامر). أمثلة على مواصفات المنطقة هي: 24-45 مجال جديد 56-78 مطابق
Mouse 1-100 الجزء الأول 120-156 oligo ملف نطاقات للتعليق عليها (نطاق واحد لكل سطر)
يمكن تحديدها كـ "filename".

- الانزيمات سلسلة
يُقرأ الاسم "all" في جميع أسماء الإنزيمات من قاعدة بيانات REBASE. يمكنك تحديد
الإنزيمات وذلك بإعطاء أسمائها بفواصل بينها، مثل:
"HincII، hinfI، ppiI،hindiii". حالة الأسماء ليست مهمة. يمكنك تحديد أ
ملف بأسماء الإنزيمات المراد قراءتها من خلال إعطاء اسم الملف الذي يحتوي على الإنزيم
الأسماء التي يوجد أمامها الحرف "@"، على سبيل المثال، "@enz.list". خطوط فارغة و
الأسطر التي تبدأ بحرف التجزئة أو "!" يتم تجاهلها وجميع الخطوط الأخرى
متسلسلة مع حرف فاصلة '،' ثم يتم التعامل معها على أنها قائمة
الانزيمات للبحث عنها. مثال على ملف أسماء الإنزيمات هو: ! إنزيماتي HincII،
نقطة في البوصة! الإنزيمات الأخرى الهندية HinfI PpiI القيمة الافتراضية: الكل

-الطاولة الإدارية

الميزات عرض الخيارات
-Sourcematch سلسلة
يتم عرض أي مصدر ميزة في جدول الميزات افتراضيًا. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي مصدر ميزة ترغب في إظهاره. عادة ما يكون اسم المصدر إما اسم ملف
البرنامج الذي اكتشف الميزة أو هو جدول الميزات (على سبيل المثال: EMBL) الذي يحتوي على
جاءت الميزة من. قد يتم حرف البدل المصدر باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار المزيد
من مصدر واحد ، افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: gene * | embl الافتراضي
قيمة: *

-طريقة سلسلة
يتم عرض أي نوع ميزة في جدول الميزات بشكل افتراضي. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي نوع ميزة ترغب في عرضها. يرى http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ للحصول على قائمة
من أنواع ميزات EMBL وانظر الملحق أ من دليل مستخدم Swissprot بصيغة
http://www.expasy.org/sprot/userman.html للحصول على قائمة بأنواع ميزات Swissprot.
يمكن كتابة حرف بدل باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار أكثر من نوع ،
افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: * UTR | القيمة الافتراضية لـ intron: *

-Sensematch عدد صحيح
يتم عرض أي نوع ميزة في جدول الميزات بشكل افتراضي. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي إحساس بالميزة ترغب في إظهاره. 0 - أي معنى، 1 - اتجاه للأمام، -1 - عكس
إحساس

-مينسكور الطفو
الحد الأدنى من نقاط الميزة المراد عرضها (انظر أيضًا maxscore) القيمة الافتراضية: 0.0

-أقصى درجة الطفو
الحد الأقصى لدرجة الميزة التي سيتم عرضها. إذا كان كل من minscore و maxscore يساوي صفرًا (ملف
الافتراضي)، ثم يتم تجاهل أي نتيجة القيمة الافتراضية: 0.0

