এটি হল genome-music-bmr-calc-wig-covgp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
জিনোম মিউজিক bmr calc-wig-covg - প্রতিটি প্রদত্ত উইগল ট্র্যাকের জন্য জিন প্রতি কভার বেস গণনা করুন
ফরম্যাট ফাইল।
সংস্করণ
এই নথিতে জিনোম মিউজিক বিএমআর ক্যালক-উইগ-কোভিজি সংস্করণ 0.04 (2016-01-01 এ
23:10:18)
সাইনোপিসিস
জিনোম মিউজিক bmr calc-wig-covg --roi-file=? --রেফারেন্স-সিকোয়েন্স=? --উইগ-তালিকা=?
--আউটপুট-ডির=?
সাধারণ ব্যবহার:
... সঙ্গীত bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
REQUIRED টি যুক্তি
roi-ফাইল পাঠ
ROI-এর ট্যাব-ডিলিমিটেড তালিকা [chr start stop gene_name] (বর্ণনা দেখুন)
রেফারেন্স-ক্রম পাঠ
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের পথ
wig-তালিকা পাঠ
ডব্লিউআইজি ফাইলের ট্যাব-ডিলিমিটেড তালিকা [নমুনা_নাম উইগ_ফাইল] (বর্ণনা দেখুন)
output-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে আউটপুট ফাইল এবং সাবডিরেক্টরি লেখা হবে
বর্ণনাঃ
এই স্ক্রিপ্টটি প্রদত্ত থেকে প্রতিটি জিনের ROI তে পর্যাপ্ত কভারেজ সহ বেস গণনা করে
ট্র্যাক ফরম্যাট ফাইলগুলিকে নড়াচড়া করে, এবং তাদের মধ্যে শ্রেণীবদ্ধ করে - AT, CG (নন-CpG), এবং CpG গণনা।
এটি প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতিটি জিনের সমস্ত ROI জুড়ে এই বেস-গণনাগুলিকে যোগ করে, কিন্তু
ওভারল্যাপিং ROI-এর মধ্যে থাকা আবৃত ঘাঁটিগুলিকে একবারের বেশি গণনা করা হয় না
এই মোট গণনা.
যুক্তি
--roi-ফাইল
প্রতিটি জিনের আগ্রহের অঞ্চলগুলি (ROIs) সাধারণত অঞ্চলগুলির জন্য লক্ষ্য করা হয়৷
সিকোয়েন্সিং বা 2-bp সহ জিনের এক্সন লোকি (একাধিক ট্রান্সক্রিপ্ট থেকে) একত্রিত করা হয়েছে
flanks (স্প্লিস জংশন)। প্রতি-জিন বেস গণনার জন্য, একটি ওভারল্যাপিং বেস হবে
প্রতিবার এটি একই জিনের ROI-তে প্রদর্শিত হলে গণনা করা হয়। এটি এড়াতে, নিশ্চিত হন
একই জিনের ওভারল্যাপিং ROI একসাথে একত্রিত করুন। BEDtools' mergeBed ব্যবহার করলে সাহায্য করতে পারে
জিন প্রতি
--রেফারেন্স-ক্রম
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স ক্রম। যদি একটি রেফারেন্স ক্রম সূচক পাওয়া যায় না
এই ফাইলের পাশে (একটি .fai ফাইল), এটি তৈরি হবে।
--উইগ-তালিকা
নমুনা নাম এবং wiggle ট্র্যাক বিন্যাস ফাইল অবস্থান সমন্বিত একটি ফাইল প্রদান করুন
প্রতিটি প্রতি লাইনে ট্যাব-সীমাবদ্ধ বিন্যাস [নমুনা_নাম উইগ_ফাইল] ব্যবহার করুন। অতিরিক্ত কলাম
যেমন ক্লিনিকাল ডেটা অনুমোদিত, কিন্তু উপেক্ষা করা হয়। নমুনা_নামটি অবশ্যই একই হতে হবে
এমএএফ ফাইলে ব্যবহৃত টিউমার নমুনার নাম (16 তম কলাম, হেডার সহ
টিউমার_নমুনা_বারকোড)।
--আউটপুট-ডির
একটি আউটপুট ডিরেক্টরি নির্দিষ্ট করুন যেখানে নিম্নলিখিতগুলি তৈরি/লিখিত হবে: roi_covgs:
প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতি-ROI কভার বেস গণনা ধারণকারী সাবডিরেক্টরি। gene_covgs:
প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতি-জিন কভার বেস গণনা ধারণকারী সাবডিরেক্টরি। মোট_covgs:
নমুনা প্রতি সামগ্রিক নন-ওভারল্যাপিং কভারেজ ধারণকারী ফাইল।
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে genome-music-bmr-calc-wig-covgp ব্যবহার করুন
