এটি হল bp_indexp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bp_index.pl - bp_fetch.pl দ্বারা ব্যবহারের জন্য ফাইলগুলিকে সূচী করে
সাইনোপিসিস
bp_index.pl index_name file1 file2 ইত্যাদি
বর্ণনাঃ
bp_index.pl আর্গুমেন্ট তালিকায় প্রদত্ত সিকোয়েন্স ফাইলগুলির জন্য একটি বায়োপারল সূচক তৈরি করে,
সূচক নামের অধীনে। উদাহরণ স্বরূপ
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
nrdb.fasta ফাইলের সূচী নাম হিসাবে 'nrdb' নামে একটি সূচক তৈরি করবে, এবং
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
/data/swiss-এর সমস্ত ফাইলের জন্য swiss নামে একটি সূচক তৈরি করবে যা .dat-এ শেষ হবে
EMBL ফরম্যাটে আছে।
সূচীগুলি Bio/Index/* মডিউল ব্যবহার করে তৈরি করা হয়, বিশেষ করে, Bio::Index::EMBL এবং
বায়ো::ইনডেক্স::ফাস্টা মডিউল। এই মডিউলগুলি ব্যবহার করে এমন কোনও স্ক্রিপ্ট সূচী ব্যবহার করতে পারে। ক
ভালো উদাহরণ স্ক্রিপ্ট হল bp_fetch যা সিকোয়েন্স নিয়ে আসে এবং STDOUT-এ পাইপ করে
উদাহরণ
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
সুইস ইনডেক্স থেকে ROA1_HUMAN সিকোয়েন্স পায় এবং STDOUT-এ ফাস্টা ফরম্যাট হিসেবে লেখে।
বিকল্প
-এফএমটি - ফাস্তা (ডিফল্ট), সুইস বা EMBL
-dir - ডিরেক্টরি যেখানে ইনডেক্স ফাইল পাওয়া যায়
(BIOPERL_INDEX পরিবেশ পরিবর্তনশীলকে ওভাররাইড করে)
বিশেষজ্ঞ ব্যবহারের জন্য বিকল্প
-টাইপ - DBM_file প্রকার।
(BIOPERL_INDEX_TYPE পরিবেশ পরিবর্তনশীলকে ওভাররাইড করে)
-v - প্রতিটি সূচক সংযোজনের রিপোর্ট করুন (ডিবাগিং)
পরিবেশ
bp_index এবং bp_fetch কোঅর্ডিনেট যেখানে ডাটাবেস এনভায়রমেন্ট ভেরিয়েবল ব্যবহার করে থাকে
BIOPERL_INDEX। এটি -dir বিকল্প ব্যবহার করে ওভাররাইড করা যেতে পারে। কোন ডিফল্ট মান নেই, তাই
আপনাকে অবশ্যই -dir বিকল্পটি ব্যবহার করতে হবে বা BIOPERL_INDEX সেট করতে হবে।
DB প্রকারটি BIOPERL_INDEX_TYPE-এর সাথে সমন্বিত হয় যা সেখানে না থাকলে, ডিফল্ট
bioperl মডিউল ইনস্টল করা যাই হোক না কেন, যা নিজেই SDBM_File-এ ডিফল্ট।
ব্যবহার IT নিজের
bp_index.pl হল একটি স্ক্রিপ্ট যা ইন্ডেক্স মডিউলগুলি চালায়। আপনি যদি এই স্ক্রিপ্ট ব্যবহার করতে চান
আপনার কাজের মধ্যে ভারী, যদি এটি পার্ল ভিত্তিক হয়, তবে এটি দেখতে প্রায় অবশ্যই ভাল
এই স্ক্রিপ্টে কোড করুন এবং এটি জুড়ে অনুলিপি করুন (সম্ভবত আপনি ব্যবহার করতে চান
bp_fetch কোড)।
প্রসারিত IT
bp_index বায়োপারলে পাওয়া জেমস গিলবার্টের চমৎকার সূচক মডিউলগুলির চারপাশে একটি মোড়ক মাত্র
প্রতিক্রিয়া
মেইলিং পাখি
ব্যবহারকারীর প্রতিক্রিয়া এই এবং অন্যান্য Bioperl মডিউলগুলির বিবর্তনের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ। পাঠান
আপনার মন্তব্য এবং পরামর্শ বায়োপারল মেইলিং লিস্টে। আপনার অংশগ্রহণ
অনেক প্রশংসা করা হয়
[ইমেল সুরক্ষিত] - সাধারণ আলোচনা
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - মেইলিং তালিকা সম্পর্কে
প্রতিবেদন বাগ
বায়োপারল বাগ ট্র্যাকিং সিস্টেমে বাগ রিপোর্ট করুন আমাদের বাগ এবং তাদের ট্র্যাক রাখতে সাহায্য করতে
রেজোলিউশন বাগ রিপোর্টগুলি ওয়েবের মাধ্যমে জমা দেওয়া যেতে পারে:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTHOR এর - ইওয়ান বির্নি
ইওয়ান বার্নি[ইমেল সুরক্ষিত]>
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে bp_indexp অনলাইন ব্যবহার করুন
