hmm2search - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

hmm2search - একটি প্রোফাইল HMM সহ একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস অনুসন্ধান করুন

সাইনোপিসিস

hmm2 অনুসন্ধান [বিকল্প] hmmfile seqfile

বর্ণনাঃ

hmm2 অনুসন্ধান থেকে একটি HMM পড়ে hmmfile এবং অনুসন্ধান seqfile উল্লেখযোগ্যভাবে অনুরূপ জন্য
ক্রম মেলে।

seqfile প্রথমে বর্তমান কার্যকারী ডিরেক্টরিতে, তারপর একটি ডিরেক্টরিতে সন্ধান করা হবে
পরিবেশ পরিবর্তনশীল দ্বারা নামকরণ করা হয়েছে BLASTDB. এটি ব্যবহারকারীদের বিদ্যমান BLAST ডাটাবেস ব্যবহার করতে দেয়,
যদি BLAST সাইটের জন্য কনফিগার করা হয়।

hmm2 অনুসন্ধান ক্রমটির আকারের উপর নির্ভর করে চালানোর জন্য মিনিট বা এমনকি ঘন্টাও লাগতে পারে
তথ্যশালা. একটি ফাইলে আউটপুট পুনর্নির্দেশ করা একটি ভাল ধারণা।

আউটপুট চারটি বিভাগ নিয়ে গঠিত: সেরা স্কোরিং ক্রমগুলির একটি র‌্যাঙ্ক করা তালিকা, একটি
সেরা স্কোরিং ডোমেনের র‌্যাঙ্ক করা তালিকা, সব সেরা স্কোরিং ডোমেনের জন্য সারিবদ্ধকরণ, এবং
স্কোরের একটি হিস্টোগ্রাম। একটি সিকোয়েন্স স্কোর একটি ডোমেন স্কোরের চেয়ে বেশি হতে পারে
অনুক্রমে একাধিক ডোমেন থাকলে একই ক্রম; ক্রম স্কোর লাগে
একাউন্টে সব ডোমেইন. সব ক্রম উপরে স্কোরিং -E এবং -T কাটঅফ দেখানো হয়
প্রথম তালিকায়, তারপর প্রতি এই তালিকায় পাওয়া ডোমেনটি দ্বিতীয় তালিকায় দেখানো হয়েছে
ডোমেইন হিট। যদি ইচ্ছা হয়, ই-মান এবং বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড এছাড়াও প্রয়োগ করা যেতে পারে
ডোমেন তালিকা ব্যবহার করে --গম্বুজ এবং --domT অপশন।

বিকল্প

-h সংক্ষিপ্ত সাহায্য মুদ্রণ; সংস্করণ নম্বর এবং সমস্ত বিকল্পের সারাংশ অন্তর্ভুক্ত, সহ
বিশেষজ্ঞের বিকল্প।

-A প্রান্তিককরণ আউটপুট সীমাবদ্ধ করে সেরা স্কোরিং ডোমেইন। -এ 0 বন্ধ
সারিবদ্ধ আউটপুট এবং আউটপুট ফাইলের আকার কমাতে ব্যবহার করা যেতে পারে।

-E প্রতি-ক্রম র‌্যাঙ্ক করা হিট তালিকার জন্য ই-মান কাটঅফ সেট করুন , কোথায় ইহা একটি
ইতিবাচক বাস্তব সংখ্যা। ডিফল্ট হল 10.0। (কম
than) এই থ্রেশহোল্ড দেখানো হবে।

-T প্রতি-ক্রম র‌্যাঙ্ক করা হিট তালিকার জন্য বিট স্কোর কাটঅফ সেট করুন , কোথায় is
একটি বাস্তব সংখ্যা। ডিফল্ট নেতিবাচক অসীম; ডিফল্টরূপে, থ্রেশহোল্ড হয়
ই-মান দ্বারা নিয়ন্ত্রিত এবং বিট স্কোর দ্বারা নয়। এর চেয়ে ভালো বিট স্কোর সহ হিট
(এর চেয়ে বড়) এই থ্রেশহোল্ড দেখানো হবে।

-Z ই-মান স্কোরগুলি এমনভাবে গণনা করুন যেন আমরা একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস দেখেছি
ক্রম ডিফল্ট হল আপনার ডাটাবেস ফাইলে দেখা সিকোয়েন্সের সংখ্যা
.

