exonerate-সার্ভার - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

exonerate-server - exonerate-এর জন্য একটি সিকোয়েন্স তুলনা সার্ভার

সাইনোপিসিস

exonerate-সার্ভার [ অপশন ] <সূচি পথ>

বর্ণনাঃ

exonerate-সার্ভার এক্সোনেট সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রামের জন্য একটি মাল্টি-থ্রেড সার্ভার।

এটি ক্রমগুলির একটি সেট এবং একটি সংশ্লিষ্ট সূচী ফাইল ব্যবহার করে যাতে দ্রুত বড় ডেটাসেটের অনুমতি দেওয়া হয়।

এক নজরে

প্রথমত, এ .esd ফাইল ক্রম ফাইল থেকে তৈরি করা আবশ্যক. দ্য .esd ফাইল একটি Exonerate
সিকোয়েন্স ডেটাসেট ফাইল, এবং যেখানে প্রতিটি সিকোয়েন্সের যেকোন সেটকে একসাথে গ্রুপ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
অনন্য শনাক্তকারী সমন্বিত ক্রম। এটি ব্যবহার করে করা হয় fasta2esd ইউটিলিটি।

fasta2esd genome.fasta genome.esd

পরবর্তী, একটি .esi ফাইল আমার থেকে তৈরি করা হবে .esd ফাইল। দ্য .esi ফাইল একটি Exonerate ক্রম
ইনডেক্স ফাইল, এবং একটি নির্দিষ্ট ডেটাসেটের সাথে সম্পর্কিত একটি সূচক বা সূচকের সেট রয়েছে।
এটি ব্যবহার করে করা হয় esd2esi ইউটিলিটি।

esd2esi genome.esd genome.esi

একদা .esi ফাইল তৈরি করা হয়েছে, exonerate-সার্ভার শুরু হতে পারে।

exonerate-সার্ভার genome.esi

সার্ভারটি চলাকালীন, এক্সোনরেট প্রতিস্থাপন করে সার্ভারকে জিজ্ঞাসা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
সার্ভারের নাম এবং পোর্ট নম্বর সহ কমান্ড লাইনে লক্ষ্য ক্রম। দ্য
এক্সোনরেট-সার্ভারের জন্য ডিফল্ট পোর্ট নম্বর হল 12886।

ক্ষালন করা query.fasta স্থানীয় হোস্ট: 12886

বিকল্প

এক্সোনরেট-সার্ভারের জন্য কিছু কমান্ড লাইন বিকল্পের মতোই
exonerate ক্লায়েন্ট, এবং এর জন্য ম্যান পেজে নথিভুক্ত করা হয়েছে মুক্ত করা সার্জারির
অন্যান্য বিকল্প যা নির্দিষ্ট exonerate-সার্ভার এখানে নথিভুক্ত করা হয়.

--বন্দর
যে পোর্টে সার্ভার শুনতে হবে তা নির্দিষ্ট করুন। গতানুগতিক, exonerate-সার্ভার
পোর্ট 12886 এ শুনবে, কিন্তু বিকল্প পোর্ট এই বিকল্পের সাথে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে।

--ইনপুট <সূচি ফাইল>
সার্ভার চালু হলে যে সূচী ফাইলটি ব্যবহার করা হবে তা উল্লেখ করুন। এই বিকল্প হয়
বাধ্যতামূলক. সূচী ফাইল একটি .esi দ্বারা উত্পন্ন ফাইল esd2esi ইউটিলিটি।

--প্রিলোড
ডিফল্টরূপে সূচক অন্তর্ভুক্ত .esi ফাইল, এবং ক্রম উল্লেখ করা হয়েছে
অনুরূপ .esd সার্ভার শুরু হলে ফাইল মেমরিতে লোড হয়।
এটি দ্রুত কর্মক্ষমতা অর্জনের জন্য প্রয়োজনীয় যা অন্যথায় বাধাগ্রস্ত হবে
ঘন ঘন ডিস্ক অ্যাক্সেস। এই বিকল্পটি সূচী এবং ক্রম প্রিলোড করার অনুমতি দেয়
বন্ধ করা হয়েছে, যা সার্ভারটিকে আরও ধীরে ধীরে চালানোর অনুমতি দেয়, তবে দ্রুত
স্টার্টআপ এবং একটি ছোট মেমরি পদচিহ্ন। প্রিলোডিং বন্ধ করার পরামর্শ দেওয়া হয় না
সার্ভার পরীক্ষা বা ডিবাগ না করা পর্যন্ত।

-- সর্বোচ্চ সংযোগ
সার্ভারটি মাল্টিথ্রেডেড। এই বিকল্পটি ক্লায়েন্ট প্রসেসের সংখ্যা নির্ধারণ করে যা
একযোগে সার্ভারের সাথে সংযোগ করার অনুমতি দেওয়া হয়। ভাল কর্মক্ষমতা জন্য, এটা
যে মেশিনে সিপিইউ সংখ্যার বেশি সেট করা উচিত নয়
সার্ভার চলছে।

-- শব্দচয়ন
সার্ভারের জন্য ভার্বোসিটি লেভেল সেট করুন। যদি এটি শূন্য হয়, সার্ভারটি নীরব থাকবে,
এবং সংখ্যা যত বেশি হবে, সার্ভারের দ্বারা কী সম্পর্কে আরও বার্তা রিপোর্ট করা হবে
হচ্ছে.

