king-probe - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

king-probe - প্রোটিন ইন্টারঅ্যাটমিক প্যাকিং মূল্যায়ন এবং কল্পনা করুন

বর্ণনাঃ

সিনট্যাক্স: probe input.pdb >> out.kin

অথবা: প্রোব [পতাকা] "src প্যাটার্ন" ["টার্গেট প্যাটার্ন"] pdbfiles... >> out.kin

পতাকা:
-স্ব সেলফ ইন্টারসেকশন: src -> src (ডিফল্ট)

-বথ উভয় উপায়ে ছেদ করুন: src <=> টার্গ

-একদা একক ছেদ: src -> টার্গ

-আউট src এর বাহ্যিক ভ্যান ডের ওয়ালস পৃষ্ঠ (দ্রাবক যোগাযোগ পৃষ্ঠ)

-অটোবোনড্রট ফাইলের নাম
একটি autobondrot ফাইল পড়ুন এবং প্রক্রিয়া করুন

শর্টকাট:

< > অনুরূপ: -4 এইচ -এমসি -হেট -স্ব "altA ogt33"

-পূর্ব নির্ধারিত
একই রকম: < >, কিন্তু কিছু অন্যান্য পতাকা অনুমতি দেয়

-এসসিসারফেস একই রকম: - ড্রপ -rad1.4 -out "জল নয়"

-প্রকাশিত
একই রকম: - ড্রপ -rad1.4 -out (দ্রষ্টব্য: ব্যবহারকারীর সরবরাহ প্যাটার্ন)

-একটি পৃষ্ঠ
একই রকম: - ড্রপ -rad0.0 -add1.4 -out "জল নয়"

-এক্সেস
একই রকম: - ড্রপ -rad0.0 -add1.4 -out (দ্রষ্টব্য: ব্যবহারকারীর সরবরাহ প্যাটার্ন)

-SCAN0 একই রকম: -4 এইচ -এমসি -স্ব "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 একই রকম: -4 এইচ -একদা "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(জল ogt33 নয়)"

-ডাম্পাটোমিনফো
নির্বাচনে পরমাণু গণনা করুন: src

(মনে রাখবেন যে উভয় এবং একবার দুটি প্যাটার্নের প্রয়োজন হয় যখন

আউট, সেলফ এবং ডাম্পাটোমিনফো শুধুমাত্র একটি প্যাটার্ন প্রয়োজন)

- অন্তর্নিহিত
অন্তর্নিহিত হাইড্রোজেন

-স্পষ্ট
স্পষ্ট হাইড্রোজেন (ডিফল্ট)

-ঘনত্ব#
বিন্দুর ঘনত্ব সেট করুন (ডিফল্ট 16 ডট/বর্গ এ)

- ব্যাসার্ধ#।#
প্রোব ব্যাসার্ধ সেট করুন (ডিফল্ট 0.25 A)

-ADDvdw#।#
ভ্যান ডের ওয়ালস রেডিআইতে অফসেট যোগ করা হয়েছে (ডিফল্ট 0.0)

-SCALEvdwভ্যান ডের ওয়ালস রেডিআই এর জন্য #.# স্কেল ফ্যাক্টর (ডিফল্ট 1.0)

-COSCale#।#
স্কেল C=O কার্বন ভ্যান ডের ওয়ালস রেডিআই (ডিফল্ট 0.94)

-স্পাইক বিন্দুর পরিবর্তে স্পাইক আঁকুন (ডিফল্ট)

-স্পাইক#।#
স্পাইক স্কেল সেট করুন (ডিফল্ট = 0.5)

-NOSpike
শুধুমাত্র বিন্দু আঁকা

-এইচবি নিয়মিত#.# নিয়মিত Hbonds-এর জন্য সর্বোচ্চ ওভারল্যাপ (ডিফল্ট=0.6)

-এইচবিচার্জড#.# চার্জ করা Hbonds-এর জন্য সর্বোচ্চ ওভারল্যাপ (ডিফল্ট=0.8)

