gsnap - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gsnap - জিনোমিক শর্ট-রিড নিউক্লিওটাইড অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম

সাইনোপিসিস

gsnap [বিকল্প...] <ফাস্তা ফাইল>, or বিড়াল | gmap [বিকল্প...]

বিকল্প

ইনপুট অপশন (অবশ্যই অন্তর্ভুক্ত করা -d)
-D, --dir=ডিরেক্টরি
জিনোম ডিরেক্টরি। ডিফল্ট (যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে --with-gmapdb কনফিগার প্রোগ্রামে)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING এর
জিনোম ডাটাবেস

--use-sarray=INT
একটি প্রত্যয় অ্যারে ব্যবহার করবেন কিনা, যা বর্ধিত গতি দেবে। অনুমোদিত মান: 0
(না), 1 (হ্যাঁ, প্লাস GSNAP/GMAP অ্যালগরিদম, ডিফল্ট), বা 2 (হ্যাঁ, এবং শুধুমাত্র প্রত্যয় ব্যবহার করুন
অ্যারে অ্যালগরিদম)। মনে রাখবেন যে প্রত্যয় অ্যারেগুলি SNP অ্যালিলের বিরুদ্ধে পক্ষপাতিত্ব করবে৷
SNP-সহনশীল প্রান্তিককরণ।

-k, --কিমি=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য kmer আকার (অনুমোদিত মান: 16 বা কম) নির্দিষ্ট না থাকলে,
প্রোগ্রামটি জিনোম ডাটাবেসে সর্বাধিক উপলব্ধ কিমার আকার খুঁজে পাবে

-- নমুনা=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য নমুনা। নির্দিষ্ট না থাকলে, প্রোগ্রামটি খুঁজে পাবে
নির্বাচিত কে-মের আকারের মধ্যে জিনোম ডাটাবেসের মধ্যে সবচেয়ে ছোট উপলব্ধ নমুনা মান

-q, -- অংশ=INT/আইএনটি
প্রতিটি n ক্রমগুলির মধ্যে শুধুমাত্র i-th প্রক্রিয়া করুন যেমন, 0/100 বা 99/100 (এর জন্য দরকারী
একটি কম্পিউটার খামারে কাজ বিতরণ)।

--ইনপুট-বাফার-আকার=INT
ইনপুট বাফারের আকার (প্রোগ্রাম দক্ষতার জন্য এক সময়ে এই অনেকগুলি ক্রম পড়ে)
(ডিফল্ট 1000)

--বারকোড-দৈর্ঘ্য=INT
পড়ার শুরু থেকে মুছে ফেলার জন্য বারকোডের পরিমাণ (ডিফল্ট 0)

--ওরিয়েন্টেশন=STRING এর
পেয়ারড-এন্ড রিডের ওরিয়েন্টেশন অনুমোদিত মান: FR (fwd-rev, বা সাধারণ ইলুমিনা;
ডিফল্ট), RF (rev-fwd, বৃত্তাকার সন্নিবেশের জন্য), অথবা FF (fwd-fwd, একই স্ট্র্যান্ড)

--fastq-id-স্টার্ট=INT
FASTQ হেডারে শনাক্তকারীর শুরুর অবস্থান, স্পেস-ডিলিমিটেড (>= 1)

--fastq-id-end=INT
FASTQ হেডারে শনাক্তকারীর শেষ অবস্থান, স্পেস-ডিলিমিটেড (>= 1)

উদাহরণ:

@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
start=1, end=1 (ডিফল্ট) => শনাক্তকারী হল HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0

@SRR001666.1 071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 length=36
start=1, end=1 => আইডেন্টিফায়ার হল SRR001666.1 start=2, end=2 => আইডেন্টিফায়ার হল
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 start=1, end=2 => শনাক্তকারী হল SRR001666.1
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345

--বল-একক-শেষ
কমান্ড লাইনে একাধিক FASTQ ফাইল প্রদান করা হলে, GSNAP অনুমান করে যে সেগুলি
মিলে যাওয়া পেয়ারড-এন্ড ফাইল। এই পতাকা প্রতিটি ফাইলকে একক-এন্ড হিসাবে বিবেচনা করে।

--ফিল্টার-সতীত্ব=STRING এর
ইলুমিনা সতীত্ব প্রোগ্রাম দ্বারা চিহ্নিত পড়া এড়িয়ে যায়। এর পরে একটি স্ট্রিং আশা করা হচ্ছে
প্রথম কোলনের পরে একটি 'Y' থাকা অ্যাক্সিশন, এইরকম:

