هذا هو الأمر subread-buildindex الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
subread-buildindex - يبني فهرس مساحة أساسية أو مساحة ألوان باستخدام المرجع
متواليات
الاستعمال
فهرس القراءة الفرعية [خيارات] -o {ملف فاستا 1} [ملف فاستا 2] ...
الحجج المطلوبة:
-o
الاسم الأساسي للمؤشر الذي سيتم إنشاؤه
وسيطات اختيارية:
-F إنشاء فهرس كامل للجينوم المرجعي. سيتم استخراج القراءات الفرعية التي يبلغ طولها 16 زوجًا قاعديًا من
كل موضع في الجينوم المرجعي. حجم المؤشر عادةً ما يكون ثلاثة أضعاف
حجم الفهرس الذي تم بناؤه باستخدام الإعداد الافتراضي.
-B أنشئ كتلة فهرس واحدة. لن يُقسّم الفهرس المُنشأ إلى أجزاء متعددة.
يؤدي هذا إلى طلب أكبر قدر من الذاكرة عند تشغيل المحاذاة، ولكن
يتيح تحقيق أقصى سرعة للرسم. يتجاوز هذا الخيار -M متى
ويتم توفيره أيضًا.
-M
حجم الذاكرة المطلوبة (RAM) بالميغابايت، 8000 افتراضيًا.
-f
حدد الحد الأدنى لإزالة القراءات الفرعية غير المفيدة (16 مللي ثانية متكررة للغاية)
في المرجع). 100 افتراضيًا.
-c بناء مؤشر مساحة اللون.
-v نسخة الإخراج من البرنامج.
لمزيد من المعلومات حول هذه الحجج، يرجى الرجوع إلى دليل المستخدم.
قراءة فرعية- 1.5.0-p1+dfsg-2
استخدم subread-buildindex عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