-কীপ অনির্বাচিত পরমাণু রাখুন (ডিফল্ট)

-ড্রপ অনির্বাচিত পরমাণু ফেলে দিন

-সীমা চুম্বন করার সময় বাম্প ডটগুলি সর্বাধিক দূরত্বে সীমাবদ্ধ করুন (ডিফল্ট)

-সীমাহীন
বাম্প বিন্দু সীমাবদ্ধ না

- লেন্স কিন ফাইলে লেন্স কীওয়ার্ড যোগ করুন

-নোলেন
কিন ফাইলে লেন্স কীওয়ার্ড যোগ করবেন না (ডিফল্ট)

-এমসি mainchain->mainchain মিথস্ক্রিয়া অন্তর্ভুক্ত করুন

-এইচইটি নন-ওয়াটার এইচইটি গ্রুপে বিন্দু অন্তর্ভুক্ত করুন (ডিফল্ট)

-নোহেটিস
নন-ওয়াটার HET গ্রুপে বিন্দুগুলি বাদ দিন

-জল
জলে বিন্দু অন্তর্ভুক্ত করুন (ডিফল্ট)

-নোয়াটারস
জল বিন্দু বাদ

-WAT2wat
জলের মধ্যে বিন্দু দেখান

- DUMPH2O
জল H অন্তর্ভুক্ত? আউটপুটে ভেক্টরলিস্ট

-4 এইচ H (ডিফল্ট) এর জন্য বন্ড চেইন ডট রিমুভাল 4 এ প্রসারিত করুন

-3 বন্ড চেইন ডট রিমুভাল 3 এ সীমাবদ্ধ করুন

-2 বন্ড চেইন ডট রিমুভাল 2 এ সীমাবদ্ধ করুন

-1 বন্ড চেইন ডট রিমুভাল 1 এ সীমাবদ্ধ করুন

- উপেক্ষা করুন "প্যাটার্ন" স্পষ্ট ড্রপ: প্যাটার্ন দ্বারা নির্বাচিত পরমাণু উপেক্ষা করুন

-ডোচো
চিনে নিন CH..O Hbonds

-চ্যাও#।#
CH..O Hbond স্কোরের জন্য স্কেল ফ্যাক্টর (ডিফল্ট=0.5)

-পোলারএইচ
পোলার হাইড্রোজেনের ছোট রেডিআই ব্যবহার করুন (ডিফল্ট)

-NOPolarH
পোলার হাইড্রোজেনের ব্যাসার্ধকে ছোট করবেন না

-নফসেহবন্ড সুগন্ধি মুখ থেকে HBonds সনাক্ত করবেন না

-Name "নাম" গ্রুপের নাম নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট "বিন্দু")

-ডটমাস্টার
তালিকায় অতিরিক্ত মাস্টার={name} হিসেবে ব্যবহৃত গ্রুপের নাম

-NOGroup
.kin ফরম্যাটের আউটপুটে @group স্টেটমেন্ট তৈরি করবেন না

-কাইনমেজ
.kin ফরম্যাট আউটপুটের উপরে @kinemage 1 স্টেটমেন্ট যোগ করুন

-গণনা
বিন্দু গণনা তৈরি করুন - একটি ডটলিস্ট নয়

-আনফরমেড
আউটপুট কাঁচা বিন্দু তথ্য

নাম:প্যাট:টাইপ:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:type:type:x:y:z:sBval:tBval:

-ফরম্যাট
O-তে প্রদর্শনের জন্য আউটপুট ডট তথ্য ফরম্যাট করা হয়েছে

-এক্সভিফরম্যাট
XtalView এ প্রদর্শনের জন্য আউটপুট ডট তথ্য ফরম্যাট করা হয়েছে

-এক লাইন
একটি লাইন আউটপুট: contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
ফাঁক পরিমাণ অনুযায়ী রঙ বিন্দু (ডিফল্ট)