-tagmatch سلسلة
العلامات هي أنواع القيم الإضافية التي قد تحتوي عليها الميزة. على سبيل المثال في EMBL
جدول الميزات ، قد يحتوي نوع ميزة "CDS" على العلامات "/ codon" ، "/ codon_start" ،
'/ db_xref'، '/ EC_number'، '/ Evidence'، '/ استثناء'، '/ function'، '/ gene'، '/ label'،
'/ map'، '/ note'، '/ number'، '/ جزئية'، '/ product'، '/ protein_id'، '/ pseudo'،
'/ standard_name' أو '/ translation' أو '/ transl_except' أو '/ transl_table' أو '/ usedin'.
تحتوي بعض هذه العلامات أيضًا على قيم ، على سبيل المثال ، يمكن أن يكون لـ "/ gene" قيمة
اسم الجين. يتم عرض أي علامة ميزة في جدول الميزات بشكل افتراضي. يمكنك ضبط هذا
لمطابقة أي علامة ميزة ترغب في عرضها. قد يتم حرف البدل في العلامة باستخدام "*". لو
كنت ترغب في إظهار أكثر من علامة واحدة ، وفصل أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال:
الجين | التسمية القيمة الافتراضية: *

-valuematch سلسلة
قيم العلامة هي القيم المرتبطة بعلامة المعالم. العلامات هي أنواع الإضافات
القيم التي قد تحتويها الميزة. على سبيل المثال في جدول ميزات EMBL ، هناك نوع "CDS" من
قد تحتوي الميزة على العلامات '/ codon' ، '/ codon_start' ، '/ db_xref' ، '/ EC_number' ،
'/ أدلة'، '/ استثناء'، '/ function'، '/ gene'، '/ label'، '/ map'، '/ note'، '/ number'،
'/ جزئي'، '/ product'، '/ protein_id'، '/ pseudo'، '/ standard_name'، '/ translation'،
"/ transl_except" أو "/ transl_table" أو "/ usedin". يمكن أن تحتوي بعض هذه العلامات فقط
القيم ، على سبيل المثال "/ gene" يمكن أن يكون لها قيمة اسم الجين. افتراضيا أي ملف
يتم عرض قيمة علامة الميزة في جدول الميزات. يمكنك ضبط هذا لمطابقة أي ميزة
قيمة العلامة التي ترغب في إظهارها. يمكن استخدام أحرف البدل في قيمة العلامة باستخدام "*". لو كنت تريد
لإظهار أكثر من قيمة علامة واحدة ، افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: pax *
| 10 القيمة الافتراضية: *

-العلامات التجارية منطقية
بشكل افتراضي إذا كان أي زوج علامة / قيمة في ميزة يطابق العلامة والقيمة المحددين ،
ثم سيتم عرض جميع أزواج العلامات / القيم لهذه الميزة. إذا تم تعيين هذا ليكون
صحيح ، إذًا فقط أزواج العلامة / القيمة تلك الموجودة في الميزة التي تطابق العلامة المحددة و
سيتم عرض القيمة. القيمة الافتراضية: N

متقدم قسم
تقييد رسم خريطة الخيارات
-تنسيق مسطح منطقية
يؤدي هذا إلى تغيير تنسيق الإخراج إلى تنسيق يُشار فيه إلى موقع التعرف بواسطة صف
من الأحرف '===' ويتم الإشارة إلى موقع القطع بحرف '>' في المقدمة
بمعنى، أو "<" بالمعنى العكسي. القيمة الافتراضية: ن

-mincuts عدد صحيح
وهذا يحدد الحد الأدنى لعدد التخفيضات لأي إنزيم تقييد
يعتبر. سيتم تجاهل أي إنزيمات تقطع مرات أقل من ذلك. القيمة الافتراضية:
1

- الحد الأقصى عدد صحيح
يؤدي هذا إلى تعيين الحد الأقصى لعدد القطع لأي إنزيم تقييد
يعتبر. سيتم تجاهل أي إنزيمات تقطع مرات أكثر من ذلك. القيمة الافتراضية:
2000000000

-سيتلين عدد صحيح
يؤدي هذا إلى تعيين الحد الأدنى لطول موقع التعرف على إنزيم التقييد. أي إنزيمات
مع المواقع الأقصر من هذا سيتم تجاهلها. القيمة الافتراضية: 4

