هذا هو الأمر TransDecoder.Predict الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Transdecoder - تنبؤ بروتين ترنسكريبتوم
الاستعمال
مطلوب:
-t النصوص
الخيارات الشائعة:
--retain_long_orfs تحتفظ بجميع ORFs التي وجدت مساوية أو أطول من هذه النيوكليوتيدات العديدة حتى لو لم يكن هناك دليل آخر
يميزها على أنها ترميز (افتراضي: 900 نقطة أساس => 300 أأ)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm للبحث
باستخدام hmmscan (والذي يجب أن يكون متاحًا عبر إعداد PATH الخاص بك)
--retain_blastp_hits
خيارات متقدمة
--يدرب ملف FASTA مع ORFs لتدريب Markov Mod للتعرف على البروتين ؛ خلاف ذلك
أطول استخدام ORFs غير زائدة عن الحاجة
-ت إذا لم يكن هناك تدريب ، فقم بأطول ORFs لتدريب نموذج ماركوف (إحصائيات سداسية) (افتراضي: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PEDICT(1)
استخدم TransDecoder.Predict عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