@অ্যাক্সিশন 1:Y:0:CTTGTA
যেখানে 'Y' সতীত্ব দ্বারা ফিল্টারিং বোঝায়। মান: বন্ধ (ডিফল্ট), হয়,
উভয় 'হয়'-এর জন্য, পেয়ারড-এন্ড রিডের উভয় প্রান্তে একটি 'Y' ফিল্টার করা হবে।
'উভয়'-এর জন্য, পেয়ারড-এন্ড রিডের উভয় প্রান্তে একটি 'Y' প্রয়োজন (বা একমাত্র প্রান্তে
একটি একক শেষ পড়া)।

--অনুমতি-পে-নাম-অমিল
পেয়ারড-এন্ড ফাইলে রিডের অ্যাকসেশান নামগুলি অমিলের অনুমতি দেয়৷

--গানজিপ
জিজিপড ইনপুট ফাইল আনকম্প্রেস করুন

--bunzip2
bzip2-সংকুচিত ইনপুট ফাইল আনকম্প্রেস করুন

গণনার বিকল্প

দ্রষ্টব্য: GSNAP এর অমিল গণনা করার জন্য একটি অতি দ্রুত অ্যালগরিদম রয়েছে এবং
সুদ্ধ

((রিডলেন্থ+2)/কিমি - 2) ("আল্ট্রাফাস্ট অমিল")। যদি প্রোগ্রাম দ্রুততম চালানো হবে
সর্বাধিক-অমিল (প্লাস সাবঅপ্টিমাল-লেভেল) সেই মানের মধ্যে রয়েছে। এছাড়াও, indels, বিশেষ করে
শেষ ইনডেল, গণনা করতে বেশি সময় লাগে, যদিও অ্যালগরিদম এখনও দ্রুত হওয়ার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।

-B, --ব্যাচ=INT
ব্যাচ মোড (ডিফল্ট = 2)

মোড অফসেট পজিশন জিনোম সাফিক্স অ্যারে
0 নোট দেখুন mmap mmap mmap
1 নোট mmap দেখুন এবং mmap mmap প্রিলোড করুন
2 নোট mmap এবং প্রিলোড mmap এবং প্রিলোড mmap এবং প্রিলোড দেখুন
3 দেখুন নোট বরাদ্দ mmap & preload mmap & preload
(ডিফল্ট) 4 দেখুন নোট বরাদ্দ বরাদ্দ mmap এবং প্রিলোড
5 দেখুন নোট বরাদ্দ বরাদ্দ বরাদ্দ

দ্রষ্টব্য: একটি একক অনুক্রমের জন্য, সমস্ত ডেটা স্ট্রাকচার mmap ব্যবহার করে
যদি mmap উপলব্ধ না হয় এবং বরাদ্দ না বেছে নেওয়া হয়, তাহলে ফাইলিও ব্যবহার করবে (খুব ধীর)

অফসেট সম্পর্কে নোট: অফসেট সম্প্রসারণ নিয়ন্ত্রণ করা যেতে পারে
স্বাধীনভাবে দ্বারা --প্রসারিত-অফসেট পতাকা যাইহোক, অফসেট অ্যাক্সেস করা হয়
GSNAP-এর এই সংস্করণে তুলনামূলকভাবে দ্রুত।

--ব্যবহার-ভাগ করা-মেমরি=INT
যদি 1 (ডিফল্ট), তাহলে বরাদ্দ করা মেমরি এই নোডের সমস্ত প্রক্রিয়ার মধ্যে ভাগ করা হয়।
যদি 0, তাহলে প্রতিটি প্রক্রিয়া ব্যক্তিগত বরাদ্দ মেমরি আছে

--প্রসারিত-অফসেট=INT
জিনোমিক অফসেট সূচকের মানগুলি প্রসারিত করতে হবে কিনা: 0 (না, ডিফল্ট), বা 1 (হ্যাঁ)।
সম্প্রসারণ দ্রুত প্রান্তিককরণ দেয়, কিন্তু আরো মেমরি প্রয়োজন

-m, -- সর্বোচ্চ-অমিল=ভাসা
সর্বাধিক সংখ্যক অমিল অনুমোদিত (যদি নির্দিষ্ট না করা হয়, তাহলে ডিফল্ট
অতিদ্রুত স্তরের ((রিডলেন্থ+ইনডেক্স_ইন্টারভাল-1)/কিমি - 2)) (ডিফল্টরূপে,
জিনোম সূচক ব্যবধান 3, কিন্তু এটি একটি ভিন্ন মান প্রদান করে পরিবর্তন করা যেতে পারে
উন্নত -q জিনোম প্রক্রিয়া করার সময় gmap_build করতে।)

