āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ-āĻŽāĻŋāĻāĻāĻŋāĻ-āĻ¸āĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻāĻžāĻ˛āĻĒ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž - āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ˛āĻ āĻāĻŦāĻ āĻĒāĻŋ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ
āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ
āĻāĻ āĻĄāĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻāĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻŽāĻŋāĻāĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻāĻžāĻ˛ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 0.04 āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§ (2016-01-01 23:10:18 āĻ)
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž --āĻŦāĻžāĻŽ-āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž=? --āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ-āĻĄāĻŋāĻ°=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ-āĻĄā§āĻāĻž-āĻāĻžāĻāĻĒ=?] [--āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ°-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛=?]
[--āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻāĻ¤-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛=?] [--āĻāĻŋāĻāĻ˛āĻāĻŽ-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛=?]
[--āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ-āĻā§-āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤=?] [--āĻ˛ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻĄ-āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ=?] [--āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻ¨-āĻ¨āĻ¨-āĻā§āĻĄāĻŋāĻ]
... āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory
... āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory
... āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ-āĻĄā§āĻāĻž-āĻāĻžāĻāĻĒ 'āĻāĻŋāĻ¨' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ-āĻā§-āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ 'āĻāĻžāĻ¤āĻŋ, āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ, TP53' \
--output-dir /path/output_directory
REQUIRED āĻāĻŋ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ
bam-āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻĒāĻžāĻ
āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĨ¤ (āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨)
output-dir āĻĒāĻžāĻ
āĻĄāĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻŦā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ
maf-āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ
MAF āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž
skip-silent āĻŦā§āĻ˛āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ MAF āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻ¨ā§āĻ°āĻŦ āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻ¨
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ 'āĻ¸āĻ¤ā§āĻ¯' āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
noskip- āĻ¨ā§āĻ°āĻŦ āĻŦā§āĻ˛āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨
āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻĒ-āĻ¸āĻžāĻāĻ˛ā§āĻ¨ā§āĻāĻā§ 'āĻŽāĻŋāĻĨā§āĻ¯āĻž' āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ-āĻĄā§āĻāĻž-āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĒāĻžāĻ
āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻžāĻā§ "āĻāĻŋāĻ¨" āĻŦāĻž "āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ" āĻ¸ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻ° āĻĄā§āĻāĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ 'āĻāĻŋāĻ¨'
āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ
āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻŖā§ (y) āĻŦāĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ (x)
āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ
āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻŖā§ (y) āĻŦāĻ¨āĻžāĻŽ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻāĻ¤ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ (x)
glm-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛-āĻĄā§āĻāĻž-āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ
āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯, āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨āĻžāĻ˛ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛, āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻŋāĻļā§āĻ° āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž (āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖ āĻĻā§āĻā§āĻ¨)āĨ¤
āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ-āĻā§-āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻ
āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻ āĻāĻŋāĻ¨ āĻāĻŦāĻ/āĻ āĻĨāĻŦāĻž āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ (āĻāĻŽāĻž āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻŋāĻ¤)
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻŖāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻĒāĻžāĻ
'āĻ¨ā§āĻā§ āĻŦāĻžāĻŽ', 'āĻāĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻŦāĻžāĻŽ', 'āĻāĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻĄāĻžāĻ¨āĻĻāĻŋāĻā§', āĻŦāĻž 'āĻ¨āĻŋāĻā§āĻ° āĻĄāĻžāĻ¨āĻĻāĻŋāĻā§' āĻ¯ā§āĻā§āĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻā§ āĻ¨āĻŋāĻ¨āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ 'āĻŦāĻāĻŽāĻ˛ā§āĻĢāĻ' āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻĨāĻžāĻā§
āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻĒ-āĻ¨āĻ¨-āĻā§āĻĄāĻŋāĻ āĻŦā§āĻ˛āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ MAF āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻ¨āĻ¨-āĻā§āĻĄāĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻ¨
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ 'āĻ¸āĻ¤ā§āĻ¯' āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
noskip-āĻ¨āĻ¨-āĻā§āĻĄāĻŋāĻ āĻŦā§āĻ˛āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨
āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻĒ-āĻ¨āĻ¨-āĻā§āĻĄāĻŋāĻ 'āĻŽāĻŋāĻĨā§āĻ¯āĻž' āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻāĻŋ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻŽāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨āĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻžāĻ° āĻŦāĻā§āĻ°āĻ°ā§āĻāĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