ইন্টারফেস

এই বিভাগে যোগাযোগ ইন্টারফেস নথিভুক্ত
ক্লায়েন্ট এবং সার্ভার। ইন্টারফেস লিখতে ইচ্ছুক ব্যক্তিদের জন্য নথিভুক্ত করা হয়
তাদের নিজস্ব কাস্টম সার্ভার থেকে দায়মুক্তির পিছনে বসতে - বহিষ্কৃতের স্বাভাবিক ব্যবহারের জন্য, এটি
এটা জানার প্রয়োজন নেই।

ইন্টারফেসটি ক্লায়েন্টের সাধারণ কমান্ড লাইন এবং সার্ভার পাঠানোর মাধ্যমে কাজ করে
একটি সকেট উপর সহজ উত্তর লাইন. সমস্ত কমান্ড এবং উত্তর হল ASCII এর সাধারণ লাইন
টেক্সট, তাই সার্ভার পরীক্ষা করার জন্য ক্লায়েন্ট হিসাবে টেলনেট ব্যবহার করা সম্ভব।

যেকোন কমান্ডই পাঠ্যের একক লাইন, কিন্তু একটি উত্তরে পাঠ্যের অনেক লাইন থাকতে পারে। দ্য
উত্তর আকারে আছে :

যেকোন উত্তরে ট্যাগের সাথে লাইন থাকতে পারে সতর্কতা: or ত্রুটি: এইগুলো সতর্কতা: এবং ত্রুটি: ট্যাগ
ক্লায়েন্ট দ্বারা প্রতিধ্বনিত হয়, এবং ক্লায়েন্ট কোন প্রাপ্তির পরে প্রস্থান করবে ত্রুটি: উত্তর

যখন সার্ভার একটি মাল্টিলাইন উত্তর দেয়, প্রথম লাইনটি অবশ্যই সংখ্যাটি প্রদর্শন করবে
পুরো উত্তরে লাইনগুলি যেমন: লাইন কাউন্ট: উদাহরণের জন্য, থেকে উত্তর দেখুন পাওয়া
এইচএসপিএস নীচের উদাহরণ অধিবেশনে কমান্ড.

ক্লায়েন্ট যে কোনো সার্ভারে শুধুমাত্র একটি একক সংযোগ খুলবে, যদিও একটি মাল্টিথ্রেডেড
একাধিক ক্লায়েন্টকে একযোগে সংযোগ করার অনুমতি দেওয়ার জন্য সার্ভারের অবশ্যই প্রয়োজন।

কমান্ড এবং প্রত্যুত্তর ব্যবহৃত in উন্নত দ্য ইন্টারফেস.
COMMAND: সংস্করণ
উত্তর: সংস্করণ

COMMAND: প্রস্থান
উত্তর: (কোন উত্তর নেই - সার্ভার সংযোগ বন্ধ করে)

COMMAND: dbinfo
উত্তর: dbinfo:

সার্জারির dbinfo কমান্ড সার্ভারে লোড করা ডাটাবেস সম্পর্কে তথ্য প্রদান করে।
প্রত্যাবর্তিত ক্ষেত্রগুলি হল:

হয় ডিএনএ বা প্রোটিন
হয় softmasked বা unmasked
ডাটাবেসে অনুক্রমের সংখ্যা
ডাটাবেসের দীর্ঘতম অনুক্রমের দৈর্ঘ্য
ডাটাবেসের সমস্ত সিকোয়েন্সের মোট দৈর্ঘ্য

COMMAND: খুঁজে দেখো
উত্তর: সন্ধান করুন:

লুকআপ কমান্ডটি একটি অভ্যন্তরীণ বাহ্যিক শনাক্তকারীকে ম্যাপ করতে ব্যবহৃত হয়
শনাক্তকারী

COMMAND: পাওয়া তথ্য
উত্তর: seqinfo: [ ]

get info কমান্ড ডাটাবেসের একটি ক্রম সম্পর্কে তথ্য প্রদান করে। দ্য
প্রত্যাবর্তিত ক্ষেত্রগুলি হল:

ক্রম দৈর্ঘ্য
একটি জিসিজি ফরম্যাট চেকসাম (নীচে দেখুন)
বাহ্যিক আইডি (যেমন ফাস্টা হেডার থেকে)
অনুক্রমের জন্য একটি বর্ণনা লাইন (এছাড়াও ফাস্তা থেকে
হেডার), এই ক্ষেত্রটি ঐচ্ছিক এবং বাদ দেওয়া হতে পারে।