যদি 0.0 এবং 1.0 এর মধ্যে নির্দিষ্ট করা হয়, তাহলে একটি ভগ্নাংশ হিসাবে গণ্য করা হয়
প্রতিটি পঠিত দৈর্ঘ্যের। অন্যথায়, অমিলের একটি অবিচ্ছেদ্য সংখ্যা হিসাবে বিবেচিত হবে
(ইনডেল এবং স্প্লিসিং পেনাল্টি সহ) RNA-Seq-এর জন্য, আপনাকে এটি বাড়াতে হতে পারে
একটি exon এর প্রান্তের অতীত প্রসারিত রিডগুলিকে সারিবদ্ধ করার জন্য মান সামান্য।

--মিন-কভারেজ=ভাসা
একটি প্রান্তিককরণের জন্য ন্যূনতম কভারেজ প্রয়োজন। যদি 0.0 এবং 1.0 এর মধ্যে উল্লেখ করা হয়, তাহলে
প্রতিটি পঠিত দৈর্ঘ্যের ভগ্নাংশ হিসাবে বিবেচনা করা হয়। অন্যথায়, একটি অবিচ্ছেদ্য হিসাবে চিকিত্সা
বেস জোড়া সংখ্যা। ডিফল্ট মান 0.0।

--query-unk-অমিল=INT
প্রশ্নে অজানা (N) অক্ষরগুলিকে অমিল হিসাবে গণনা করা হবে কিনা (0=না (ডিফল্ট),
1=হ্যাঁ)

--জিনোম-অমিল-অমিল=INT
জিনোমে অজানা (N) অক্ষরগুলি অমিল হিসাবে গণনা করা হবে কিনা (0=না, 1=হ্যাঁ
(ডিফল্ট))

-- সর্বোচ্চ অনুসন্ধান=INT
খোঁজার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক প্রান্তিককরণ (ডিফল্ট 1000)। থেকে বড় হতে হবে --এনপথ,
যা রিপোর্ট করার সংখ্যা। এই সংখ্যা বড় রাখা র্যান্ডম জন্য অনুমতি দেবে
একাধিক প্রান্তিককরণের মধ্যে নির্বাচন। এই সংখ্যা হ্রাস দ্রুত করতে পারেন
প্রোগ্রাম.

-i, --ইন্ডেল-জরিমানা=INT
একটি ইনডেলের জন্য শাস্তি (ডিফল্ট 2)। অমিলের বিরুদ্ধে গণনা অনুমোদিত। খুঁজতে
indels, indel-দণ্ড সর্বোচ্চ-অমিলের চেয়ে কম বা সমান করুন। একটি মান <2 পারে
পড়া শেষে মিথ্যা ইতিবাচক নেতৃত্ব

--ইন্ডেল-শেষ দৈর্ঘ্য=INT
ইনডেল সারিবদ্ধকরণের জন্য শেষে ন্যূনতম দৈর্ঘ্য প্রয়োজন (ডিফল্ট 4)

-y, --সর্বোচ্চ-মধ্য- সন্নিবেশ=INT
মাঝারি সন্নিবেশের সর্বাধিক সংখ্যা অনুমোদিত (ডিফল্ট 9)

-z, --সর্বোচ্চ-মধ্য-মোছা=INT মাঝখানে মুছে ফেলার সর্বাধিক সংখ্যা অনুমোদিত (ডিফল্ট 30)

-Y, --সর্বোচ্চ শেষ সন্নিবেশ=INT
সর্বাধিক সংখ্যক শেষ সন্নিবেশ অনুমোদিত (ডিফল্ট 3)

-Z, --সর্বোচ্চ-শেষ-মোছা=INT
সর্বাধিক সংখ্যক শেষ মুছে ফেলার অনুমতি দেওয়া হয়েছে (ডিফল্ট 6)

-M, --সাবঅপ্টিমাল-লেভেল=INT
সেরা হিটের বাইরে সাবঅপ্টিমাল হিট রিপোর্ট করুন (ডিফল্ট 0) সেরা স্কোর প্লাস সহ সমস্ত হিট
সাবঅপ্টিমাল-লেভেল রিপোর্ট করা হয়

-a, --অ্যাডাপ্টার-ফালা=STRING এর
রিড থেকে অ্যাডাপ্টার অপসারণের পদ্ধতি। বর্তমানে অনুমোদিত মান: বন্ধ, জোড়া।
ডিফল্ট "বন্ধ"। চালু করতে, "জোড়া" নির্দিষ্ট করুন, যা থেকে অ্যাডাপ্টারগুলি সরিয়ে দেয়৷
পেয়ারড-এন্ড রিড যদি তারা উপস্থিত বলে মনে হয়।

