hmmsearch - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

hmmsearch - একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে প্রোফাইল(গুলি) অনুসন্ধান করুন

সাইনোপিসিস

হুম অনুসন্ধান [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

হুম অনুসন্ধান একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে এক বা একাধিক প্রোফাইল অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়। প্রতিটির জন্য, প্রত্যেকটির জন্য
প্রোফাইলে , সিকোয়েন্সের টার্গেট ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে সেই ক্যোয়ারী প্রোফাইলটি ব্যবহার করুন
, এবং আউটপুট এর সাথে সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য মিল সহ অনুক্রমের র‌্যাঙ্ক করা তালিকা
প্রোফাইল একাধিক প্রান্তিককরণ থেকে প্রোফাইল তৈরি করতে, দেখুন hmmbuild.

হয় প্রশ্ন বা লক্ষ্য হতে পারে '-' (একটি ড্যাশ অক্ষর), যার মধ্যে
ক্যোয়ারী প্রোফাইল বা টার্গেট ডাটাবেস ইনপুট একটি থেকে পড়া হবে পরিবর্তে পাইপ
একটি ফাইল থেকে। শুধুমাত্র একটি ইনপুট উত্স মাধ্যমে আসতে পারে , উভয় নয়। ব্যতিক্রম হল
যে যদি একাধিক প্রোফাইল ক্যোয়ারী আছে, তারপর থেকে আসতে পারে না
, কারণ আমরা স্ট্রিমিং টার্গেট ডাটাবেসটিকে অন্যের সাথে অনুসন্ধান করতে রিওয়াইন্ড করতে পারি না
প্রোফাইল।

আউটপুট বিন্যাসটি মানুষের-পাঠযোগ্য হওয়ার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, তবে প্রায়শই এটি এত বড় হয় যে
এটি পড়া অবাস্তব, এবং এটি পার্স করা একটি বেদনাদায়ক। দ্য --tblout এবং --ডমটব্লাউট অপশন
সহজ সারণী বিন্যাসে আউটপুট সংরক্ষণ করুন যা সংক্ষিপ্ত এবং পার্স করা সহজ। দ্য -o পছন্দ
মূল আউটপুটকে পুনঃনির্দেশিত করার অনুমতি দেয়, এটিকে /dev/null এ ফেলে দেওয়া সহ।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

বিকল্প জন্য কন্ট্রোলিং আউটপুট

-o একটি ফাইলে প্রধান মানব-পাঠযোগ্য আউটপুটকে নির্দেশ করুন ডিফল্ট stdout এর পরিবর্তে।

-A সমস্ত উল্লেখযোগ্য হিটগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ সংরক্ষণ করুন (যা সন্তোষজনক অন্তর্ভুক্তি
প্রান্তিক মান) ফাইলে .

--tblout
প্রতি-টার্গেট আউটপুট সংক্ষিপ্ত করে একটি সাধারণ ট্যাবুলার (স্পেস-ডিলিমিটেড) ফাইল সংরক্ষণ করুন,
সমজাতীয় লক্ষ্য ক্রম প্রতি একটি ডেটা লাইনের সাথে পাওয়া গেছে।

--ডমটব্লাউট
প্রতি-ডোমেন আউটপুট সংক্ষিপ্ত করে একটি সাধারণ ট্যাবুলার (স্পেস-ডিলিমিটেড) ফাইল সংরক্ষণ করুন,
সমজাতীয় ডোমেন প্রতি একটি ডেটা লাইনের সাথে প্রতিটির জন্য একটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সে সনাক্ত করা হয়েছে
সমজাতীয় মডেল।

--এসিসি প্রধান আউটপুটে নামের পরিবর্তে অ্যাক্সেসগুলি ব্যবহার করুন, যেখানে প্রোফাইলগুলির জন্য উপলব্ধ
এবং/অথবা ক্রম।

--নোয়ালি
প্রধান আউটপুট থেকে প্রান্তিককরণ বিভাগটি বাদ দিন। এটি ব্যাপকভাবে আউটপুট কমাতে পারে
ভলিউম।

--notextw
মূল আউটপুটে প্রতিটি লাইনের দৈর্ঘ্য সীমাহীন করুন। ডিফল্ট 120 এর সীমা
প্রতি লাইনে অক্ষর, যা টার্মিনালগুলিতে পরিষ্কারভাবে আউটপুট প্রদর্শন করতে সাহায্য করে এবং
এডিটরগুলিতে, কিন্তু টার্গেট প্রোফাইল বর্ণনা লাইন ছেঁটে ফেলতে পারে।

--textw
প্রধান আউটপুট এর লাইন দৈর্ঘ্য সীমা সেট করুন প্রতি লাইনে অক্ষর। ডিফল্ট হয়
120.