-أعزب منطقية
إذا تم تعيين هذا، فهذا يفرض قيم مؤهلات mincuts وmaxcuts على
كلاهما يكون 1. سيتم تجاهل أي قيمة أخرى قد تكون قمت بتعيينهما عليها. القيمة الافتراضية: ن

-صريح منطقية
وهذا يسمح لتلك الإنزيمات بالقطع في نفس الموضع للأمام والخلف
فروع للنظر فيها. القيمة الافتراضية: Y

-لزج منطقية
وهذا يسمح لتلك الإنزيمات بالقطع في مواضع مختلفة للأمام والخلف
فروع، وترك المتراكمة، للنظر فيها. القيمة الافتراضية: Y

-التباس منطقية
وهذا يسمح لتلك الإنزيمات التي تحتوي على واحد أو أكثر من رموز الغموض "N" في نمطها
ليتم اعتبارها القيمة الافتراضية: Y

-بلازميد منطقية
إذا تم تعيين هذا، فسيسمح هذا بالبحث عن موقع التعرف على إنزيم التقييد و
قطع المواضع التي تمتد إلى نهاية التسلسل الذي سيتم النظر فيه. القيمة الافتراضية: ن

-المثيلة منطقية
إذا تم تعيين هذا ، فلن تتطابق مواقع التعرف على RE مع القواعد الميثيلية. تقصير
القيمة: ن

- تجاري منطقية
إذا تم ضبط هذا، فسيتم البحث فقط عن تلك الإنزيمات الموجودة لدى مورد تجاري
ل. يتم تجاهل هذا المؤهل إذا قمت بتحديد قائمة واضحة من الإنزيمات
ابحث عن، بدلاً من البحث في "جميع" الإنزيمات الموجودة في قاعدة بيانات REBASE. هو - هي
من المفترض أنه إذا كنت تطلب إنزيمًا صريحًا، فمن المحتمل أنك تعرفه
ومن أين يمكن الحصول عليه وهكذا جميع أسماء الإنزيمات التي طلبت البحث عنها،
وسيتم الإبلاغ عن القطع سواء كان لديهم مورد تجاري أم لا.
القيمة الافتراضية: ص

-حد منطقية
وهذا يحد من الإبلاغ عن الإنزيمات إلى إنزيم واحد فقط من كل مجموعة
إيسوسشيزومرات. الإنزيم الذي تم اختياره لتمثيل مجموعة isoschizomer هو النموذج الأولي
المشار إليه في ملف البيانات 'embossre.equ'، الذي أنشأه البرنامج
"rebaseextract". إذا كنت تفضل استخدام نماذج أولية مختلفة، فقم بعمل نسخة منها
embossre.equ في الدليل الرئيسي الخاص بك وقم بتحريره. إذا تم تعيين هذه القيمة لتكون خاطئة ثم
سيتم الإبلاغ عن كافة الإنزيمات المدخلة. قد ترغب في تعيين هذا على خطأ إذا كنت
توفر مجموعة واضحة من الإنزيمات بدلاً من البحث عن "جميعها". تقصير
القيمة: ص

- حجم صغير عدد صحيح
يؤدي هذا إلى تعيين الحد الأدنى لحجم إطارات القراءة المفتوحة (ORFs) التي سيتم عرضها في
ترجمات. يتم إخفاء جميع مناطق الترجمة الأخرى عن طريق تغيير الأحماض الأمينية إلى
'-' الشخصيات.

-ثلاثة أحرف منطقية
القيمة الافتراضية: N

-رقم منطقية
القيمة الافتراضية: N

-عرض عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 60

-الطول عدد صحيح

-هامش عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 10

-اسم منطقية
قم بتعيين هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض اسم معرف التسلسل الافتراضي
القيمة: ص

-وصف منطقية
قم بتعيين هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض وصف التسلسل
القيمة الافتراضية: ص

-عوض عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 1

-لغة البرمجة منطقية
القيمة الافتراضية: N

الناتج قسم
-ملف ملف

استخدم showeqe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net