ট্রিম-অমিল-স্কোর=INT
প্রান্তে ছাঁটাই করার সময় অমিলের জন্য ব্যবহার করার জন্য স্কোর (ডিফল্ট হল -3; বন্ধ করতে
ছাঁটাই, 0 উল্লেখ করুন)। সতর্কতা: ছাঁটাই বন্ধ করা মিথ্যা ইতিবাচক দেবে
পড়ার শেষে অমিল

--ট্রিম-ইন্ডেল-স্কোর=INT
প্রান্তে ছাঁটাই করার সময় ইনডেলের জন্য ব্যবহার করার জন্য স্কোর (ডিফল্ট হল -2; ছাঁটাই বন্ধ করতে,
0 উল্লেখ করুন)। সতর্কতা: ছাঁটাই বন্ধ করা হলে এতে মিথ্যা পজিটিভ ইনডেল আসবে
পড়া শেষ

-V, --snpsdir=STRING এর
SNPs সূচক ফাইলগুলির জন্য ডিরেক্টরি (snpindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল এর অবস্থান
জিনোম সূচক ফাইলগুলি ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা হয়েছে -D এবং -d)

-v, --use-snps=STRING এর
পরিচিত SNPs ধারণকারী ডাটাবেস ব্যবহার করুন (এ .iit, পূর্বে ব্যবহার করে নির্মিত
snpindex) SNP-এর প্রতি সহনশীলতার জন্য

--cmetdir=STRING এর
মিথাইলসাইটোসিন ইনডেক্স ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (সিমেটিন্ডেক্স ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)

--অটোইডির=STRING এর
A-to-I RNA সম্পাদনা সূচক ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (atoiindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)

--মোড=STRING এর
প্রান্তিককরণ মোড: স্ট্যান্ডার্ড (ডিফল্ট), সেমিট-স্ট্র্যান্ডেড, সিমেট-ননস্ট্র্যান্ডেড, অ্যাটোই-স্ট্র্যান্ডেড,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, বা ttoc-nonstranded. অ-মানক মোড প্রয়োজন
আপনি আগে cmetindex বা atoiindex প্রোগ্রামগুলি চালাতে হবে (যা কভার করে
ttoc মোড) জিনোমের উপর

-t, --nথ্রেড=INT
কর্মী থ্রেড সংখ্যা

GSNAP-এর মধ্যে GMAP সারিবদ্ধকরণের বিকল্প

--gmap-মোড=STRING এর
একাধিক স্প্লাইস বা ইনডেল ধারণকারী জটিল প্রান্তিককরণের জন্য GMAP ব্যবহার করার ক্ষেত্রে
অনুমোদিত মান: কোনটিই, সব, জোড়া অনুসন্ধান, indel_knownsplice, টার্মিনাল, উন্নতি

(বা একাধিক মান, কমা দ্বারা বিভক্ত)।
ডিফল্ট: সব, যেমন, পেয়ারসার্চ, indel_knownsplic, টার্মিনাল, উন্নতি

--ট্রিগার-স্কোর-ফর-জিম্যাপ=INT
আশেপাশের জিনোমিক অঞ্চলে GMAP জোড়া অনুসন্ধান করে দেখুন যদি সেরা স্কোর হয় (উভয় প্রান্তের মোট
যদি পেয়ারড-এন্ড) এই মান অতিক্রম করে (ডিফল্ট 5)

--gmap-মিন-ম্যাচ-দৈর্ঘ্য=INT
GMAP হিট রাখুন শুধুমাত্র যদি এটিতে পরপর একাধিক ম্যাচ থাকে (ডিফল্ট 20)

--gmap-ভাতা=INT
GMAP সারিবদ্ধকরণের জন্য অতিরিক্ত অমিল/ইনডেল স্কোর অনুমোদিত (ডিফল্ট 3)

--max-gmap-pairsearch=INT
এই অনেক প্রার্থী পর্যন্ত কাছাকাছি জিনোমিক অঞ্চলে GMAP জোড়া অনুসন্ধান করুন
শেষ হয় (ডিফল্ট 50)। পেয়ার সার্চ ইন প্রয়োজন --gmap-মোড

--max-gmap-টার্মিনাল=INT
এই অনেক প্রার্থী শেষ পর্যন্ত কাছাকাছি জিনোমিক অঞ্চলে GMAP টার্মিনাল সম্পাদন করুন
(ডিফল্ট 50)। টার্মিনাল ইন প্রয়োজন --gmap-মোড

