āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ hmm2pfam āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
hmm2pfam - āĻāĻāĻāĻŋ HMM āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻāĻ āĻŦāĻž āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
hmm2pfam [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ] hmmfile seqfile
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
hmm2pfam āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻĄāĻŧā§ seqfile āĻāĻŦāĻ āĻāĻā§ āĻāĻā§ āĻāĻā§ āĻāĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§,
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ HMM-āĻāĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ hmmfile āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻā§āĻāĻāĻā§āĻ¨.
hmmfile āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽā§ āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻžāĻ°ā§ āĻĄāĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋāĻ¤ā§, āĻ¤āĻžāĻ°āĻĒāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋāĻ¤ā§ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨āĻļā§āĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻžāĻŽāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ HMMERDB. āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻļāĻžāĻ¸āĻāĻĻā§āĻ° HMM āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋ(āĻā§āĻ˛āĻŋ) āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ Pfam āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĨ¤
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻĨāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻā§ seqfile āĻāĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ āĻŋāĻ¤
āĻ¤āĻŋāĻ¨āĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ: āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻāĻāĻāĻŽāĻāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž, āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž
āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻāĻāĻāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻāĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻ¯āĻĻāĻŋ
āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻāĻā§; āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻā§ āĻ¸āĻŦ āĻ˛āĻžāĻā§
āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨ āĻ¸āĻŦ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻĒāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ -E āĻāĻŦāĻ -T cutoffs āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž, āĻ¤āĻžāĻ°āĻĒāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻĒāĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨ āĻšāĻŋāĻ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻ¯āĻĻāĻŋ
āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻāĻ¸āĻ, āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¤ā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
--āĻāĻŽā§āĻŦā§āĻ āĻāĻŦāĻ --domT āĻ āĻĒāĻļāĻ¨āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
-h āĻ¸āĻāĻā§āĻˇāĻŋāĻĒā§āĻ¤ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ; āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤, āĻ¸āĻš
āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇāĻā§āĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤
-n āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻšāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ, āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¨āĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ HMMER
āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§; āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻ¯āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĻā§āĻļ hmm2pfam āĻĄā§āĻāĻž āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ¸ āĻāĻ°ā§,
āĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ "āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻŽāĻžāĻ˛āĻž" āĻ¨āĻŋāĻā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻ¨āĻžāĨ¤
-A āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨āĨ¤ -āĻ 0 āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ° āĻāĻŽāĻžāĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
-E āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻšāĻž āĻāĻāĻāĻŋ
āĻāĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 10.0āĨ¤ (āĻāĻŽ
than) āĻāĻ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
-T āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ is
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻ āĻ¸ā§āĻŽ; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻš āĻšāĻŋāĻ
(āĻāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻŦāĻĄāĻŧ) āĻāĻ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
-Z āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻŽāĻ¨āĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻ¨ āĻāĻŽāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĻā§āĻā§āĻāĻŋ
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ°ā§ 59021 āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§, Swissprot 34 āĻāĻ° āĻāĻāĻžāĻ°āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇāĻā§āĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
--āĻāĻ¸āĻŋāĻ¸āĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻā§ āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ HMM āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻā§āĻ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĻāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ -
āĻĨā§āĻ°ā§āĻĒā§āĻ āĻā§āĻāĻž, āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĄā§āĻāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻ˛ā§āĻļāĻ¨āĻžāĻ˛ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻā§āĻā§
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸āĨ¤
--āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ
HMMER 2.1.1, 1998-2001 āĻĒāĻžāĻŦāĻ˛āĻŋāĻ āĻ°āĻŋāĻ˛āĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨; āĻ¤āĻžāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨
2.1.1 āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻžāĻ°āĻĻā§āĻ° āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ˛āĻŋāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ āĻ¨āĻžāĨ¤
