এটি হল hmmalign কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hmmalign - একটি প্রোফাইল HMM-এ ক্রম সারিবদ্ধ করুন
সাইনোপিসিস
hmmalign [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
সমস্ত ক্রমগুলির একটি একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ সম্পাদন করুন৷ তাদের সারিবদ্ধ করে
ব্যক্তিগতভাবে HMM প্রোফাইলে . নতুন প্রান্তিককরণ আউটপুট হয় stdout in
স্টকহোম বিন্যাস।
সার্জারির শুধুমাত্র একটি একক প্রোফাইল থাকা উচিত। যদি এটি আরও বেশি থাকে তবে শুধুমাত্র প্রথমটি
ফাইলে প্রোফাইল ব্যবহার করা হবে।
উভয় ক্ষেত্রেই or (কিন্তু উভয় নয়) '-' (ড্যাশ) হতে পারে, যার অর্থ এটি পড়া
থেকে ইনপুট stdin একটি ফাইলের পরিবর্তে।
মধ্যে ক্রম ইউনিহিত স্থানীয় প্রান্তিককরণ মোডে সারিবদ্ধ। তাই তারা
ইতিমধ্যে শুধুমাত্র একটি একক ডোমেন (বা একটির একটি অংশ) ধারণ করা উচিত। দ্য
সর্বোত্তম প্রান্তিককরণ কিছু অবশিষ্টাংশকে ননহোমোলোগাস (N এবং C অবস্থা) হিসাবে বরাদ্দ করতে পারে, যার মধ্যে
ক্ষেত্রে এই অবশিষ্টাংশগুলি এখনও ফলাফলের প্রান্তিককরণে অন্তর্ভুক্ত থাকে, তবে বাইরের দিকে ঠেলে দেওয়া হয়
প্রান্ত ফলাফল থেকে এই অসংযুক্ত ননহোমোলোগাস অবশিষ্টাংশগুলি ছাঁটাই করতে, দেখুন -- ছাঁটা
বিকল্প।
বিকল্প
-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।
-o ফাইলে আউটপুট প্রান্তিককরণ নির্দেশ করুন , বরং থেকে stdout
--মাপালি
ফাইলে বিদ্যমান প্রান্তিককরণ মার্জ করুন ফলাফল, যেখানে হুবহু
একই প্রান্তিককরণ যা মডেলটি তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছিল . এটি একটি ব্যবহার করে করা হয়
কনসেনসাস প্রোফাইল পজিশনে অ্যালাইনমেন্ট কলামের ম্যাপ যা তে সংরক্ষিত থাকে
. মধ্যে একাধিক প্রান্তিককরণ ঠিক তার মধ্যে পুনরুত্পাদন করা হবে
ঐক্যমত কলাম (প্রোফাইল দ্বারা সংজ্ঞায়িত), কিন্তু প্রদর্শিত প্রান্তিককরণ
সন্নিবেশ কলামগুলি পরিবর্তন করা যেতে পারে, কারণ একটি প্রোফাইলের সাথে সম্পর্কিত সন্নিবেশগুলি
কনভেনশন দ্বারা বিবেচিত হয় আনলাইনড ডেটা।
-- ছাঁটা ননহোমোলোগাস অবশিষ্টাংশগুলি ট্রিম করুন (সর্বোত্তম প্রান্তিককরণে N এবং C রাজ্যগুলিতে নির্ধারিত)
ফলে একাধিক প্রান্তিককরণ আউটপুট থেকে।
--অ্যামিনো
উল্লেখ করুন যে সব ক্রম মধ্যে প্রোটিন হয়। ডিফল্টরূপে, বর্ণমালা টাইপ হয়
অবশিষ্টাংশ রচনার দিকে তাকিয়ে থেকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়েছে৷
--ডিএনএ উল্লেখ করুন যে সব ক্রম মধ্যে DNA হয়।
--আরএনএ উল্লেখ করুন যে সব ক্রম মধ্যে RNA হয়।
-- তথ্য
ইনপুট যে ঘোষণা বিন্যাসে আছে . স্বীকৃত ক্রম ফাইল বিন্যাস
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, এবং SELEX অন্তর্ভুক্ত। ডিফল্ট হয়
ফাইলের বিন্যাস স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করুন।
--আউটফরম্যাট
নির্দিষ্ট করুন যে আউটপুট একাধিক প্রান্তিককরণ বিন্যাসে আছে . বর্তমানে এই
গৃহীত একাধিক প্রান্তিককরণ ক্রম ফাইল বিন্যাস শুধুমাত্র স্টকহোম এবং SELEX অন্তর্ভুক্ত.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hmmalign ব্যবহার করুন
