এটি হল কমান্ড ডিসিমুলেটর যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
dsimulator - একটি এলোমেলো জিনোমের জন্য সিন্থেটিক রিড তৈরি করুন
সাইনোপিসিস
ডিসিমুলেটর genlen: দ্বিগুণ [-cদ্বিগুণ (20.)] [-bদ্বিগুণ (.5)] [-rকোন int] [-mকোন int(10000)]
[-sকোন int(2000)][-xকোন int(4000)] [-eদ্বিগুণ (.15)][-Mফাইল]
বর্ণনাঃ
ডিসিমুলেটর প্রথমে আকারের একটি জাল জিনোম তৈরি করে genlen*1Mb লম্বা, যার AT-বায়াস আছে
-b. এটি তখন গড় দৈর্ঘ্যের নমুনা রিড তৈরি করে -m একটি লগ-স্বাভাবিক দৈর্ঘ্য থেকে
প্রমিত বিচ্যুতি সহ বিতরণ -s, কিন্তু এর থেকে কম দৈর্ঘ্যের পড়া উপেক্ষা করে -x। এটা
জিনোম কভার করার জন্য যথেষ্ট পাঠ সংগ্রহ করে -c বার এবং পরিচয় করিয়ে দেয় -e ভগ্নাংশ ত্রুটি মধ্যে
প্রতিটি পড়ুন যেখানে সন্নিবেশ, মুছে ফেলা এবং প্রতিস্থাপনের অনুপাত সংজ্ঞায়িত দ্বারা সেট করা হয়
generate.c-এর মধ্যে INS_RATE (ডিফল্ট 73%) এবং DEL_RATE (ডিফল্ট 20%) ধ্রুবক। একজন পারে
এছাড়াও যে হারে রিডগুলি এগিয়ে থেকে বাছাই করা হয় এবং স্ট্র্যান্ডগুলি বিপরীত করে তা নিয়ন্ত্রণ করে
সংজ্ঞায়িত ধ্রুবক FLIP_RATE সেট করা (ডিফল্ট 50/50)। দ্য -r বিকল্প বীজ র্যান্ডম
জিনোমের প্রজন্মের জন্য নম্বর জেনারেটর যাতে কেউ প্রজননযোগ্যভাবে উৎপন্ন করতে পারে
একই অন্তর্নিহিত জিনোম থেকে নমুনা। যদি এই প্যারামিটারটি অনুপস্থিত থাকে, তাহলে কাজের আইডি
আমন্ত্রণ বীজ র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর. আউটপুট স্ট্যান্ডার্ডে পাঠানো হয়
আউটপুট (অর্থাৎ এটি একটি ইউনিক্স পাইপ)। আউটপুট Pacbio .fasta ফর্ম্যাটে ইনপুট হিসাবে উপযুক্ত
থেকে fasta2DB(1)। অবশেষে, -M অপশন অনুরোধ করে যে স্থানাঙ্কগুলি যা থেকে প্রতিটি পড়ে
নমুনা করা হয়েছে নির্দেশিত ফাইলে লেখা হয়, প্রতি পঠিত এক লাইন, ASCII এনকোডেড।
এই "মানচিত্র" ফাইলটি মূলত একটিকে বলে যে যেখানে প্রতিটি পাঠ একটি সমাবেশের অন্তর্গত এবং খুব
ডিবাগিং এবং পরীক্ষার উদ্দেশ্যে দরকারী। একটি পঠিত জোড়া যদি b,e হয় তাহলে b < e the
পঠিত নমুনা [b,e] থেকে সামনের দিকে এবং যদি b > e [e,b] থেকে
উল্টো পথে.
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে dsimulator ব্যবহার করুন৷