বিকল্প কন্ট্রোলিং প্রতিবেদনের তিনটি

রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করে কোন হিটগুলি আউটপুট ফাইলগুলিতে রিপোর্ট করা হয় (প্রধান আউটপুট,
--tblout, এবং --ডমটব্লাউট) সিকোয়েন্স হিট এবং ডোমেইন হিট পরিসংখ্যান অনুসারে র‌্যাঙ্ক করা হয়
তাত্পর্য (ই-মান) এবং আউটপুট প্রতি-টার্গেট এবং প্রতি- নামে দুটি বিভাগে তৈরি হয়
ডোমেইন আউটপুট। প্রতি-টার্গেট আউটপুটে, ডিফল্টরূপে, একটি ই-মান <= 10 সহ সমস্ত সিকোয়েন্স হিট করে
রিপোর্ট করা হয় প্রতি-ডোমেন আউটপুটে, প্রতিটি লক্ষ্যের জন্য যা প্রতি-টার্গেট অতিক্রম করেছে
রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড, প্রতি-ডোমেন রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডগুলিকে সন্তুষ্ট করে এমন সমস্ত ডোমেন রিপোর্ট করা হয়।
ডিফল্টরূপে, এগুলি হল <= 10 এর শর্তসাপেক্ষ ই-মান সহ ডোমেন। নিম্নলিখিত বিকল্পগুলি
আপনাকে ডিফল্ট ই-মান রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড পরিবর্তন করতে বা বিট স্কোর ব্যবহার করার অনুমতি দেয়
পরিবর্তে থ্রেশহোল্ড

-E প্রতি-টার্গেট আউটপুটে, <= এর একটি ই-মান সহ লক্ষ্য ক্রম রিপোর্ট করুন . দ্য
ডিফল্ট হল 10.0, যার মানে গড়ে প্রায় 10টি মিথ্যা ইতিবাচক রিপোর্ট করা হবে
প্রতি ক্যোয়ারী, যাতে আপনি গোলমালের শীর্ষ দেখতে পারেন এবং নিজের জন্য সিদ্ধান্ত নিতে পারেন যে এটি কিনা
সত্যিই গোলমাল

-T ই-মানে প্রতি-প্রোফাইল আউটপুট থ্রেশহোল্ডিংয়ের পরিবর্তে, লক্ষ্য রিপোর্ট করুন
>= এর বিট স্কোর সহ সিকোয়েন্স .

--গম্বুজ
প্রতি-ডোমেন আউটপুটে, লক্ষ্য ক্রমগুলির জন্য যা ইতিমধ্যে প্রতি-কে সন্তুষ্ট করেছে-
প্রোফাইল রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড, একটি শর্তাধীন ই-মান সহ পৃথক ডোমেন রিপোর্ট করুন
এর <= . ডিফল্ট হল 10.0। একটি শর্তসাপেক্ষ ই-মান মানে প্রত্যাশিত সংখ্যা
অতিরিক্ত মিথ্যা ইতিবাচক ডোমেনগুলির ছোট অনুসন্ধান স্থানে
তুলনা যা ইতিমধ্যেই প্রতি-টার্গেট রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডকে সন্তুষ্ট করেছে (এবং এইভাবে
ইতিমধ্যে অন্তত একটি সমজাতীয় ডোমেন থাকতে হবে)।

--domT
ই-মানে প্রতি-ডোমেন আউটপুট থ্রেশহোল্ডিংয়ের পরিবর্তে, একটি সহ ডোমেন রিপোর্ট করুন
>= এর বিট স্কোর .