বিশেষজ্ঞের বিকল্প

--কম্প্যাট
HMMER 2.1.1, 1998-2001 পাবলিক রিলিজের আউটপুট ফর্ম্যাট ব্যবহার করুন; তাই প্রদান
2.1.1 পার্সারদের পুনরায় লিখতে হবে না।

--সিপিইউ
প্রোগ্রামটি চালানো হবে এমন সর্বাধিক সংখ্যক CPU সেট করে। ডিফল্ট ব্যবহার করা হয়
মেশিনে সব CPU. HMMER_NCPU পরিবেশ পরিবর্তনশীলকে ওভাররাইড করে। কেবল
HMMER এর থ্রেডেড সংস্করণগুলিকে প্রভাবিত করে (বেশিরভাগ সিস্টেমে ডিফল্ট)।

--কাট_গা
Pfam GA (সংগ্রহ থ্রেশহোল্ড) স্কোর কাটঅফ ব্যবহার করুন। --globT এর সমতুল্য
--domT , কিন্তু GA2 এবং GA1 কাটঅফগুলি HMM ফাইল থেকে পড়া হয়৷ hmm2বিল্ড
যদি সারিবদ্ধকরণ ফাইলটি Pfam-বান্ধবভাবে টীকা করা হয় তবে এই কাটঅফগুলি সেখানে রাখে
প্রান্তিককরণ বিন্যাস (বর্ধিত SELEX বা স্টকহোম বিন্যাস) এবং ঐচ্ছিক GA
টীকা লাইন উপস্থিত ছিল. যদি এই কাটঅফগুলি HMM ফাইলে সেট করা না থাকে, --কাট_গা
কাজ করে না

--cut_tc
Pfam TC (বিশ্বস্ত কাটঅফ) স্কোর কাটঅফ ব্যবহার করুন। --globT এর সমতুল্য --domT
, কিন্তু TC2 এবং TC1 কাটঅফগুলি HMM ফাইল থেকে পড়া হয়৷ hmm2build এগুলো রাখে
Pfam-বন্ধুত্বপূর্ণ প্রান্তিককরণে প্রান্তিককরণ ফাইলটি টীকা করা থাকলে সেখানে কাটঅফ
বিন্যাস (বর্ধিত SELEX বা স্টকহোম বিন্যাস) এবং ঐচ্ছিক TC টীকা লাইন ছিল
বর্তমান যদি এই কাটঅফগুলি HMM ফাইলে সেট করা না থাকে, --cut_tc কাজ করে না

--cut_nc
Pfam NC (শব্দ কাটঅফ) স্কোর কাটঅফ ব্যবহার করুন। --globT এর সমতুল্য --domT ,
কিন্তু NC1 এবং NC2 কাটঅফগুলি HMM ফাইল থেকে পড়া হয়। hmm2build এগুলো রাখে
Pfam-বন্ধুত্বপূর্ণ প্রান্তিককরণে প্রান্তিককরণ ফাইলটি টীকা করা থাকলে সেখানে কাটঅফ
বিন্যাস (বর্ধিত SELEX বা স্টকহোম বিন্যাস) এবং ঐচ্ছিক NC টীকা লাইন ছিল
বর্তমান যদি এই কাটঅফগুলি HMM ফাইলে সেট করা না থাকে, --cut_nc কাজ করে না

--গম্বুজ
প্রতি-ডোমেন র‌্যাঙ্ক করা হিট তালিকার জন্য ই-মান কাটঅফ সেট করুন , কোথায় ইহা একটি
ইতিবাচক বাস্তব সংখ্যা। ডিফল্ট হল অসীম; ডিফল্টরূপে, সমস্ত ডোমেন
প্রথম থ্রেশহোল্ড পাস করা ক্রম দ্বিতীয় তালিকায় রিপোর্ট করা হবে, তাই
প্রতি-ক্রম তালিকায় রিপোর্ট করা ডোমেনের সংখ্যা এর সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ
প্রতি-ডোমেন তালিকায় প্রদর্শিত সংখ্যা।

