এই কমান্ড cmemit যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
cmemit - একটি কোভেরিয়েন্স মডেল থেকে নমুনা ক্রম
সাইনোপিসিস
cmemit [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
সার্জারির cmemit প্রোগ্রামের নমুনা (নিঃসৃত) কোভেরিয়েন্স মডেল(গুলি) থেকে অনুক্রম , এবং
আউটপুটে তাদের লেখে। নমুনা ক্রম বিভিন্ন উদ্দেশ্যে উপযোগী হতে পারে,
বেঞ্চমার্ক বা পরীক্ষার জন্য সিন্থেটিক সত্য ইতিবাচক তৈরি করা সহ।
ডিফল্ট হল প্রতিটি সিএম থেকে দশটি আনলাইনড সিকোয়েন্সের নমুনা। বিকল্পভাবে, সঙ্গে -c
বিকল্প, আপনি একটি একক সংখ্যাগরিষ্ঠ-বিধি ঐক্যমত্য ক্রম নির্গত করতে পারেন; অথবা সঙ্গে -a বিকল্প, আপনি
একটি প্রান্তিককরণ নির্গত করতে পারে।
সার্জারির সিএমগুলির একটি লাইব্রেরি থাকতে পারে, এই ক্ষেত্রে প্রতিটি সিএম পালাক্রমে ব্যবহার করা হবে।
হতে পারে '-' (ড্যাশ), যার অর্থ এই ইনপুটটি থেকে পড়া stdin একটি ফাইলের পরিবর্তে।
শূন্য বেসপেয়ার সহ মডেলগুলির জন্য, পরিবর্তে প্রোফাইল HMM ফিল্টার থেকে ক্রমগুলি নমুনা করা হয়
মুখ্যমন্ত্রীর যাইহোক, যেহেতু এই মডেলগুলি প্রায় অভিন্ন হবে (বিশেষ বিকল্প না থাকলে
ব্যবহার করা হয়েছে cmbuild এটি প্রতিরোধ করার জন্য), CM এর পরিবর্তে HMM ব্যবহার করলে পরিবর্তন হবে না
একটি উল্লেখযোগ্য উপায়ে আউটপুট, যদি না -l বিকল্প ব্যবহার করা হয়। সঙ্গে -আমি, HMM হবে
ইকুইপ্রোবেবল মডেলের শুরু এবং শেষ অবস্থানের জন্য কনফিগার করা হয়েছে, যখন সিএম তা করবে না। তুমি পারবে
বল cmemit সবসময় সঙ্গে মুখ্যমন্ত্রী থেকে নমুনা -- nohmmonly বিকল্প।
বিকল্প
-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।
-o ফাইলে সিন্থেটিক সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করুন বরং stdout তাদের লেখার চেয়ে.
-N জেনারেট করুন ক্রম এর জন্য ডিফল্ট মান 10 হয়
-u উত্পন্ন সিকোয়েন্সগুলি আনলাইনড ফরম্যাটে (FASTA) লিখুন। এটি ডিফল্ট
আচরণ।
-a সম্মতি সহ একটি সারিবদ্ধ বিন্যাসে (স্টকহোম) তৈরি করা ক্রমগুলি লিখুন
FASTA এর পরিবর্তে গঠন টীকা। অন্যান্য আউটপুট বিন্যাস সঙ্গে সম্ভব
--আউটফরম্যাট বিকল্প।
-c নমুনা ক্রমগুলির পরিবর্তে একটি একক সংখ্যাগরিষ্ঠ-নিয়ম সম্মত ক্রম অনুমান করুন৷
মুখ্যমন্ত্রীর সম্ভাব্যতা বন্টন থেকে। অত্যন্ত সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ (বেস জোড়া
অবশিষ্টাংশ যা 3.0 বিটের বেশি স্কোর করে, বা একক আটকে থাকা অবশিষ্টাংশগুলি যে স্কোর করে
1.0 বিটের বেশি) বড় ক্ষেত্রে দেখানো হয়; অন্যদের ছোট হাতের অক্ষরে দেখানো হয়েছে।
