هذا هو حزمة الأوامر الستة التي يمكن تشغيلها في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
sixpack - عرض تسلسل DNA مع ترجمة مكونة من 6 إطارات وORFs
موجز
sixpack -تسلسل تسلسل [-الطاولة الإدارية] [-firstorf منطقية] [-lastorf منطقية]
[-مبدأ منطقية] -ملف ملف -تسق com.seqoutall -يعكس منطقية
- حجم صغير عدد صحيح -الأحرف الكبيرة نطاق -تسليط الضوء نطاق -رقم منطقية
-عرض عدد صحيح -الطول عدد صحيح -هامش عدد صحيح -اسم منطقية -وصف منطقية
-عوض عدد صحيح -لغة البرمجة منطقية
sixpack -مساعدة
الوصف
sixpack هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من "النواة: اكتشاف الجينات ، النواة: الترجمة ، العرض"
مجموعة (مجموعات) القيادة.
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل تسلسل
إضافي قسم
-الطاولة الإدارية
رمز الوراثة المستخدم للترجمة
-firstorf منطقية
قم بحساب بداية التسلسل كـ ORF محتمل، حتى لو كان أقل شأنا من
الحد الأدنى لحجم ORF. القيمة الافتراضية: Y
-lastorf منطقية
قم باحتساب نهاية التسلسل على أنه ORF محتمل، حتى لو لم ينته بـ STOP،
أو أقل من الحد الأدنى لحجم ORF. القيمة الافتراضية: Y
-مبدأ منطقية
يعرض فقط ORFs التي تبدأ بالحرف M. القيمة الافتراضية: N
الناتج قسم
-ملف ملف
-تسق com.seqoutall
إخراج تسلسل ORF
-يعكس منطقية
عرض أيضًا ترجمة تسلسل الحمض النووي في الإطارات العكسية الثلاثة الافتراضية
القيمة: ص
- حجم صغير عدد صحيح
الحد الأدنى لحجم إطارات القراءة المفتوحة (ORFs) التي سيتم عرضها في الترجمات. تقصير
القيمة: 1
-الأحرف الكبيرة نطاق
المناطق التي يجب وضعها بأحرف كبيرة. إذا تم ترك هذا فارغًا، فسيتم ترك حالة التسلسل
وحيد. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. المواقف هي
الأعداد الصحيحة. ويتم فصلها بأي حرف غير رقمي وغير ألفا. أمثلة على المنطقة
المواصفات هي: 24-45، 56-78 1:45، 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
-تسليط الضوء نطاق
المناطق المراد تلوينها في حالة التنسيق لـ HTML. إذا تم ترك هذا فارغًا، فهذا يعني أن التسلسل هو
ترك وحيدا. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. ال
المواقف هي أعداد صحيحة. ويتبعها أي لون خط HTML صالح. أمثلة على
مواصفات المنطقة هي: 24-45 أزرق 56-78 برتقالي 1-100 أخضر 120-156 أحمر ملف من
يمكن تحديد النطاقات للون (نطاق واحد لكل سطر) كـ "@filename".
-رقم منطقية
رقم التسلسل في بداية ونهاية كل سطر. القيمة الافتراضية: Y
-عرض عدد صحيح
عدد النيوكليوتيدات المعروضة في كل سطر القيمة الافتراضية: 60
-الطول عدد صحيح
-هامش عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 10
-اسم منطقية
قم بتعيين هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض اسم معرف التسلسل.
القيمة الافتراضية: ص
-وصف منطقية
اضبط هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض وصف التسلسل.
القيمة الافتراضية: ص
-عوض عدد صحيح
الرقم الذي تريد ترقيم تسلسل الحمض النووي منه. القيمة الافتراضية: 1
-لغة البرمجة منطقية
القيمة الافتراضية: N
استخدم sixpacke عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