--domT
প্রতি-ডোমেন র‌্যাঙ্ক করা হিট তালিকার জন্য বিট স্কোর কাটঅফ সেট করুন , কোথায় ইহা একটি
সত্য নম্বর. ডিফল্ট নেতিবাচক অসীম; ডিফল্টরূপে, সমস্ত ডোমেন
প্রথম থ্রেশহোল্ড পাস করা ক্রম দ্বিতীয় তালিকায় রিপোর্ট করা হবে, তাই
প্রতি-ক্রম তালিকায় রিপোর্ট করা ডোমেনের সংখ্যা এর সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ
প্রতি-ডোমেন তালিকায় প্রদর্শিত সংখ্যা। গুরুত্বপূর্ণ বিঃদ্রঃ: একটিতে শুধুমাত্র একটি ডোমেইন
ক্রম এই পরামিতি দ্বারা বা দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয় --domT দ্বিতীয় এবং
একটি ক্রমানুসারে পরবর্তী ডোমেনগুলির একটি ডি ফ্যাক্টো বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড 0 থাকে কারণ
HMMER কিভাবে কাজ করে তার বিশদ বিবরণ। HMMER-এর মাধ্যমে কমপক্ষে একটি পাস প্রয়োজন৷
ক্রম প্রতি প্রধান মডেল; একাধিক পাস (একের বেশি ডোমেইন) করতে
মাল্টিডোমেন অ্যালাইনমেন্টের সিঙ্গেল ডোমেন অ্যালাইনমেন্টের চেয়ে ভালো স্কোর থাকতে হবে,
এবং তাই অতিরিক্ত ডোমেন অবশ্যই ইতিবাচক স্কোর অবদান রাখে। ব্যবহারকারীদের নির্দেশিকা দেখুন
আরও বিশদ জন্য।

--আগামী
প্রতি- নির্ধারণ করতে ভিটারবি অ্যালগরিদমের পরিবর্তে ফরোয়ার্ড অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন-
ক্রম স্কোর। প্রতি-ডোমেন স্কোর এখনও Viterbi অ্যালগরিদম দ্বারা নির্ধারিত হয়।
কেউ কেউ যুক্তি দিয়েছেন যে ফরোয়ার্ড রিমোট সনাক্তকরণের জন্য আরও সংবেদনশীল অ্যালগরিদম
ক্রম homologues; HMMER-এর সাথে আমার পরীক্ষাগুলি অবশ্য এটি নিশ্চিত করেনি।

-- তথ্য
ইনপুট যে জাহির seqfile বিন্যাসে আছে ; Babelfish ফরম্যাট চালাবেন না
অটোডিকশন এটি প্রোগ্রামের নির্ভরযোগ্যতা কিছুটা বাড়ায়, কারণ
Babelfish ভুল করতে পারে; বিশেষভাবে অনুপস্থিত, উচ্চ-এর জন্য প্রস্তাবিত
HMMER এর থ্রুপুট রান। বৈধ ফর্ম্যাট স্ট্রিংগুলির মধ্যে রয়েছে FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
পির, স্টকহোম, সেলেক্স, এমএসএফ, ক্লাস্টাল এবং ফিলিপ। একটি জন্য ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা দেখুন
সম্পূর্ণ তালিকা।

--null2
পোস্ট hoc দ্বিতীয় নাল মডেল বন্ধ করুন. ডিফল্টরূপে, প্রতিটি প্রান্তিককরণ দ্বারা পুনরুদ্ধার করা হয়
একটি পোস্টপ্রসেসিং পদক্ষেপ যা উভয় ক্ষেত্রে সম্ভাব্য পক্ষপাতমূলক রচনাকে বিবেচনা করে
এইচএমএম বা লক্ষ্য ক্রম। ডাটাবেস অনুসন্ধানে এটি প্রায় অপরিহার্য,
বিশেষ করে স্থানীয় প্রান্তিককরণ মডেলের সাথে। এই যে একটি খুব কম সম্ভাবনা আছে
পোস্টপ্রসেসিং বাস্তব মিলগুলিকে সরিয়ে দিতে পারে এবং এই ক্ষেত্রে --null2 উন্নতি হতে পারে
সংবেদনশীলতা পক্ষপাতমূলক রচনা লেট দ্বারা নির্দিষ্টতা হ্রাস খরচে
মাধ্যমে হিট

--পিভিএম একটি সমান্তরাল ভার্চুয়াল মেশিনে (PVM) চালান। PVM ইতিমধ্যেই চলমান হতে হবে। দ্য
ক্লায়েন্ট প্রোগ্রাম hmm2search-pvm সমস্ত PVM নোডে ইনস্টল করা আবশ্যক। ঐচ্ছিক PVM
সমর্থন অবশ্যই HMMER-এ কম্পাইল করা হয়েছে।

--xnu টার্গেট প্রোটিন সিকোয়েন্সের XNU ফিল্টারিং চালু করুন। নিউক্লিক অ্যাসিডের উপর কোন প্রভাব নেই
ক্রম ট্রায়াল পরীক্ষায়, --xnu এর থেকে কম ভালো পারফর্ম করে বলে মনে হচ্ছে
ডিফল্ট পোস্ট hoc null2 মডেল।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে hmm2search অনলাইন ব্যবহার করুন