এটি হল gmx-sasa কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-sasa - দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-অর [<.xvg>]] [-ওএ [<.xvg>]]
[-টেলিভিশন [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [-আপনি ] [-xvg ] [- [না] rmpbc]
[-[না]পিবিসি] [-sf ] [-সেলরপোস ] [-ক্ষত পরীক্ষা করা ]
[-ndots ] [-[না] প্রোট] [-dgs ]
[-পৃষ্ঠতল ] [-আউটপুট ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স Sasa দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা গণনা. Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos দেখুন
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. কেম। ব্যবহৃত অ্যালগরিদমের জন্য 16, 273-284। সঙ্গে
-q, কনোলি পৃষ্ঠটি একটি তেও তৈরি করা যেতে পারে .পিডিবি ফাইল যেখানে নোড আছে
পরমাণু হিসাবে উপস্থাপিত হয় এবং কানেক্ট রেকর্ড হিসাবে নিকটতম নোডগুলির সাথে সংযোগকারী প্রান্তগুলি। -odg
প্রতি-পরমাণু দ্রবণ শক্তি থেকে সলভেশন মুক্ত শক্তির অনুমান করার অনুমতি দেয়
উন্মুক্ত পৃষ্ঠ এলাকা।
প্রোগ্রামটির সাথে নির্দিষ্ট করার জন্য পৃষ্ঠের গণনার জন্য একটি নির্বাচন প্রয়োজন
-পৃষ্ঠতল. এটি সর্বদা সিস্টেমের সমস্ত অ-দ্রাবক পরমাণু নিয়ে গঠিত হওয়া উচিত। এর এলাকা
এই গ্রুপ সবসময় গণনা করা হয়. ঐচ্ছিকভাবে, -আউটপুট অতিরিক্ত নির্বাচন নির্দিষ্ট করতে পারেন,
যা গণনা গোষ্ঠীর উপসেট হওয়া উচিত। এই জন্য দ্রাবক-গম্য এলাকায়
গোষ্ঠীগুলিও সম্পূর্ণ পৃষ্ঠ থেকে বের করা হয়।
ট্র্যাজেক্টোরির উপর এলাকার গড় এবং প্রমিত বিচ্যুতি প্রতি গণনা করা যেতে পারে
অবশিষ্টাংশ এবং পরমাণু (বিকল্প -অর এবং -ওএ).
সঙ্গে সঙ্গে -টেলিভিশন বিকল্পটি অণুর মোট আয়তন এবং ঘনত্ব গণনা করা যেতে পারে। সঙ্গে
-পিবিসি (ডিফল্ট), আপনাকে অবশ্যই নিশ্চিত করতে হবে যে আপনার অণু/সারফেস গ্রুপ জুড়ে বিভক্ত নয়
পিবিসি। অন্যথায়, আপনি অ-সংবেদনশীল ফলাফল পাবেন। এছাড়াও বিবেচনা করুন
স্বাভাবিক প্রোব ব্যাসার্ধ এই ক্ষেত্রে উপযুক্ত বা আপনি ব্যবহার করবেন কিনা, যেমন, 0।
এটি মনে রাখা ভাল যে ভলিউম এবং ঘনত্বের ফলাফলগুলি খুব আনুমানিক।
উদাহরণস্বরূপ, বরফ Ih-এ, কেউ সহজেই ছিদ্রগুলিতে জলের অণুগুলিকে ফিট করতে পারে যা ফল দেবে
একটি ভলিউম যা খুব কম, এবং পৃষ্ঠের ক্ষেত্রফল এবং ঘনত্ব উভয়ই খুব বেশি।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ঐচ্ছিক)
ইনপুট ট্র্যাজেক্টোরি বা একক কনফিগারেশন: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
ইনপুট কাঠামো: TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
অতিরিক্ত সূচক গ্রুপ
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (area.xvg)
সময়ের ফাংশন হিসাবে মোট এলাকা
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (ঐচ্ছিক)
সময়ের একটি ফাংশন হিসাবে আনুমানিক সমাধান মুক্ত শক্তি
-অর [<.xvg>] (resarea.xvg) (ঐচ্ছিক)
অবশিষ্টাংশ প্রতি গড় এলাকা
-ওএ [<.xvg>] (atomarea.xvg) (ঐচ্ছিক)
প্রতি পরমাণুর গড় এলাকা
-টেলিভিশন [<.xvg>] (volume.xvg) (ঐচ্ছিক)
সময়ের ফাংশন হিসাবে মোট আয়তন এবং ঘনত্ব
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (ঐচ্ছিক)
Connolly পৃষ্ঠের জন্য PDB ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যদি t MOD dt == প্রথমবার (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
প্লট বিন্যাস: কিছুই নয়, xmgrace, xmgr
- [না] rmpbc (হ্যাঁ)
প্রতিটি ফ্রেমের জন্য অণুগুলি সম্পূর্ণ করুন
-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
দূরত্ব গণনার জন্য পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্ত ব্যবহার করুন
-sf
ফাইল থেকে নির্বাচন প্রদান
-সেলরপোস (পরমাণু)
নির্বাচনের রেফারেন্স অবস্থান: পরমাণু, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-ক্ষত পরীক্ষা করা (0.14)
দ্রাবক প্রোবের ব্যাসার্ধ (nm)
-ndots (24)
গোলক প্রতি বিন্দুর সংখ্যা, আরো বিন্দু মানে আরো নির্ভুলতা
-[না] প্রোট (হ্যাঁ)
কনোলিতে প্রোটিন আউটপুট করুন .পিডিবি ফাইলও
-dgs (0)
এলাকা প্রতি সমাধানমুক্ত শক্তির জন্য ডিফল্ট মান (kJ/mol/nm^2)
-পৃষ্ঠতল
পৃষ্ঠ গণনা নির্বাচন
-আউটপুট
আউটপুট নির্বাচন(গুলি)
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-sasa ব্যবহার করুন