--max-gmap-উন্নতি=INT
এই অনেক প্রার্থী শেষ পর্যন্ত কাছাকাছি জিনোমিক অঞ্চলে GMAP উন্নতি সম্পাদন করুন
(ডিফল্ট 5)। মধ্যে উন্নতি প্রয়োজন --gmap-মোড

--মাইক্রোএক্সন-স্প্লিসপ্রব=ভাসা
স্প্লাইস সাইটের সম্ভাব্যতাগুলির মধ্যে একটি এর চেয়ে বেশি হলেই মাইক্রোএক্সনকে অনুমতি দিন
মান (ডিফল্ট 0.95)

DNA-Seq-এর জন্য স্প্লিসিং বিকল্প

--ফাইন্ড-ডিএনএ-কাইমেরাস=INT
DNA-Seq ডেটা (0=না (ডিফল্ট), 1=হ্যাঁ) স্বয়ংক্রিয়ভাবে দূরবর্তী স্প্লিসিংয়ের জন্য দেখুন
RNA-Seq ডেটার জন্য নিষ্ক্রিয় যদি -N or -s নির্দিষ্ট করা হয়)

RNA-Seq-এর জন্য স্প্লিসিং বিকল্প

-N, --নভেল স্প্লাইসিং=INT
নভেল স্প্লিসিং এর জন্য দেখুন (0=না (ডিফল্ট), 1=হ্যাঁ)

-- splicingdir=STRING এর
পরিচিত সাইট বা পরিচিত ইন্ট্রোন জড়িত splicing জন্য ডিরেক্টরি, দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে
-s or --ব্যবহার করা পতাকা (ডিফল্ট হল ডিরেক্টরি থেকে গণনা করা হয় -D এবং -d পতাকা)।
দ্রষ্টব্য: শুধুমাত্র সম্পূর্ণ পাথনাম দিতে পারেন -s পরিবর্তে পতাকা

-s, --ব্যবহার করা=STRING এর
পরিচিত সাইট বা পরিচিত ইন্ট্রোন জড়িত স্প্লিসিং খুঁজুন (in .iit), এ
স্বল্প বা দীর্ঘ দূরত্ব পরিচিত মধ্যে পার্থক্যের জন্য README নির্দেশাবলী দেখুন
সাইট এবং পরিচিত introns

--অ্যাম্বিগ-স্প্লাইস-নোক্লিপ
পড়ার শেষে অস্পষ্ট পরিচিত স্প্লিসিংয়ের জন্য, স্প্লাইস সাইটে ক্লিপ করবেন না,
কিন্তু পরিবর্তে intron মধ্যে প্রসারিত. এই পতাকা শুধুমাত্র যদি আপনি প্রদান করে জ্ঞান করে তোলে
--ব্যবহার করা পতাকা, এবং আপনি সব নরম ক্লিপিং মুছে ফেলার চেষ্টা করছেন
ট্রিম-অমিল-স্কোর=0

-w, --স্থানীয় স্প্লাইসিস্ট=INT
স্থানীয় উপন্যাস স্প্লিসিং ইভেন্টের সংজ্ঞা (ডিফল্ট 200000)

--উপন্যাস-বিভক্তকারী=INT
রিডের শেষে নভেল স্প্লাইস দেখার জন্য দূরত্ব (ডিফল্ট 50000)

-e, --স্থানীয়-বিভাগ-জরিমানা=INT
স্থানীয় স্প্লাইসের জন্য শাস্তি (ডিফল্ট 0)। অমিলের বিরুদ্ধে গণনা অনুমোদিত

-E, --দূর-বিভাগ-দণ্ড=INT
দূরবর্তী অংশের জন্য শাস্তি (ডিফল্ট 1)। একটি দূরবর্তী স্প্লাইস এক যেখানে intron
দৈর্ঘ্য এর মান অতিক্রম করে -w, বা --স্থানীয় স্প্লাইসিস্ট, অথবা একটি বিপরীত, স্ক্র্যাম্বল,
বা দুটি ভিন্ন ক্রোমোজোমের মধ্যে স্থানান্তর অমিলের বিরুদ্ধে গণনা করে
অনুমতি

-K, --দূর-বিভক্ত-শেষ দৈর্ঘ্য=INT
দূরবর্তী বিভক্ত প্রান্তিককরণের জন্য প্রান্তে ন্যূনতম দৈর্ঘ্য প্রয়োজন (ডিফল্ট 20, মিন
অনুমোদিত এর মান -k, বা কিমির আকার)

