āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ bp_pairwise_kaksp āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
bp_pairwise_kaks - āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ Ka,Ks āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] ââ[-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻŋāĻ¸ā§āĻŦā§ āĻā§āĻ°āĻšāĻŖ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻ¯ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻā§āĻ¨āĻ āĻ¸ā§āĻāĻĒ āĻā§āĻĄāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ, āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸ā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§,
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖāĻāĻŋ āĻāĻŦāĻžāĻ° cDNA-āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ Ka āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
ML-āĻāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°ā§ (āĻ -āĻ¸āĻŽāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻ) āĻāĻŦāĻ Ks (āĻ¸āĻŽāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻ) āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨
PAML āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻ¸āĻš āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ āĻāĻ° āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĨ¤
āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ:
* āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻĒāĻžāĻ°āĻ˛-āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ
* PAML āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻā§āĻĄāĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻŦāĻž yn00
* āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ Clustalw āĻŦāĻž T-Coffee
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻāĻ¨ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻāĻŋāĻ Ka/Ks āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ āĻ¤āĻžāĻ āĻāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻāĻāĻŋāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻāĻ¨āĻž āĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž
āĻŽā§āĻāĻ˛āĻŋāĻ āĻĒāĻžāĻāĻŋ
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ Bioperl āĻŽāĻĄāĻŋāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻŦāĻŋāĻā§āĻā§āĻĻā§āĻ¯ āĻ āĻāĻļāĨ¤ āĻĒāĻžāĻ āĻžāĻ¨
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻŽāĻ¨ā§āĻ¤āĻŦā§āĻ¯ āĻāĻŦāĻ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻ°ā§āĻļ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻĒāĻžāĻ°āĻ˛ āĻŽā§āĻāĻ˛āĻŋāĻ āĻ˛āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻ āĻāĻļāĻā§āĻ°āĻšāĻŖ
āĻ āĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻļāĻāĻ¸āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
[āĻāĻŽā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤] - āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ˛ā§āĻāĻ¨āĻž
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - āĻŽā§āĻāĻ˛āĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻŦā§āĻĻāĻ¨ āĻŦāĻžāĻ
āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻĒāĻžāĻ°āĻ˛ āĻŦāĻžāĻ āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§ āĻŦāĻžāĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻžāĻ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻ°āĻžāĻāĻ¤ā§ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻāĻ°āĻ¤ā§
āĻ°ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻŦāĻžāĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻāĻŽāĻž āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ bp_pairwise_kaksp āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