বিকল্প জন্য অন্তর্ভুক্ত তিনটি

অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডের চেয়ে কঠোর। অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ
কোন হিটগুলিকে আউটপুট সারিবদ্ধকরণে অন্তর্ভুক্ত করার জন্য যথেষ্ট নির্ভরযোগ্য বলে মনে করা হয় বা a
পরবর্তী অনুসন্ধান রাউন্ড, বা সন্দেহজনক ("?") এর বিপরীতে উল্লেখযোগ্য ("!") হিসাবে চিহ্নিত
ডোমেইন আউটপুটে।

--incE
<= এর একটি ই-মান ব্যবহার করুন প্রতি-টার্গেট অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড হিসাবে। ডিফল্ট হয়
0.01, যার মানে গড়ে, প্রায় 1টি মিথ্যা ইতিবাচক আশা করা হবে প্রতিটিতে
বিভিন্ন ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স সহ 100টি অনুসন্ধান।

--incT
অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড সেট করার জন্য ই-মান ব্যবহার করার পরিবর্তে, একটু ব্যবহার করুন
>= এর স্কোর প্রতি-টার্গেট অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড হিসাবে। ডিফল্টরূপে এই বিকল্পটি
আনসেট

--incdomE
<= এর একটি শর্তসাপেক্ষ ই-মান ব্যবহার করুন প্রতি-ডোমেন অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড হিসাবে, মধ্যে
লক্ষ্যমাত্রা যা ইতিমধ্যেই সামগ্রিক প্রতি-টার্গেট অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ডকে সন্তুষ্ট করেছে।
ডিফল্ট 0.01।

--incdomT
ই-মান ব্যবহার করার পরিবর্তে, >= এর বিট স্কোর ব্যবহার করুন প্রতি-ডোমেন অন্তর্ভুক্তি হিসাবে
থ্রেশহোল্ড।

বিকল্প জন্য মডেল-নির্দিষ্ট স্কোর থ্রেসহোল্ডিং

কিউরেটেড প্রোফাইল ডাটাবেস প্রতিটি প্রোফাইলের জন্য নির্দিষ্ট বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড সংজ্ঞায়িত করতে পারে,
শুধুমাত্র পরিসংখ্যানগত তাত্পর্যের উপর ভিত্তি করে যেকোন থ্রেশহোল্ডিংকে ছাড়িয়ে যাচ্ছে।

এই বিকল্পগুলি ব্যবহার করার জন্য, প্রোফাইলে অবশ্যই উপযুক্ত (GA, TC, এবং/অথবা NC) থাকতে হবে
ঐচ্ছিক স্কোর থ্রেশহোল্ড টীকা; এই দ্বারা কুড়ান হয় hmmbuild স্টকহোম ফরম্যাট থেকে
প্রান্তিককরণ ফাইল। প্রতিটি থ্রেশহোল্ডিং বিকল্পের দুটি স্কোর রয়েছে: প্রতি-ক্রম থ্রেশহোল্ড
এবং প্রতি-ডোমেন থ্রেশহোল্ড এগুলি যেন কাজ করে -T --incT --domT
--incdomT প্রতিটি মডেলের কিউরেটেড থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করে বিশেষভাবে প্রয়োগ করা হয়েছে।

--কাট_গা
পার-সিকোয়েন্স (GA1) এবং প্রতি- সেট করতে মডেলে GA (জড়ো করা) বিট স্কোর ব্যবহার করুন
ডোমেইন (GA2) রিপোর্টিং এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। GA থ্রেশহোল্ড সাধারণত হয়
পারিবারিক সদস্যতা সংজ্ঞায়িত নির্ভরযোগ্য কিউরেটেড থ্রেশহোল্ড হিসাবে বিবেচিত; জন্য
উদাহরণস্বরূপ, Pfam-এ, এই থ্রেশহোল্ডগুলি Pfam Full-এ কী অন্তর্ভুক্ত করা হয় তা সংজ্ঞায়িত করে
Pfam বীজ মডেলের সাথে অনুসন্ধানের উপর ভিত্তি করে প্রান্তিককরণ।