COMMAND: পাওয়া SeQ
উত্তর: seq:

get seq কমান্ডটি একটি লাইনে একটি সম্পূর্ণ সিকোয়েন্স প্রদান করে।

COMMAND: পাওয়া পরবর্তী
উত্তর: subseq:

get subseq কমান্ড একটি অনুক্রমের অংশ প্রদান করে। সিকোয়েন্সের শুরুটা হল
অবস্থান শূন্য। যেমন get subseq 0 0 10 এর প্রথম 10টি বেস রিটার্ন করবে
ডাটাবেসের প্রথম ক্রম।

COMMAND: সেট প্রশ্ন
উত্তর: ঠিক আছে:

seq query কমান্ড সার্ভারে একটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স পাঠাতে ব্যবহৃত হয়। এটা
অনুক্রমের দৈর্ঘ্য এবং একটি gcg চেকসাম প্রদান করে

COMMAND: revcomp
উত্তর: ঠিক আছে: স্ট্র্যান্ড

revcomp ক্যোয়ারী কমান্ড সার্ভারকে কোয়েরির পরিপূরক করে তোলে। এই
দুইবার কোয়েরি পাঠানোর ব্যান্ডউইথ সংরক্ষণ করা হয়।

revcomp টার্গেট কমান্ড হল সার্ভারকে ডাটাবেসটিকে তার হিসাবে বিবেচনা করতে বলা
বিপরীত পরিপূরক। একটি অনুসন্ধান করার সময় ক্লায়েন্ট শুধুমাত্র এই কমান্ডটি পাঠায়
অনূদিত ডাটাবেস, তাই অধিকাংশ ধরনের অনুসন্ধানের জন্য প্রয়োগ করার প্রয়োজন নেই।

COMMAND: সেট পরম
উত্তর: ঠিক আছে:

সেট প্যারামিটার কমান্ড exonerate কমান্ড লাইন থেকে পরামিতি পাঠায়
সার্ভার. এই কমান্ডগুলি একটি মৌলিক জন্য ক্লায়েন্ট দ্বারা উপেক্ষা করা যেতে পারে
বাস্তবায়ন, কিন্তু সর্বোত্তম কর্মক্ষমতা জন্য উপেক্ষা করা যাবে না.

COMMAND: পাওয়া এইচএসপিএস
উত্তর: hspset: { }
অথবা: hspset: খালি

এইচএসপিএস সেট পাওয়ার জন্য get hsps কমান্ড হল প্রধান কমান্ড। সার্ভার
একাধিক hspset ফেরত দিতে পারে। প্রত্যাবর্তিত ক্ষেত্রগুলি হল:

এই এইচএসপিসেটের লক্ষ্য ক্রমটির অভ্যন্তরীণ আইডি।
hsp ক্যোয়ারী শুরুর অবস্থান
এইচএসপি টার্গেট স্টার্ট পজিশন
এইচএসপি দৈর্ঘ্য

শেষ তিনটি ক্ষেত্র একটি HSP প্রতিনিধিত্ব করে, এবং একটিতে বহুবার পুনরাবৃত্তি হতে পারে
hspset: উত্তর লাইন।

A সহজ উদাহরণ মক্কেল সার্ভার ডায়ালগ।
% টেলনেট লোকালহোস্ট 12886
127.0.0.1 চেষ্টা করা হচ্ছে...
localhost.localdomain এর সাথে সংযুক্ত।
Escape অক্ষর হল '^]'।
% সংস্করণ
সংস্করণ: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: ডিএনএ সফটমাস্কড 100000 1701 38113579
% লুকআপ AA159529.1
সন্ধান করুন: 88065
88065 তথ্য পান
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 স্ট্র্যাটেজিন প্যানক্রিয়াস (#937208) হোমো সেপিয়েন্স সিডিএনএ
88065 seq পান
seq: NAACTCATCNTTTTGCTGCTGNTCCTCTTCACCAGTTTGGGGGGCCTGCACTTCCANAG
% সাবসেক 88065 10 20 পান
subseq: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% সেট কোয়েরি NAACTCATCNTTTTCGCTGNTCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ঠিক আছে: 62 2028
% এইচএসপিএস পান
লাইন কাউন্ট: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp প্রশ্ন
ঠিক আছে: ক্যোয়ারী স্ট্র্যান্ড revcomp
% এইচএসপিএস পান
লাইন কাউন্ট: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% প্রস্থান
বিদেশী হোস্ট দ্বারা সংযোগ বন্ধ।

পরিবেশ

এখনো নথিভুক্ত করা হয়নি.

উদাহরণ

1. একটি অনূদিত সূচক তৈরি এবং ব্যবহার করে একটি দ্রুত প্রোটিন2জিনোম অনুসন্ধান চালানোর উদাহরণ
exonerate-সার্ভার

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --অনুবাদ হ্যাঁ human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi exonerate-সার্ভার --পোর্ট 1234 human.genomic.trans.esi ক্ষালন করা
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

সংস্করণ

এই ডকুমেন্টেশনটি বহিষ্কৃত প্যাকেজের 2.2.0 সংস্করণের সাথে রয়েছে।

onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে exonerate-সার্ভার ব্যবহার করুন