-e দৈর্ঘ্যের একটি বড় এলোমেলোভাবে উত্পন্ন ক্রমানুসারে সিএম নির্গত সিকোয়েন্সগুলি এম্বেড করুন
একটি এইচএমএম থেকে উত্পন্ন যা বিভিন্ন সহ বাস্তব জিনোমিক সিকোয়েন্সের উপর প্রশিক্ষিত ছিল
GC বিষয়বস্তু (একই HMM দ্বারা ব্যবহৃত cmcalibrate)। আপনি ব্যবহার করতে পারেন --আইআইডি বিকল্প
পরিবর্তে 25% A, C, G, এবং U ক্রম তৈরি করুন। সিএম নির্গত ক্রম শুরু হবে
বৃহত্তর অনুক্রমের মধ্যে একটি এলোমেলো অবস্থানে এবং এর মধ্যে অন্তর্ভুক্ত করা হবে
সম্পূর্ণরূপে যদি না --u5p or --u3p অপশন ব্যবহার করা হয়। কখন -e ব্যবহার করা হয়
সঙ্গে সমন্বয় --u5p, CM নির্গত ক্রম সর্বদা এর অবস্থান 1 এ শুরু হবে
বৃহত্তর ক্রম এবং 5' কাটা হবে। যখন সংমিশ্রণে ব্যবহার করা হয় --u3p মুখ্যমন্ত্রী
নির্গত ক্রম সর্বদা অবস্থানে শেষ হবে বৃহত্তর ক্রম এবং হবে
কাটা 3'
-l সিকোয়েন্স নির্গত করার আগে স্থানীয় মোডে সিএমগুলি কনফিগার করুন। ডিফল্টরূপে মডেল
গ্লোবাল মোডে থাকবে। স্থানীয় মোডে, বড় সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলা হয়
গ্লোবাল মোডের তুলনায় সাধারণ।
বিকল্প জন্য ছিন্ন করা নির্গত সিকোয়েন্স
--u5p একটি এলোমেলোভাবে নির্বাচিত শুরু অবস্থানে সমস্ত নির্গত ক্রম ছেঁটে দিন , কেবলমাত্র
আউটপুট অবশিষ্টাংশ থেকে শুরু . একটি ভিন্ন সূচনা পয়েন্ট এলোমেলোভাবে নির্বাচিত হয়
প্রতিটি ক্রম জন্য.
--u3p এলোমেলোভাবে নির্বাচিত শেষ অবস্থানে সমস্ত নির্গত সিকোয়েন্স ছেঁটে দিন , কেবলমাত্র
অবস্থান পর্যন্ত অবশিষ্টাংশ outputting . একটি ভিন্ন শেষ বিন্দু এলোমেলোভাবে নির্বাচিত হয়
প্রতিটি ক্রম জন্য.
--a5p
সঙ্গে মিশ্রিত -a বিকল্প, এলোমেলোভাবে নির্গত প্রান্তিককরণ ছেঁটে দিন
বেছে নেওয়া শুরু ম্যাচের অবস্থান , অবস্থানের জন্য শুধুমাত্র প্রান্তিককরণ কলাম আউটপুট করে
ম্যাচের পরে অবস্থা - 1। 0 এবং ঐকমত্যের মধ্যে একটি পূর্ণসংখ্যা হতে হবে
মডেলের দৈর্ঘ্য (যা ব্যবহার করে নির্ধারণ করা যেতে পারে cmstat কার্যক্রম. বিশেষ হিসেবে
ক্ষেত্রে, 0 হিসাবে ব্যবহার করে একটি এলোমেলোভাবে নির্বাচিত শুরু অবস্থানের ফলাফল হবে.
--a3p
সঙ্গে মিশ্রিত -a বিকল্প, এলোমেলোভাবে নির্গত প্রান্তিককরণ ছেঁটে দিন
শেষ ম্যাচের অবস্থান বেছে নেওয়া হয়েছে , অবস্থানের জন্য শুধুমাত্র প্রান্তিককরণ কলাম আউটপুট করে
ম্যাচ অবস্থার আগে + 1। 1 এবং ঐকমত্যের মধ্যে একটি পূর্ণসংখ্যা হতে হবে
মডেলের দৈর্ঘ্য (যা ব্যবহার করে নির্ধারণ করা যেতে পারে cmstat কার্যক্রম). হিসেবে
বিশেষ ক্ষেত্রে, 0 হিসাবে ব্যবহার করে একটি এলোমেলোভাবে নির্বাচিত শেষ অবস্থানের ফলাফল হবে.