--cut_nc
প্রতি-ক্রম সেট করতে মডেলে NC (শব্দ কাটঅফ) বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
(NC1) এবং প্রতি-ডোমেন (NC2) রিপোর্টিং এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। NC থ্রেশহোল্ড হয়
সাধারণত সর্বাধিক স্কোরিং পরিচিত মিথ্যা ইতিবাচক স্কোর হিসাবে বিবেচিত হয়।

--cut_tc
প্রতি-ক্রম সেট করতে মডেলে TC (বিশ্বস্ত কাটঅফ) বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
(TC1) এবং প্রতি-ডোমেন (TC2) রিপোর্টিং এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। TC থ্রেশহোল্ড হয়
সাধারণত সর্বনিম্ন স্কোরিং স্কোর হিসাবে বিবেচিত সত্য ইতিবাচক যে
সব পরিচিত মিথ্যা ইতিবাচক উপরে.

বিকল্প কন্ট্রোলিং দ্য ত্বরণ পাইপলাইন

HMMER3 অনুসন্ধানগুলি একটি তিন-পদক্ষেপ ফিল্টার পাইপলাইনে ত্বরান্বিত হয়: MSV ফিল্টার,
ভিটারবি ফিল্টার এবং ফরোয়ার্ড ফিল্টার। প্রথম ফিল্টারটি দ্রুততম এবং সর্বাধিক
আনুমানিক; শেষটি সম্পূর্ণ ফরোয়ার্ড স্কোরিং অ্যালগরিদম। একটি পক্ষপাত ফিল্টার আছে
MSV এবং Viterbi এর মধ্যে ধাপ। লক্ষ্যগুলি যা ত্বরণ পাইপলাইনের সমস্ত ধাপ অতিক্রম করে৷
তারপর পোস্টপ্রসেসিং - ডোমেন শনাক্তকরণ এবং ব্যবহার করে স্কোরিং করা হয়
ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম।

ফিল্টার থ্রেশহোল্ড পরিবর্তন করা শুধুমাত্র বিবেচনা থেকে লক্ষ্যগুলি সরিয়ে দেয় বা অন্তর্ভুক্ত করে; পরিবর্তন
ফিল্টার থ্রেশহোল্ডগুলি বিট স্কোর, ই-মান, বা প্রান্তিককরণগুলিকে পরিবর্তন করে না, যার সবগুলিই
শুধুমাত্র পোস্টপ্রসেসিং এ নির্ধারিত।

-- সর্বোচ্চ বায়াস ফিল্টার সহ সমস্ত ফিল্টার বন্ধ করুন এবং সম্পূর্ণ ফরওয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড চালান
প্রতিটি লক্ষ্যে পোস্টপ্রসেসিং। এটি কিছুটা সংবেদনশীলতা বাড়ায়
গতিতে খরচ।

--F1
MSV ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 0.02, মানে
যে মোটামুটি 2% সর্বোচ্চ স্কোরিং nonhomologous লক্ষ্য পাস হতে প্রত্যাশিত
ফিল্টার।

--F2
ভিটারবি ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 0.001।

--F3
ফরোয়ার্ড ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 1e-5।

--নোবিয়াস
বায়াস ফিল্টার বন্ধ করুন। এটি কিছুটা সংবেদনশীলতা বাড়ায়, তবে এ আসতে পারে
গতিতে উচ্চ খরচ, বিশেষ করে যদি ক্যোয়ারীতে পক্ষপাতমূলক অবশিষ্টাংশের গঠন থাকে (যেমন
একটি পুনরাবৃত্ত ক্রম অঞ্চল, অথবা যদি এটি একটি ঝিল্লি প্রোটিন হয় যার বড় অঞ্চল রয়েছে
হাইড্রোফোবিসিটি)। বায়াস ফিল্টার ছাড়া, অনেকগুলো সিকোয়েন্স ফিল্টারটি পাস করতে পারে
পক্ষপাতদুষ্ট প্রশ্নগুলির সাথে, যা প্রত্যাশিত কর্মক্ষমতার চেয়ে ধীর হয়ে যায়
গণনামূলকভাবে নিবিড় ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম একটি অস্বাভাবিকভাবে ভারী
ভার.

