এটি হল gmx-tcaf কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-tcaf - তরল পদার্থের সান্দ্রতা গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ও [<.xvg>]] [-ওএ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-এর [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ভ [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [- [না] মোল] [-[না]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[না] স্বাভাবিক করা] [-P ]
[-fitfn ] [- শুরু করা ] [-এন্ডফিট ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স tcaf ট্রানভার্স বর্তমান স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক গণনা করে। এই অনুমান ব্যবহার করা হয়
শিয়ার সান্দ্রতা, ইটা. বিস্তারিত জানার জন্য দেখুন: পামার, ফিজ। রেভ. ই 49 (1994) পিপি 359-366।
ট্রান্সভার্স স্রোতগুলি কে-ভেক্টর (1,0,0) এবং (2,0,0) ব্যবহার করে গণনা করা হয়
দ্য y- এবং z-নির্দেশ, (1,1,0) এবং (1,-1,0) প্রতিটি 2টি অন্য প্লেনেও (এইগুলি
ভেক্টর স্বাধীন নয়) এবং (1,1,1) এবং 3টি অন্যান্য বক্স কর্ণ (এছাড়াও নয়
স্বাধীন)। প্রতিটি k-ভেক্টরের জন্য সাইন এবং কোসাইন ব্যবহার করা হয়, এর সাথে একত্রে
2টি লম্ব দিকের বেগ। এটি মোট 16*2*2=64 ট্রান্সভার্স দেয়
স্রোত প্রতিটি কে-ভেক্টরের জন্য একটি স্বতঃসম্পর্ক গণনা করা হয়, যা 16 দেয়
টিসিএএফ এই TCAF গুলির প্রতিটি f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2) এর সাথে লাগানো হয়েছে
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), যা tau এবং eta এর 16 টি মান দেয়। সুস্থ
সময় ধ্রুবক সঙ্গে ওজন দ্রুতগতিতে ক্ষয় হয় w (সাথে দেওয়া -wt) হিসাবে exp(-t/w), এবং
TCAF এবং ফিট সময় 5*w পর্যন্ত গণনা করা হয়। ইটা মান 1-এ লাগানো উচিত
eta(k) k^2, যেখান থেকে কেউ k=0 এ শিয়ার সান্দ্রতা অনুমান করতে পারে।
বাক্সটি ঘন হলে, কেউ বিকল্পটি ব্যবহার করতে পারে -oc, যা সব মিলিয়ে TCAF-এর গড়
একই দৈর্ঘ্যের k-ভেক্টর। এর ফলে আরও সঠিক TCAF পাওয়া যায়। উভয় ঘন
TCAFs এবং fits লিখিত হয় -oc কিউবিক ইটা অনুমানও লেখা হয় -ভ.
বিকল্প সহ -mol, অনুপ্রস্থ বর্তমান পরমাণুর পরিবর্তে অণু দ্বারা নির্ধারিত হয়। ভিতরে
এই ক্ষেত্রে, সূচক গ্রুপটি পরমাণু সংখ্যার পরিবর্তে অণু সংখ্যা নিয়ে গঠিত হওয়া উচিত।
মধ্যে k-নির্ভর সান্দ্রতা -ভ ফাইলটি eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) এর সাথে লাগানো উচিত
অসীম তরঙ্গদৈর্ঘ্যে সান্দ্রতা পেতে।
বিঃদ্রঃ: নিশ্চিত করুন যে আপনি প্রায়ই পর্যাপ্ত স্থানাঙ্ক এবং বেগ লিখছেন। প্রথমিক,
অ সূচকীয়, স্বতঃসংযোগ ফাংশনের অংশ একটি প্রাপ্তির জন্য অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ
ভাল হইয়া.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-ও [<.xvg>] (transcur.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ওএ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-এর [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ভ [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
- [না] মোল (NO)
অণুর TCAF গণনা করুন
-[না]k34 (NO)
এছাড়াও k=(3,0,0) এবং k=(4,0,0) ব্যবহার করুন
-wt (২০১০)
TCAF ফিট ওজনের জন্য সূচকীয় ক্ষয় সময়
-acflen (-1)
ACF এর দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট ফ্রেমের সংখ্যার অর্ধেক
-[না] স্বাভাবিক করা (হ্যাঁ)
ACF কে স্বাভাবিক করুন
-P (২০১০)
ACF এর জন্য Legendre বহুপদীর ক্রম (0 কোনটি নির্দেশ করে না): 0, 1, 2, 3
-fitfn (কিছুই নয়)
ফিট ফাংশন: কিছুই নয়, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
- শুরু করা (২০১০)
পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শুরু করার সময়
-এন্ডফিট (-1)
সময় যেখানে পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শেষ হবে, -1 হল পর্যন্ত
শেষ
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-tcaf ব্যবহার করুন
