এটি হল gmx-make_ndx কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-make_ndx - সূচক ফাইল তৈরি করুন
সাইনোপিসিস
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[- natoms ] [-[জিতে নি]
বর্ণনাঃ
সূচক গ্রুপ প্রায় প্রতিটি GROMACS প্রোগ্রামের জন্য প্রয়োজনীয়। এই সব প্রোগ্রাম করতে পারেন
ডিফল্ট সূচক গ্রুপ তৈরি করুন। আপনি শুধুমাত্র ব্যবহার করতে হবে জিএমএক্স make_ndx যখন আপনার বিশেষ প্রয়োজন হয়
সূচক গ্রুপ। পুরো সিস্টেমের জন্য একটি ডিফল্ট সূচক গ্রুপ আছে, 9টি ডিফল্ট সূচক গ্রুপ
প্রোটিনের জন্য, এবং প্রতিটি অবশিষ্টাংশ নামের জন্য একটি ডিফল্ট সূচক গ্রুপ তৈরি করা হয়।
যখন কোন সূচক ফাইল সরবরাহ করা হয় না, এছাড়াও জিএমএক্স make_ndx ডিফল্ট গ্রুপ তৈরি করবে। সঙ্গে
ইনডেক্স সম্পাদক আপনি পরমাণু, অবশিষ্টাংশ এবং চেইন নাম এবং সংখ্যা নির্বাচন করতে পারেন। যখন একটি রান
ইনপুট ফাইল সরবরাহ করা হয় আপনি এটম টাইপ নির্বাচন করতে পারেন। আপনি NOT, AND এবং OR, you ব্যবহার করতে পারেন
চেইন, অবশিষ্টাংশ বা পরমাণু মধ্যে গ্রুপ বিভক্ত করতে পারেন. আপনি গোষ্ঠীগুলি মুছতে এবং পুনঃনামকরণ করতে পারেন৷
এডিটর এবং ইনডেক্স ফাইলে পরমাণুর সংখ্যা 1 থেকে শুরু হয়।
সার্জারির -যমজ সুইচ অফসেট সহ সমস্ত সূচক গ্রুপের নকল করে - natoms, যা দরকারী
কম্পিউটেশনাল ইলেক্ট্রোফিজিওলজি ডবল-লেয়ার মেমব্রেন সেটআপের জন্য।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (ঐচ্ছিক)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
- natoms (২০১০)
পরমাণুর সংখ্যা সেট করুন (ডিফল্ট: স্থানাঙ্ক বা সূচক ফাইল থেকে পড়ুন)
-[জিতে নি (NO)
-natoms-এর অফসেট সহ সমস্ত সূচক গ্রুপের নকল করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-make_ndx ব্যবহার করুন