অন্যান্য বিকল্প

--nonull2
পক্ষপাতদুষ্ট রচনার জন্য null2 স্কোর সংশোধন বন্ধ করুন।

-Z আপনার অনুসন্ধানে লক্ষ্যের মোট সংখ্যা নিশ্চিত করুন , উদ্দেশ্যে
লক্ষ্যের প্রকৃত সংখ্যার পরিবর্তে প্রতি-ক্রম ই-মান গণনার
দেখা

--domZ
আপনার অনুসন্ধানে লক্ষ্যের মোট সংখ্যা নিশ্চিত করুন , উদ্দেশ্যে
প্রতি-ডোমেন শর্তসাপেক্ষ ই-মান গণনার, লক্ষ্য সংখ্যার পরিবর্তে
যে রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড পাস.

--বীজ
এলোমেলো সংখ্যা বীজ সেট করুন . পোস্টপ্রসেসিংয়ের কিছু পদক্ষেপের জন্য মন্টের প্রয়োজন
কার্লো সিমুলেশন। ডিফল্ট একটি স্থির বীজ ব্যবহার করা হয় (42), যাতে ফলাফল হয়
ঠিক পুনরুৎপাদনযোগ্য। অন্য যেকোনো ধনাত্মক পূর্ণসংখ্যা ভিন্ন দেবে (কিন্তু এছাড়াও
প্রজননযোগ্য) ফলাফল। 0 এর একটি পছন্দ একটি এলোমেলোভাবে নির্বাচিত বীজ ব্যবহার করে।

--tformat
নিশ্চিত করুন যে টার্গেট সিকোয়েন্স ডাটাবেস ফাইল ফরম্যাটে আছে . গৃহীত বিন্যাস
অন্তর্ভুক্ত করা ফাস্ট, embl, genbank, ddbj, ইউনিপ্রট, স্টকহোম-এর, pfam, a2m, এবং AFA. দ্য
ডিফল্ট হল ফাইলের বিন্যাস স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা।

--সিপিইউ
সমান্তরাল কর্মী থ্রেডের সংখ্যা সেট করুন . ডিফল্টরূপে, HMMER এটি সেট করে
এটি আপনার মেশিনে সনাক্ত করা CPU কোরের সংখ্যা - অর্থাৎ, এটি সর্বাধিক করার চেষ্টা করে
আপনার উপলব্ধ প্রসেসর কোর ব্যবহার. বিন্যাস সংখ্যার চেয়ে বেশি
উপলব্ধ কোর সামান্য, যদি কোন মান, কিন্তু আপনি এটি কিছু সেট করতে চাইতে পারেন
কম আপনি একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল সেট করে এই সংখ্যা নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন,
HMMER_NCPU.

এই বিকল্পটি শুধুমাত্র তখনই পাওয়া যায় যদি HMMER POSIX থ্রেড সমর্থন সহ কম্পাইল করা হয়।
এটি ডিফল্ট, কিন্তু এটি আপনার সাইটের কম্পাইল-টাইমে বন্ধ হয়ে থাকতে পারে
বা কোনো কারণে মেশিন।

--স্টল
MPI মাস্টার/কর্মী সংস্করণ ডিবাগ করার জন্য: শুরু করার পরে বিরতি, সক্রিয় করতে
চলমান মাস্টার এবং কর্মী(গুলি) প্রক্রিয়াগুলিতে ডিবাগার সংযুক্ত করতে বিকাশকারী৷ পাঠান
বিরতি ছেড়ে দিতে SIGCONT সংকেত। (জিডিবির অধীনে: (GDB) সংকেত SignCont) (কেবল
কম্পাইল-টাইমে ঐচ্ছিক MPI সমর্থন সক্ষম হলে উপলব্ধ।)

--এমপিআই ব্যবহার করে MPI মাস্টার/কর্মী মোডে চালান mpirun. (ঐচ্ছিক MPI হলেই উপলব্ধ
কম্পাইল-টাইমে সমর্থন সক্ষম করা হয়েছিল।)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hmmsearch ব্যবহার করুন