অন্যান্য বিকল্প
--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। যদি অশূন্য,
সিকোয়েন্সের স্টোকাস্টিক নমুনা পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই আদেশ দেবে
একই ফলাফল। যদি 0 হল, র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটরকে ইচ্ছামত বীজ দেওয়া হয়,
এবং স্টোকাস্টিক স্যাম্পলিং একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হবে। দ্য
ডিফল্ট বীজ হল 0।
--আইআইডি সঙ্গে -ই, 25% প্রতিটি A, C, G এবং U হিসাবে বড় ক্রম তৈরি করুন।
--আরএনএ নির্দিষ্ট করুন যে নির্গত ক্রমগুলি RNA ক্রম হিসাবে আউটপুট হবে। এই দ্বারা সত্য
ডিফল্ট.
--ডিএনএ নির্দিষ্ট করুন যে নির্গত ক্রমগুলি ডিএনএ ক্রম হিসাবে আউটপুট হবে। ডিফল্টরূপে,
আউটপুট বর্ণমালা হল RNA।
--idx
নির্দিষ্ট করুন যে নির্গত ক্রমগুলির নাম দিয়ে শুরু করা হবে . . By
ডিফল্ট 1 হয়
--আউটফরম্যাট
সঙ্গে -এ, হিসাবে আউটপুট প্রান্তিককরণ বিন্যাস নির্দিষ্ট করুন . গ্রহণযোগ্য ফর্ম্যাটগুলি হল: Pfam,
AFA, A2M, Clustal, এবং Phylip. এএফএ সারিবদ্ধ ফাস্তা। শুধুমাত্র Pfam এবং স্টকহোম
প্রান্তিককরণ বিন্যাস ঐক্যমত্য কাঠামো টীকা অন্তর্ভুক্ত করবে।
--tfile
ফাইলে প্রতিটি নির্গত সিকোয়েন্সের জন্য ট্যাবুলার সিকোয়েন্স পার্সেট্রি (ট্রেসব্যাক) ডাম্প করুন
. প্রাথমিকভাবে ডিবাগিং জন্য দরকারী.
--এক্সপ
দ্বারা CM এর নির্গমন এবং ট্রানজিশন সম্ভাব্যতা ব্যাখ্যা করুন এবং তারপর
ক্রম নির্গত করার আগে সেই বিতরণগুলিকে পুনরায় স্বাভাবিক করুন। এই বিকল্পটি পরিবর্তন করে
ডিফল্ট সাপেক্ষে পার্সেট্রির CM সম্ভাব্যতা বিতরণ। সঙ্গে কম তুলনায়
1.0 নির্গত সিকোয়েন্সের সাথে সারিবদ্ধ করার সময় কম বিট স্কোর থাকে
সেমি. সঙ্গে 1.0-এর বেশি হলে, নির্গত সিকোয়েন্সের উচ্চতর বিট থাকে
মুখ্যমন্ত্রীর সারিবদ্ধতার উপর স্কোর। এই বিট স্কোরের পার্থক্য হিসাবে বাড়বে
উভয় দিকে 1.0 থেকে আরও দূরে সরে যায়। যদি 1.0 এর সমান, এই বিকল্প
ডিফল্ট আপেক্ষিক কোন প্রভাব নেই. এই বিকল্পটি সিকোয়েন্স তৈরির জন্য উপযোগী
যেগুলো হয় আরো কঠিন ( < 1.0) বা সহজ ( > 1.0) মুখ্যমন্ত্রীর জন্য
পটভূমি, এলোমেলো ক্রম থেকে সমজাতীয় হিসাবে পার্থক্য করুন।
--হুমমনে
ফিল্টার প্রোফাইল থেকে CM এর পরিবর্তে HMM নির্গত করুন।
-- nohmmonly
ফিল্টার প্রোফাইল HMM থেকে কখনই নির্গত করবেন না, সর্বদা CM ব্যবহার করুন, এমনকি মডেলগুলির জন্যও
শূন্য বেসপেয়ার
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cmemit ব্যবহার করুন