--āĻ¸āĻŋāĻĒāĻŋāĻāĻ
āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻŦā§ āĻāĻŽāĻ¨ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻ CPU āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻŽā§āĻļāĻŋāĻ¨ā§ āĻ¸āĻŦ CPU. HMMER_NCPU āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨āĻļā§āĻ˛āĻā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ°āĻžāĻāĻĄ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻā§āĻŦāĻ˛
HMMER āĻāĻ° āĻĨā§āĻ°ā§āĻĄā§āĻĄ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§ (āĻŦā§āĻļāĻŋāĻ°āĻāĻžāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)āĨ¤
--āĻāĻžāĻ_āĻāĻž
Pfam GA (āĻ¸āĻāĻā§āĻ°āĻš āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ) āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ --globT āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¤ā§āĻ˛ā§āĻ¯
--domT , āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ GA2 āĻāĻŦāĻ GA1 āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ HMM āĻāĻ¨ āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§ˇ hmmfile
āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻāĻžāĻŦā§ hmm2build āĻāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻā§ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨāĻžāĻā§
āĻāĻāĻāĻŋ Pfam-āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻā§āĻāĻž (āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ SELEX āĻŦāĻž āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸)
āĻāĻŦāĻ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ GA āĻā§āĻāĻž āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻāĻŋāĻ˛āĨ¤ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻ cutoffs āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¨āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
HMM āĻĢāĻžāĻāĻ˛, --āĻāĻžāĻ_āĻāĻž āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻž
--cut_tc
Pfam TC (āĻŦāĻŋāĻļā§āĻŦāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ) āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ --globT āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¤ā§āĻ˛ā§āĻ¯ --domT
, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ TC2 āĻāĻŦāĻ TC1 āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ HMM āĻāĻ¨ āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§ˇ hmmfile āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻāĻžāĻŦā§āĨ¤
hmm2build āĻāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻā§ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋ Pfam-āĻ āĻā§āĻāĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ-
āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ (āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ SELEX āĻŦāĻž āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸) āĻāĻŦāĻ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ TC
āĻā§āĻāĻž āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻāĻŋāĻ˛. āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋ HMM āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻā§, --cut_tc
āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻž
--cut_nc
Pfam NC (āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ) āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ --globT āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¤ā§āĻ˛ā§āĻ¯ --domT ,
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ NC1 āĻāĻŦāĻ NC2 āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ HMM āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ hmmfile āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻāĻžāĻŦā§āĨ¤
hmm2build āĻāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻā§ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋ Pfam-āĻ āĻā§āĻāĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ-
āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ (āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ SELEX āĻŦāĻž āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸) āĻāĻŦāĻ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ NC
āĻā§āĻāĻž āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻāĻŋāĻ˛. āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢāĻā§āĻ˛āĻŋ HMM āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻā§, --cut_nc
āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻž
--āĻāĻŽā§āĻŦā§āĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻšāĻž āĻāĻāĻāĻŋ
āĻāĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ āĻ āĻ¸ā§āĻŽ; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§, āĻ¤āĻžāĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤
--domT
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻšāĻž āĻāĻāĻāĻŋ
āĻ¸āĻ¤ā§āĻ¯ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻ āĻ¸ā§āĻŽ; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§, āĻ¤āĻžāĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤ āĻā§āĻ°ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻŦāĻŋāĻāĻĻā§āĻ°āĻ: āĻāĻāĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻŦāĻž āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ --domT āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻāĻŦāĻ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻĒāĻ°āĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻŋ āĻĢā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§ āĻŦāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ 0 āĻĨāĻžāĻā§ āĻāĻžāĻ°āĻŖ
HMMER āĻāĻŋāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¤āĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻļāĻĻ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖāĨ¤ HMMER-āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻāĻŽāĻĒāĻā§āĻˇā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§ˇ
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛; āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒāĻžāĻ¸ (āĻāĻā§āĻ° āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨) āĻāĻ°āĻ¤ā§
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŋāĻā§āĻā§āĻ˛ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§,
āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻžāĻ āĻ āĻ¤āĻŋāĻ°āĻŋāĻā§āĻ¤ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻāĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻŦāĻĻāĻžāĻ¨ āĻ°āĻžāĻā§āĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻĻā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨
āĻāĻ°āĻ āĻŦāĻŋāĻļāĻĻ āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤
--āĻāĻāĻžāĻŽā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ- āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻŋāĻāĻžāĻ°āĻŦāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĢāĻ°ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨-
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻāĻ¨āĻ Viterbi āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
āĻā§āĻ āĻā§āĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻĢāĻ°ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻ°āĻŋāĻŽā§āĻ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ°āĻ āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ
āĻā§āĻ°āĻŽ homologues; HMMER-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŽāĻžāĻ° āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĻŋāĨ¤
-- āĻ¤āĻĨā§āĻ¯
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ¯ā§ āĻāĻžāĻšāĻŋāĻ° seqfile āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻāĻā§ ; Babelfish āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
āĻ āĻā§āĻĄāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĻ¤āĻž āĻāĻŋāĻā§āĻāĻž āĻŦāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ¯āĻŧ, āĻāĻžāĻ°āĻŖ
Babelfish āĻā§āĻ˛ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§; āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇāĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤, āĻāĻā§āĻ-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤
HMMER āĻāĻ° āĻĨā§āĻ°ā§āĻĒā§āĻ āĻ°āĻžāĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
āĻĒāĻŋāĻ°, āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ, āĻ¸ā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ¸, āĻāĻŽāĻāĻ¸āĻāĻĢ, āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻĢāĻŋāĻ˛āĻŋāĻĒāĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨
āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĨ¤
--null2
āĻĒā§āĻ¸ā§āĻ hoc āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻžāĻ˛ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻĻā§āĻ§āĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ¸ā§āĻāĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¸āĻŋāĻ āĻĒāĻĻāĻā§āĻˇā§āĻĒ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤āĻŽā§āĻ˛āĻ āĻ°āĻāĻ¨āĻžāĻā§ āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻāĻāĻŽāĻāĻŽ āĻŦāĻž āĻ˛āĻā§āĻˇā§āĻ¯ āĻā§āĻ°āĻŽāĨ¤ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻšāĻžāĻ°ā§āĻ¯,
āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇ āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§āĨ¤ āĻāĻ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻŦ āĻāĻŽ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻāĻā§
āĻĒā§āĻ¸ā§āĻāĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¸āĻŋāĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦ āĻŽāĻŋāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻ¸āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻāĻ āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ --null2 āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻŋ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛āĻ¤āĻž āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤āĻŽā§āĻ˛āĻ āĻ°āĻāĻ¨āĻž āĻ˛ā§āĻ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻāĻ¤āĻž āĻšā§āĻ°āĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻā§
āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻšāĻŋāĻ
--āĻĒāĻŋāĻāĻŋāĻāĻŽ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ°āĻžāĻ˛ āĻāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ āĻŽā§āĻļāĻŋāĻ¨ā§ (PVM) āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤ PVM āĻāĻ¤āĻŋāĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ˛āĻŽāĻžāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤ āĻĻā§āĻ¯
āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ hmm2pfam-pvm āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ PVM āĻ¨ā§āĻĄā§ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°āĻž āĻāĻŦāĻļā§āĻ¯āĻāĨ¤ āĻāĻāĻāĻāĻŽāĻāĻŽ
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ hmmfile āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ˛āĻŋāĻˇā§āĻ GSI āĻ¸ā§āĻāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ hmmfilegsiāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ PVM āĻ¨ā§āĻĄā§ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°āĻž āĻāĻā§āĨ¤ (āĻāĻŋāĻāĻ¸āĻāĻ āĻ¸ā§āĻāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
hmm2 index.) āĻāĻžāĻ°āĻŖ PVM āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ I/O āĻāĻŦāĻĻā§āĻ§, āĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¤ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻŦāĻžāĻā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ
āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ¨ā§āĻĄ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻāĻĒāĻŋ āĻāĻā§ hmmfile NFS āĻāĻāĻāĻŋ āĻļā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻāĻĒāĻŋ āĻŽāĻžāĻāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§āĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ PVM āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ HMMER-āĻ āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ --āĻĒāĻŋāĻāĻŋāĻāĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻļāĻ¨
--xnu āĻāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° XNU āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻŦ āĻ¨ā§āĻ
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻ¯āĻŧ, --xnu āĻāĻ° āĻĨā§āĻā§ āĻāĻŽ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻĒāĻžāĻ°āĻĢāĻ°ā§āĻŽ āĻāĻ°ā§ āĻŦāĻ˛ā§ āĻŽāĻ¨ā§ āĻšāĻā§āĻā§
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻĒā§āĻ¸ā§āĻ hoc null2 āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĨ¤
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ hmm2pfam āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