āĻāĻāĻŋ bowtie2-inspect āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
bowtie2-inspect - bowtie2-inspect-* āĻ¸ā§āĻāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻĄāĻŧāĻ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
bowtie2-āĻĒāĻ°āĻŋāĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ [āĻ āĻĒāĻļāĻ¨]*
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻŦā§āĻ¨ āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻāĻŽā§āĻĄ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻŦā§āĻāĻŋ 2 āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 2.2.6 ([āĻāĻŽā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤], www.cs.jhu.edu/~langmea)
bt2 āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻŽāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ¸ āĻā§āĻ°ā§āĻāĻ˛āĻŋāĻ .1.bt2/.2.bt2
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻ¸ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° FASTA āĻ°ā§āĻāĻ°ā§āĻĄ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°ā§āĻĄā§ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻ āĻ¸āĻā§āĻā§ -n, āĻļā§āĻ§ā§ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§ -s, āĻļā§āĻ§ā§ āĻ¸ā§āĻāĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§
āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ°āĻŽāĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§ -e, āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻšāĻ˛ā§ āĻ°āĻ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
--āĻŦā§āĻšā§-āĻ¸ā§āĻāĻ
'āĻŦāĻĄāĻŧ' āĻ¸ā§āĻāĻā§āĻ° āĻā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨, āĻāĻŽāĻ¨āĻāĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ 'āĻā§āĻ' āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻĨāĻžāĻā§āĨ¤
-a/---āĻā§āĻĄāĻŧā§
FASTA āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻ āĻā§āĻˇāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 60)
-n/---āĻ¨āĻžāĻŽ
āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ°
-s/--āĻ¸āĻžāĻ°āĻ¸āĻāĻā§āĻˇā§āĻĒ
āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻ¸āĻš. ref āĻ¨āĻžāĻŽ, āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯, āĻ¸ā§āĻāĻ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯
-e/--bt2-āĻ°ā§āĻĢ
.bt2 āĻĨā§āĻā§ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻāĻ āĻ¨ (āĻ§ā§āĻ°ā§, āĻ°āĻ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°ā§)
-v/--āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ¸
āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ (āĻĄāĻŋāĻŦāĻžāĻāĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯)
-h/--- āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯
āĻā§āĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻāĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨
--help āĻāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ bowtie2-āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻĒā§āĻā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