-l, -- সংক্ষিপ্ত-বিভক্ত-শেষ দৈর্ঘ্য=INT
শর্ট-এন্ড স্প্লিসড অ্যালাইনমেন্টের জন্য শেষে ন্যূনতম দৈর্ঘ্য প্রয়োজন (ডিফল্ট 2, কিন্তু
যদি না পরিচিত স্প্লাইস সাইটগুলির সাথে প্রদান করা হয় -s পতাকা, GSNAP এর এখনও প্রয়োজন হতে পারে
শেষ দৈর্ঘ্য এর মান হতে হবে -k, অথবা একটি প্রদত্ত স্প্লাইস খুঁজে পেতে kmer আকার

--দূর-বিচ্ছিন্ন-পরিচয়=ভাসা
দূরবর্তী বিভক্ত প্রান্তিককরণের জন্য শেষে ন্যূনতম পরিচয় প্রয়োজন (ডিফল্ট 0.95)

--অ্যান্টিট্রান্ডেড-পেনাল্টি=INT
(বর্তমানে বাস্তবায়িত নয়, যেহেতু এটি খারাপ ফলাফলের দিকে নিয়ে যায়) জন্য শাস্তি
স্ট্র্যান্ডেড RNA-Seq প্রোটোকল ব্যবহার করার সময় antistranded splicing. একটি ইতিবাচক মান,
যেমন 1, প্রথম পাঠে অ্যান্টিসেন্স এবং দ্বিতীয় পাঠে সেন্স আশা করে।
ডিফল্ট হল 0, যা সেন্স এবং অ্যান্টিসেন্সকে সমানভাবে ব্যবহার করে

-- একত্রিত-দূর-সমেচর
সম্ভব হলে একই ক্রোমোজোমের দূরবর্তী স্প্লাইসগুলিকে একক স্প্লাইস হিসাবে রিপোর্ট করুন।
দুটি SAM লাইনের পরিবর্তে একটি একক SAM লাইন তৈরি করবে, যা এর জন্যও করা হয়
ট্রান্সলোকেশন, ইনভার্সশন এবং স্ক্র্যাম্বল ইভেন্ট

পেয়ারড-এন্ড রিডের জন্য বিকল্প

--pairmax-dna=INT
DNA-Seq পেয়ারড রিডের জন্য সর্বোচ্চ মোট জিনোমিক দৈর্ঘ্য, অথবা অন্য রিড ছাড়াই
(ডিফল্ট 1000)। যদি ব্যবহার করা হয় -N or -s নির্দিষ্ট করা হয় না।

--pairmax-rna=INT
RNA-Seq পেয়ারড রিডের জন্য সর্বাধিক মোট জিনোমিক দৈর্ঘ্য, বা অন্যান্য রিডের জন্য
splice (ডিফল্ট 200000)। যদি ব্যবহার করা হয় -N or -s উল্লিখিত আছে. সম্ভবত মেলে উচিত
মান -w, --স্থানীয় স্প্লাইসিস্ট.

--জোড়া প্রত্যাশিত=INT
প্রত্যাশিত পেয়ারড-এন্ড দৈর্ঘ্য, পেয়ারড-এন্ডের মধ্যবর্তী অংশে স্প্লাইস কল করার জন্য ব্যবহৃত হয়
পড়ে (ডিফল্ট 200)। পূর্ববর্তী সংস্করণে বন্ধ ছিল, কিন্তু পুনঃস্থাপিত.

--জোড়াদেব=INT
প্রত্যাশিত পেয়ারড-এন্ড দৈর্ঘ্য থেকে অনুমতিযোগ্য বিচ্যুতি, স্প্লাইস কল করার জন্য ব্যবহৃত হয়
পেয়ারড-এন্ড রিডের মধ্যবর্তী অংশ (ডিফল্ট 100)। পূর্বে বন্ধ ছিল
সংস্করণ, কিন্তু পুনঃস্থাপিত।

মানের স্কোর জন্য বিকল্প

--গুণমান-প্রটোকল=STRING এর
ইনপুট মানের স্কোর জন্য প্রোটোকল. অনুমোদিত মান: ইলুমিনা (ASCII 64-126)
(সমতুল্য -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (এর সমতুল্য -J 33 -j 0)

ডিফল্ট হল স্যাঞ্জার (কোন গুণমান প্রিন্ট শিফট নয়)
SAM আউটপুট ফাইলের স্যাঞ্জার প্রোটোকলে মানের স্কোর থাকা উচিত

অথবা আপনি এই পতাকাগুলির সাথে এই আচরণটি কাস্টমাইজ করতে পারেন:

