āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ hmmalign āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
hmmalign - āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ HMM-āĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
hmmalign [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§
āĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋāĻāĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ HMM āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ . āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ¯āĻŧ stdout in
āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĨ¤
āĻ¸āĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ° āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ°āĻ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻĨāĻžāĻā§ āĻ¤āĻŦā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽāĻāĻŋ
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤
āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻ or (āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻ¯āĻŧ) '-' (āĻĄā§āĻ¯āĻžāĻļ) āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§, āĻ¯āĻžāĻ° āĻ āĻ°ā§āĻĨ āĻāĻāĻŋ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž
āĻĨā§āĻā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ stdin āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§āĨ¤
āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻāĻ¨āĻŋāĻšāĻŋāĻ¤ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŽā§āĻĄā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĨ¤ āĻ¤āĻžāĻ āĻ¤āĻžāĻ°āĻž
āĻāĻ¤āĻŋāĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻĄā§āĻŽā§āĻ¨ (āĻŦāĻž āĻāĻāĻāĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻāĻļ) āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻĻā§āĻ¯
āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŋāĻā§ āĻ āĻŦāĻļāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻāĻļāĻā§ āĻ¨āĻ¨āĻšā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¸ (N āĻāĻŦāĻ C āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻž) āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦāĻ°āĻžāĻĻā§āĻĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§, āĻ¯āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§
āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻāĻ āĻ āĻŦāĻļāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻāĻļāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻ¨āĻ āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻĨāĻžāĻā§, āĻ¤āĻŦā§ āĻŦāĻžāĻāĻ°ā§āĻ° āĻĻāĻŋāĻā§ āĻ ā§āĻ˛ā§ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻāĻ āĻ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻ¨āĻ¨āĻšā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¸ āĻ āĻŦāĻļāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻāĻļāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻžāĻāĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§, āĻĻā§āĻā§āĻ¨ -- āĻāĻžāĻāĻāĻž
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
-h āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯; āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻā§āĻˇāĻŋāĻĒā§āĻ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻ°āĻ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻŦāĻ°āĻ āĻĨā§āĻā§ stdout
--āĻŽāĻžāĻĒāĻžāĻ˛āĻŋ
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻŦāĻŋāĻĻā§āĻ¯āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŽāĻžāĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛, āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšā§āĻŦāĻšā§
āĻāĻāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¯āĻž āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻāĻŋ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻāĻŋāĻ˛ . āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻ¨āĻ¸āĻžāĻ¸ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§āĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¯āĻž āĻ¤ā§ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤ āĻĨāĻžāĻā§
. āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ (āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤), āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻŋāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻāĻ˛āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§, āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļāĻā§āĻ˛āĻŋ
āĻāĻ¨āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ āĻāĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻĄ āĻĄā§āĻāĻžāĨ¤
-- āĻāĻžāĻāĻāĻž āĻ¨āĻ¨āĻšā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¸ āĻ āĻŦāĻļāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻāĻļāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ N āĻāĻŦāĻ C āĻ°āĻžāĻā§āĻ¯āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤)
āĻĢāĻ˛ā§ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĨā§āĻā§āĨ¤
--āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§
āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŦ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻŽāĻžāĻ˛āĻž āĻāĻžāĻāĻĒ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ āĻŦāĻļāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻāĻļ āĻ°āĻāĻ¨āĻžāĻ° āĻĻāĻŋāĻā§ āĻ¤āĻžāĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ā§ˇ
--āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŦ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ DNA āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
--āĻāĻ°āĻāĻ¨āĻ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŦ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ RNA āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
-- āĻ¤āĻĨā§āĻ¯
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ¯ā§ āĻā§āĻˇāĻŖāĻž āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻāĻā§ . āĻ¸ā§āĻŦā§āĻā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, āĻāĻŦāĻ SELEX āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
--āĻāĻāĻāĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻāĻā§ . āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻ
āĻā§āĻšā§āĻ¤ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸ā§āĻāĻāĻšā§āĻŽ āĻāĻŦāĻ SELEX āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤.
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ hmmalign āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