এটি হল gt-orffinder কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gt-orffinder - সিকোয়েন্সে ORFs (ওপেন রিডিং ফ্রেম) সনাক্ত করে।
সাইনোপিসিস
gt অপরাধী [বিকল্প ...] [সূচির নাম] [GFF3_file...]
বর্ণনাঃ
-প্রকার
খোলা পড়ার ফ্রেমের জন্য যে অঞ্চলগুলি অনুসন্ধান করা উচিত তা নির্দিষ্ট করুন, যেমন
LTR_retrotransposon
- allorfs [হ্যাঁ|না]
শুধুমাত্র দীর্ঘতমের পরিবর্তে সমস্ত ORF অনুসন্ধান করুন (ডিফল্ট: না)
-মিন [মূল্য]
ORF এর ন্যূনতম দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট: 30)
-সর্বোচ্চ [মূল্য]
ORF-এর সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট: 10000)
-v [হ্যাঁ|না]
শব্দযুক্ত হতে (ডিফল্ট: না)
-o [ফাইলের নাম]
নির্দিষ্ট ফাইলে আউটপুট পুনঃনির্দেশিত (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-জিজিপ [হ্যাঁ|না]
gzip সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
-bzip2 [হ্যাঁ|না]
bzip2 সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
- বল [হ্যাঁ|না]
আউটপুট ফাইলে জোর করে লেখা (ডিফল্ট: না)
- seqfile [ফাইলের নাম]
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-encseq [ফাইলের নাম]
এনকোডেড সিকোয়েন্স ইনডেক্সনাম সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট:
অনির্ধারিত)
- seqfiles
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে ফিচার ব্যবহার করে বের করতে হবে -- তালিকাটি শেষ করতে
অনুক্রম ফাইলের
- ম্যাচডেস্ক [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই সিকোয়েন্স আইডিগুলির জন্য ইনপুট ফাইলগুলি থেকে অনুক্রমের বিবরণ অনুসন্ধান করুন (ইন
GFF3), প্রথম ম্যাচ রিপোর্ট করা (ডিফল্ট: না)
-ম্যাচডেস্কস্টার্ট [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই অনুক্রমের জন্য ইনপুট ফাইল থেকে অনুক্রমের বর্ণনার সাথে হুবহু মিলে যায়
আইডি (GFF3 এ) শুরু থেকে প্রথম হোয়াইটস্পেস পর্যন্ত (ডিফল্ট: না)
- usedesc [হ্যাঁ|না]
সিকোয়েন্স আইডি ম্যাপ করার জন্য সিকোয়েন্স বর্ণনা ব্যবহার করুন (GFF3-এ) আসল সিকোয়েন্সে
এন্ট্রি যদি একটি বিবরণে একটি ক্রম পরিসীমা থাকে (যেমন, III:1000001..2000000),
প্রথম অংশ সিকোয়েন্স আইডি হিসাবে ব্যবহার করা হয় (তৃতীয়) এবং অফসেট হিসাবে প্রথম পরিসরের অবস্থান
(1000001) (ডিফল্ট: না)
- অঞ্চল ম্যাপিং [স্ট্রিং]
সিকোয়েন্স-অঞ্চল সমন্বিত ফাইলকে সিকোয়েন্স ফাইল ম্যাপিং-এ সেট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-হেল্প
সাহায্য প্রদর্শন এবং প্রস্থান
-version
সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
প্রতিবেদনের বাগ
বাগ রিপোর্ট করুন[ইমেল সুরক্ষিত]>.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gt-orffinder ব্যবহার করুন