-J, --গুণমান-শূন্য-স্কোর=INT
এই ASCII মানতে FASTQ মানের স্কোর শূন্য (সাংগারের জন্য ডিফল্ট 33
প্রোটোকল; ইলুমিনার জন্য, 64 নির্বাচন করুন)

-j, --গুণমান-প্রিন্ট-শিফ্ট=INT
আউটপুটে এই পরিমাণ দ্বারা FASTQ মানের স্কোর স্থানান্তর করুন (সাংগারের জন্য ডিফল্ট 0
প্রোটোকল; ইলুমিনা ইনপুটকে সেঞ্জার আউটপুটে পরিবর্তন করতে নির্বাচন করুন -31)

আউটপুট বিকল্পগুলি

-n, --এনপথ=INT
প্রিন্ট করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক পাথ (ডিফল্ট 100)।

-Q, --শান্ত-যদি-অতিরিক্ত
যদি সর্বাধিক সংখ্যক পাথ পাওয়া যায়, তবে কিছুই মুদ্রিত হয় না।

-O, -- আদেশ করা হয়েছে
ইনপুট হিসাবে একই ক্রমে প্রিন্ট আউটপুট (শুধুমাত্র যদি একাধিক কর্মী থাকে
সুতো)

--শো-রিফডিফ
SNP-সহনশীল প্রান্তিককরণে GSNAP আউটপুটের জন্য, এর সাথে সম্পর্কিত সমস্ত পার্থক্য দেখায়
লোয়ার কেস হিসাবে জিনোম উল্লেখ করুন (অন্যথায়, এটি আপেক্ষিক সমস্ত পার্থক্য দেখায়
রেফারেন্স এবং বিকল্প জিনোম উভয়ই)

--ক্লিপ-ওভারল্যাপ
পেয়ারড-এন্ড রিডের জন্য যার প্রান্তিককরণ ওভারল্যাপ হয়, ওভারল্যাপিং অঞ্চলটি ক্লিপ করুন।

--মার্জ-ওভারল্যাপ
পেয়ারড-এন্ড রিডগুলির জন্য যার প্রান্তিককরণগুলি ওভারল্যাপ করে, দুটি প্রান্তকে একক প্রান্তে একত্রিত করুন৷
(বিটা বাস্তবায়ন)

--প্রিন্ট-এসএনপিএস
রিড-এ এসএনপি সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য মুদ্রণ করুন (শুধুমাত্র যদি কাজ করে -v এছাড়াও নির্বাচিত)
(এখনও পুরোপুরি বাস্তবায়িত হয়নি)

-- ব্যর্থভাবে
শুধুমাত্র ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন, যার কোনো ফলাফল নেই

--নোফেলস
ব্যর্থ প্রান্তিককরণের মুদ্রণ বাদ দিন

-A, --ফরম্যাট=STRING এর
ডিফল্ট ছাড়া অন্য ফরম্যাটের ধরন। বর্তমানে বাস্তবায়িত: স্যাম, এম 8 (ব্লাস্ট
সারণী বিন্যাস)

--বিভক্ত-আউটপুট=STRING এর
মাল্টিপল-ফাইল আউটপুটের জন্য বেসনেম, আলাদাভাবে নোম্যাপিংয়ের জন্য, হাফম্যাপিং_ইউনিক,
হাফম্যাপিং_mult, unpaired_uniq, unpaired_mult, paired_uniq, paired_mult,
concordant_uniq, এবং concordant_mult ফলাফল

-o, --আউটপুট ফাইল=STRING এর
আউটপুট ফলাফলের একটি একক প্রবাহের জন্য ফাইলের নাম।

--ফেলড-ইনপুট=STRING এর
প্রদত্ত ইনপুট FASTA বা FASTQ বিন্যাস হিসাবে সম্পূর্ণরূপে ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন
ফাইল, পেয়ারড-এন্ড ডেটার জন্য .1 বা .2 যুক্ত করুন। যদি --বিভক্ত-আউটপুট পতাকা এছাড়াও
প্রদত্ত, এই ফাইলটি .nomapping ফাইলের আউটপুট ছাড়াও তৈরি করা হয়।

--সংযোজন-আউটপুট
কখন --বিভক্ত-আউটপুট or --ফেলড-ইনপুট দেওয়া হয়, এই পতাকা আউটপুট যোগ করবে
বিদ্যমান ফাইল। অন্যথায়, ডিফল্ট নতুন ফাইল তৈরি করা হয়.

