gmx-dyndom - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-dyndom - ইন্টারপোলেট এবং এক্সট্রাপোলেট গঠন ঘূর্ণন

সাইনোপিসিস

gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-প্রথম ] [- দীর্ঘস্থায়ী ] [-এনফ্রেম ]
[- maxangle ] [-ট্রান্স ] [-মাথ ]
[-লেজ ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স dyndom পড়ে a .পিডিবি DynDom থেকে ফাইল আউটপুট (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/)। এটা
স্থানাঙ্ক, ঘূর্ণন অক্ষের স্থানাঙ্ক, এবং একটি সূচক ফাইল ধারণ করে
ডোমেইন উপরন্তু, এটি কমান্ড হিসাবে তীর ফাইলের প্রথম এবং শেষ পরমাণু নেয়
লাইন আর্গুমেন্ট (মাথা এবং লেজ) এবং অবশেষে এটি অনুবাদ ভেক্টর (প্রদত্ত
DynDom তথ্য ফাইল) এবং ঘূর্ণনের কোণ (কমান্ড লাইন আর্গুমেন্ট হিসাবেও)। যদি কোণ
DynDom দ্বারা নির্ধারিত হয়, এক জন্য ব্যবহৃত দ্বিতীয় কাঠামো পুনরুদ্ধার করতে সক্ষম হওয়া উচিত
DynDom আউটপুট তৈরি করা হচ্ছে। সীমিত সংখ্যাগত নির্ভুলতার কারণে এটি হওয়া উচিত
একটি অল-এটম RMSD কম্পিউট করে যাচাই করা হয়েছে (ব্যবহার করে জিএমএক্স নিশ্চিত করে) ফাইল তুলনার পরিবর্তে
(diff ব্যবহার করে)।

এই প্রোগ্রামের উদ্দেশ্য হল আবর্তনকে ইন্টারপোলেট করা এবং এক্সট্রাপোলেট করা
DynDom. ফলস্বরূপ দীর্ঘ বা সংক্ষিপ্ত বন্ধন, বা ওভারল্যাপিং পরমাণু সহ অভৌতিক কাঠামো
উত্পাদিত হতে পারে। ভিজ্যুয়াল পরিদর্শন, এবং শক্তি ন্যূনতমকরণ বৈধতা প্রয়োজন হতে পারে
গঠন.

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr GRO g96 পিডিবি tng

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-প্রথম (২০১০)
ঘূর্ণন ভেক্টর সম্পর্কে ঘূর্ণনের কোণ

- দীর্ঘস্থায়ী (২০১০)
ঘূর্ণন ভেক্টর সম্পর্কে ঘূর্ণনের কোণ

-এনফ্রেম (২০১০)
পথের ধাপের সংখ্যা

- maxangle (২০১০)
DymDom ঘূর্ণন ভেক্টর সম্পর্কে ঘূর্ণনের কোণ নির্ধারণ করে

-ট্রান্স (২০১০)
আবর্তন ভেক্টর বরাবর অনুবাদ (Angstrom) (DynDom তথ্য ফাইল দেখুন)

-মাথ (0 0 0)
তীর ভেক্টরের প্রথম পরমাণু

-লেজ (0 0 0)
তীর ভেক্টরের শেষ পরমাণু

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-dyndom ব্যবহার করুন