-এটম রঙ
পরমাণুর প্রকার অনুসারে রঙের বিন্দু

-বেস কালার
নিউক্লিক অ্যাসিড বেস টাইপ দ্বারা রঙের বিন্দু

-কালারবেস
ফাঁক এবং নিউক্লিক অ্যাসিড বেস টাইপ দ্বারা রঙের বিন্দু

-আউটকোলার "নাম" এর জন্য বিন্দুর রঙ নির্দিষ্ট করুন -আউট (ডিফল্ট "ধূসর")

-জিএপি ওজন#
স্কোরিং ব্যবধানের জন্য ওজন সেট করুন (ডিফল্ট 0.25)

-বাম্পওয়েট# স্কোরিং বাম্পের জন্য আপেক্ষিক স্কেল সেট করুন (ডিফল্ট 10.0)

-এইচবিওয়েট#
Hbonds স্কোর করার জন্য আপেক্ষিক স্কেল সেট করুন (ডিফল্ট 4.0)

-ডিভালো#।#
বাম্প বিভাগের জন্য বিভাগ (ডিফল্ট -0.4)

-ডিভি হাই#।#
যোগাযোগ বিভাগের জন্য বিভাগ (ডিফল্ট 0.25)

-মাইনোকাপেন্সি#।#
এর নিচে অকুপেন্সি শূন্যের সমান (ডিফল্ট 0.02)

-এলিমেন্ট
কিন আউটপুটে বিভিন্ন উপাদানের জন্য মাস্টার বোতাম যোগ করুন

-নাহবাউট
HBonds এর জন্য পরিচিতি আউটপুট করবেন না

-নক্লাশউট
সংঘর্ষের জন্য পরিচিতি আউটপুট করবেন না

-নভডওয়াউট
ভ্যান ডের ওয়ালস ইন্টারঅ্যাকশনের জন্য পরিচিতিগুলি আউটপুট করবেন না

-শুধুমাত্র
Onlybadout আউটপুট খারাপ সংঘর্ষ (গুরুতর ওভারল্যাপ পরিচিতি)

-সারসংক্ষেপ
পরিচিতি এবং সংঘর্ষের আউটপুট সারাংশ তালিকা

-এক লাইন
ওয়ানলাইনে আউটপুট সারাংশ তালিকা

-নোটিকস
প্রক্রিয়াকরণের সময় অবশিষ্টাংশের নাম টিকার প্রদর্শন করবেন না

- STDBONDs
মান অবশিষ্টাংশে শুধুমাত্র আদর্শ বন্ধন নিদর্শন অনুমান

-অপারেন্ট
প্যারেন্ট ভারী পরমাণুর টেবিলের উপর ভিত্তি করে হাইড্রোজেন বন্ধন করবেন না

-সেজিআইডি অবশিষ্টাংশের মধ্যে বর্ণনা করতে PDB SegID ক্ষেত্র ব্যবহার করুন

-ওল্ডু পুরানো শৈলী তৈরি করুন -u আউটপুট: kissEdge2BullsEye, ইত্যাদি

-ভার্বোস
ভার্বোস মোড (ডিফল্ট)

- রেফারেন্স
রেফারেন্স স্ট্রিং প্রদর্শন করুন

-পরিবর্তন
প্রোগ্রাম পরিবর্তনের একটি তালিকা প্রদর্শন করুন

-চুপ শান্ত ভাব

-সাহায্য প্রসারিত সাহায্য বিজ্ঞপ্তি দেখান (অন্যান্য পতাকা সহ)

-সংস্করণ
এক লাইন সংস্করণ stdout

প্যাটার্ন উপাদান: (কমান্ড লাইনে উদ্ধৃতি দেওয়া উচিত)

ফাইল # ফাইলের মধ্যে #

মডেল# মডেলের মধ্যে #

চাইনা
শিকলের মধ্যে a

SEGaaaa
সেগমেন্ট শনাক্তকারী aaaa (যেখানে _ ফাঁকা প্রতিনিধিত্ব করে)