āĻ¸ā§āĻāĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻā§āĻ°āĻšā§āĻ° āĻ¯ā§āĻā§āĻ¨ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ --āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ-āĻā§-āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ-āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻŋāĻ¤ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻāĻā§āĻ¸-āĻāĻ° āĻĒāĻ°ā§ āĻāĻžāĻĒāĻ˛āĻžāĻ¨-āĻŽā§āĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§
āĻāĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻĒāĻĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĨ¤ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¨/āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤
āĻŦāĻā§āĻ°āĻ°ā§āĻāĻž, āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻĒāĻĻ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ (āĻāĻ¤ā§āĻŽāĻŦāĻŋāĻļā§āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸āĻš), āĻāĻŦāĻ āĻĒāĻŋ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻĢāĻĄāĻŋāĻāĻ° āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻāĻŦāĻ āĻ -āĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤āĻĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ¤āĻžāĻ¤ā§āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĨ¤
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ (āĻā§āĻ¸ āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛) "āĻāĻŋāĻāĻžāĻ˛_āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ¸" āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻŦāĻ "days_to_last_followup" āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻ¯āĻž āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻāĻāĻĄāĻŋāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĢā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ. āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻāĻāĻĄāĻŋ, āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ MuSiC āĻā§āĻ˛ā§āĻ° āĻŽāĻ¤ā§āĻāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
MAF āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§. āĻāĻā§āĻāĻŋāĻāĻāĻžāĻŦā§, āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
(āĻāĻŽāĻž āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§) --phenotypes-to-include āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻĒāĻ°ā§āĨ¤ āĻŦā§āĻāĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻļāĻŋāĻ°ā§āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§ āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§
--phenotypes-to-include āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻĒāĻ°ā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧāĨ¤
āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻŋāĻā§ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§:
¡ āĻļāĻŋāĻ°ā§āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨.
¡ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ āĻ¯āĻž āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŽā§āĻ˛ā§
--bam-āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻāĻŦāĻ MAF āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ (āĻāĻŽāĻāĻāĻĢ-āĻ, āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛
āĻāĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ°_āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž_āĻŦāĻžāĻ°āĻā§āĻĄ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ, āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇāĻāĻžāĻŦā§)āĨ¤
¡ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ, āĻļāĻŋāĻ°ā§āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻš āĻāĻ˛āĻžāĻŽ "vital_status"
āĻāĻŦāĻ "days_to_last_followup" (āĻā§āĻ¸ āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛) āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻŦāĻŋāĻĻā§āĻ¯āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤ "vital_status" āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
1 āĻāĻŦāĻ 0 āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤, āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ 0 āĻŦā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧ 'āĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤', āĻāĻŦāĻ 1 āĻŦā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧ 'āĻŽā§āĻ¤'āĨ¤
āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻšāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻŦāĻļā§āĻ¯āĻāĨ¤
āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ
--āĻŦāĻžāĻŽ-āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻāĻžāĻŦāĻŋāĻ/āĻāĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° BAM āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻŽā§āĻŦāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ- āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ [āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž_āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻāĻžāĻŦāĻŋāĻ_āĻŦāĻžāĻŽ āĻāĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ°_āĻŦāĻžāĻŽ] āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĨ¤ āĻāĻ āĻā§āĻ˛ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ°
āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž_āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨, āĻ¤āĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŦ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž_āĻ¨āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
MAF āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻāĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻžāĻ° āĻ¨āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ¤ā§āĻ (16 āĻ¤āĻŽ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ, āĻšā§āĻĄāĻžāĻ° āĻ¸āĻš
āĻāĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ°_āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž_āĻŦāĻžāĻ°āĻā§āĻĄ)āĨ¤
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ-āĻŽāĻŋāĻāĻāĻŋāĻ-āĻ¸āĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻāĻžāĻ˛āĻĒ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