--অর্ডার-এর মধ্যে-সেরা=STRING এর
সর্বোত্তম স্কোরের সাথে সংযুক্ত সারিবদ্ধকরণগুলির মধ্যে, এই ক্রমানুসারে সেই প্রান্তিককরণগুলিকে সাজান।
অনুমোদিত মান: জিনোমিক, এলোমেলো (ডিফল্ট)

--আউটপুট-বাফার-আকার=INT
আউটপুট থ্রেডের জন্য বাফার আকার, প্রশ্নে (ডিফল্ট 1000)। যখন সংখ্যা
প্রিন্ট করা ফলাফল এই আকার অতিক্রম, কর্মী থ্রেড পর্যন্ত থামানো হয়
ব্যাকলগ সাফ করা হয়

SAM আউটপুট জন্য বিকল্প

--নো-স্যাম-হেডার
'@' দিয়ে শুরু হওয়া হেডার প্রিন্ট করবেন না

--অ্যাড-পেয়ারড-নোম্যাপার
সব পেয়ারড-এন্ড ফলাফল প্রথমের মধ্যে বিকল্প করতে প্রয়োজন অনুযায়ী নোমাপার লাইন যোগ করুন
শেষ এবং দ্বিতীয় প্রান্ত

--জোড়া-পতাকা-মানে-সঙ্গতিপূর্ণ=INT
SAM ফ্ল্যাগে পেয়ারড বিট মানে কনকর্ডেন্ট শুধুমাত্র (1) বা পেয়ারড প্লাস
কনকর্ডেন্ট (0, ডিফল্ট)

--স্যাম-হেডার-ব্যাচ=INT
শুধুমাত্র এই ব্যাচের জন্য শিরোনাম মুদ্রণ করুন, যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে -q

--sam-use-0M
পিকার্ড দ্বারা প্রয়োজনীয় সন্নিহিত সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার মধ্যে CIGAR-এ 0M সন্নিবেশ করান,
কিন্তু অন্যান্য টুলে ত্রুটি হতে পারে

--স্যাম-মাল্টিপল-প্রাইমারি
একাধিক প্রান্তিককরণ সমানভাবে ভাল থাকলে প্রাথমিক হিসাবে চিহ্নিত করার অনুমতি দেয়৷
ম্যাপিং স্কোর

--force-xs-dir
RNA-Seq প্রান্তিককরণের জন্য, XS:A: অনুমোদন করে? যখন ইন্দ্রিয় দিক অস্পষ্ট, এবং
এই মানটিকে ইচ্ছামত XS:A:+ দিয়ে প্রতিস্থাপন করে। কিছু প্রোগ্রামের জন্য দরকারী হতে পারে, যেমন
Cufflinks হিসাবে, যে XS পরিচালনা করতে পারে না:A:? যাইহোক, আপনি যদি এই পতাকা ব্যবহার করেন, তাহলে
XS:A:+ এর রিপোর্ট করা মান এই ক্ষেত্রে অর্থবহ হবে না।

--md-ছোট হাতের-snp
MD স্ট্রিং-এ, যখন পরিচিত SNP গুলি দ্বারা দেওয়া হয় -v পতাকা, প্রিন্ট পার্থক্য
নিউক্লিওটাইডগুলি ছোট হাতের অক্ষর হিসাবে যখন তারা, রেফারেন্স থেকে আলাদা কিন্তু পরিচিত একটি মেলে
বিকল্প অ্যালিল

--এক্সটেন্ড-সফট-ক্লিপস
নরম ক্লিপ করা অঞ্চলের মাধ্যমে প্রান্তিককরণ প্রসারিত করে

--ক্রিয়া-যদি-সিগার-ত্রুটি
CIGAR দৈর্ঘ্য এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্যের মধ্যে কোনো মতভেদ থাকলে ব্যবস্থা নিতে হবে
অনুমোদিত মান: উপেক্ষা, সতর্কতা, নোপ্রিন্ট (ডিফল্ট), বাতিল

--পড়ুন-গ্রুপ-আইডি=STRING এর
রিড-গ্রুপ আইডি (RG-ID) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গোষ্ঠীর নাম=STRING এর
রিড-গ্রুপ নেম (RG-SM) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গ্রুপ-লাইব্রেরি=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-LB) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গ্রুপ-প্ল্যাটফর্ম=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-PL) ফিল্ডে রাখার মান

সাহায্য বিকল্প

--চেক
কম্পাইলার অনুমান পরীক্ষা করুন

--সংস্করণ
সংস্করণ দেখান

--help এই সাহায্য বার্তা দেখান

GMAP স্যুটের অন্যান্য টুল /usr/lib/gmap-এ অবস্থিত

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gsnap ব্যবহার করুন