এটি হল gmx-spol কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-spol - দ্রাবকের চারপাশে দ্রাবক দ্বিমেরু অভিযোজন এবং মেরুকরণ বিশ্লেষণ করুন
সাইনোপিসিস
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-তারিখ ] [- [না] w]
[-xvg ] [-[না]com] [-রেফাত ] [-আরমিন ]
[-ম্যাক্স ] [-ডুব ] [-বিডব্লিউ ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স যৌনতা একটি দ্রবণের চারপাশে ডাইপোল বিশ্লেষণ করে; এটি পোলারাইজযোগ্য জলের জন্য বিশেষভাবে উপযোগী।
রেফারেন্স পরমাণুর একটি গ্রুপ, বা ভর রেফারেন্স কেন্দ্র (বিকল্প -com) এবং একটি দল
দ্রাবক পরমাণু প্রয়োজন। প্রোগ্রামটি দ্রাবক পরমাণুর গ্রুপকে অণুতে বিভক্ত করে।
প্রতিটি দ্রাবক অণুর জন্য রেফারেন্স গ্রুপের নিকটতম পরমাণুর দূরত্ব বা দূরত্ব
COM নির্ধারিত হয়। এই দূরত্বগুলির একটি ক্রমবর্ধমান বন্টন প্লট করা হয়েছে৷ প্রতিটির জন্য, প্রত্যেকটির জন্য
মধ্যবর্তী দূরত্ব -আরমিন এবং -ম্যাক্স দূরত্ব ভেক্টর এবং ডাইপোলের অভ্যন্তরীণ গুণফল
দ্রাবক অণু নির্ধারণ করা হয়. নেট চার্জ (আয়ন) সহ দ্রাবক অণুর জন্য,
প্রতিটি আয়ন নির্বাচনের সময় আয়নের নেট চার্জ সমস্ত পরমাণু থেকে সমানভাবে বিয়োগ করা হয়।
এই ডাইপোল উপাদানগুলির গড় মুদ্রিত হয়। একই মেরুকরণের জন্য করা হয়,
যেখানে তাত্ক্ষণিক ডাইপোল থেকে গড় ডাইপোল বিয়োগ করা হয়। এর মাত্রা
গড় ডাইপোল বিকল্পের সাথে সেট করা হয় -ডুব, দিক থেকে ভেক্টর দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয়
নির্বাচিত দ্রাবক গোষ্ঠীর প্রথম পরমাণুটি দ্বিতীয় এবং এর মধ্যবর্তী বিন্দুতে
তৃতীয় পরমাণু।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-[না]com (NO)
রেফারেন্স অবস্থান হিসাবে ভর কেন্দ্র ব্যবহার করুন
-রেফাত (২০১০)
দ্রাবক অণুর রেফারেন্স পরমাণু
-আরমিন (২০১০)
সর্বোচ্চ দূরত্ব (nm)
-ম্যাক্স (২০১০)
সর্বোচ্চ দূরত্ব (nm)
-ডুব (২০১০)
গড় ডাইপোল (D)
-বিডব্লিউ (২০১০)
বিন প্রস্থ
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে gmx-spol অনলাইন ব্যবহার করুন
