এটি faidx কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
faidx - FASTA থেকে সিকোয়েন্স আনুন
সাইনোপিসিস
faidx [-h] [-b BED] [-o আউট] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-চ] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -এম] [-সংস্করণ] fasta
[অঞ্চল [অঞ্চল...]]
বর্ণনাঃ
FASTA থেকে সিকোয়েন্স আনুন। যদি কোনো অঞ্চল নির্দিষ্ট করা না থাকে, তাহলে ইনপুট ফাইলের সমস্ত এন্ট্রি
ফিরে এসেছে ইনপুট FASTA ফাইলটি অবশ্যই ধারাবাহিকভাবে লাইনে মোড়ানো এবং আউটপুটের লাইন মোড়ানো হতে হবে
ইনপুট লাইনের দৈর্ঘ্যের উপর ভিত্তি করে।
বিকল্প
পজিশনাল আর্গুমেন্ট
fasta FASTA ফাইল
অঞ্চল
স্পেস বিভক্ত ক্রমিক অঞ্চল যেমন chr1:1-1000 আনার জন্য
ঐচ্ছিক আর্গুমেন্ট
-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন
-b বিছানা, --বিছানা বিছানা
অঞ্চলের বিছানা ফাইল
-o আউট, --আউট আউট
আউটপুট ফাইলের নাম (ডিফল্ট: stdout)
-i {বেড,ক্রোমাইজ,নিউক্লিওটাইড,ট্রান্সপোজড}, -- রূপান্তর
{বিছানা, ক্রোমাইজ, নিউক্লিওটাইড, ট্রান্সপোজড}
অনুরোধ করা অঞ্চলগুলিকে অন্য বিন্যাসে রূপান্তর করুন। ডিফল্ট: কোনোটিই নয়
-c, --পরিপূরক
ক্রম পরিপূরক। ডিফল্ট: মিথ্যা
-r, -- বিপরীত
ক্রম বিপরীত. ডিফল্ট: মিথ্যা
-n, --নাম
আউটপুট থেকে অনুক্রমের নাম বাদ দিন। ডিফল্ট: মিথ্যা
-f, --পূর্ণ নাম
বর্ণনা সহ সম্পূর্ণ নাম আউটপুট। ডিফল্ট: মিথ্যা
-x, -- স্প্লিট ফাইল
প্রতিটি অঞ্চলকে একটি পৃথক ফাইলে লিখুন (নামগুলি অঞ্চল থেকে নেওয়া হয়েছে)
-l, -- অলস
পূরণ করো --default-seq অনুপস্থিত রেঞ্জের জন্য। ডিফল্ট: মিথ্যা
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
অনুপস্থিত অবস্থান এবং মুখোশের জন্য ডিফল্ট বেস। ডিফল্ট: এন
-d ডিলিমিটার, --বিভেদক DELIMITER
নামগুলিকে একাধিক মানগুলিতে বিভক্ত করার জন্য ডিলিমিটার (ডুপ্লিকেট নাম হবে
বাতিল)। ডিফল্ট: কোনোটিই নয়
-g REGEX, --regex রিগেক্স
অ-ম্যাচিং সিকোয়েন্স নাম ফিল্টার করার জন্য নিয়মিত এক্সপ্রেশন। ডিফল্ট: .*
-m, --মাস্ক-সাথে-ডিফল্ট-seq
FASTA ফাইলটি ব্যবহার করে মাস্ক করুন --default-seq ডিফল্ট: মিথ্যা
-M, --মাস্ক-বাই-কেস
ছোট হাতের অক্ষরে পরিবর্তন করে FASTA ফাইলটিকে মাস্ক করুন। ডিফল্ট: মিথ্যা
--সংস্করণ
pyfaidx সংস্করণ নম্বর মুদ্রণ করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে faidx অনলাইন ব্যবহার করুন