ALTa বিকল্প গঠন a

ATOMaaaa
পরমাণুর নাম aaaa (যেখানে _ শূন্য প্রতিনিধিত্ব করে) (সমস্ত 4টি অক্ষর ব্যবহার করা হয় তাই H হবে
ATOM_H__)

RESAaa অবশিষ্টাংশ এএএ

# অবশিষ্টাংশ #

#একটি অবশিষ্টাংশ #, একটি সন্নিবেশ করান

#-# অবশিষ্টাংশ পরিসীমা # (কোডগুলি উপেক্ষা করা হয়েছে)

একটি অক্ষর কোড দ্বারা একটি অবশিষ্টাংশের প্রকার (যেমন. y)

তিনটি অক্ষরের কোড দ্বারা aaa অবশিষ্টাংশের ধরন (যেমন tyr)

সমস্ত, প্রোটিন, এমসি, এসসি, বেস, আলফা, বিটা, নাইট্রোজেন, কার্বন,
অক্সিজেন, সালফার, ফসফরাস, হাইড্রোজেন, ধাতু, পোলার,
ননপোলার, চার্জড, ডোনার, গ্রহণকারী, সুগন্ধি, মিথাইল, হিট, ওয়াটার, ডিএনএ, আরএনএ

সমস্ত বা পরমাণুর একটি উপসেট

OLT# দখল # এর থেকে কম (পূর্ণসংখ্যা শতাংশ)

OGT# দখল # এর থেকে বেশি (পূর্ণসংখ্যা শতাংশ)

BLT# B-মান # এর থেকে কম (পূর্ণসংখ্যা)

BGT# B-মান # এর থেকে বড় (পূর্ণসংখ্যা)

INSA সন্নিবেশ কোড a (যেখানে _ খালি প্রতিনিধিত্ব করে)

#.# এর মধ্যে #.#, #.#, #.#
বিন্দু থেকে দূরত্বের মধ্যে পরমাণু

প্যাটার্নগুলিকে কমা বিভক্ত তালিকায় একত্রিত করা যেতে পারে যেমন "trp,phe,tyr" অর্থ
টিআরপি বা পিএইচই বা টিওয়াইআর।

যে প্যাটার্নগুলি ফাঁকা দিয়ে আলাদা করা হয়েছে সেগুলি অবশ্যই সত্য হতে হবে যেমন "চেইনব 1-5" অর্থ
অবশিষ্টাংশ 1 থেকে 5 চেইন B.

আপনি বন্ধনী সহ প্যাটার্নগুলিকে গোষ্ঠীভুক্ত করতে পারেন, | দিয়ে একাধিক প্যাটার্ন আলাদা করতে পারেন৷
এর অর্থ 'বা' এবং NOT এর সাথে পরিপূরক নির্বাচন করুন যেমন "not file1" এর অর্থ নয়
ফাইল 1।

একটি অটোবন্ড্রট ফাইল অন্যান্য PDB ইনপুট ফাইলের মতো কিন্তু এতে তথ্য অন্তর্ভুক্ত থাকে
ঘূর্ণন এবং অন্যান্য রূপান্তর সাপেক্ষে পরমাণু সনাক্তকরণ।

ক্যালফা-সিবেটা বন্ড রোটেশন এবং একটি পর্যায়ক্রমিক দেখানো অটোবন্ড্রট ফাইলের খণ্ডের উদাহরণ
এই ঘূর্ণনের জন্য টর্শন পেনাল্টি ফাংশন

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

অটোবন্ড্রট কমান্ডগুলি ট্রান্সফর্মেশনের মানগুলিকে পৃথক করতে কোলন ব্যবহার করে:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # ডামি

বায়াস ফাংশন:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:মান

শাখা প্রশাখা:
সংরক্ষণ করুন এবং পুনরুদ্ধার করুন বা "(" এবং ")"

(যেমন আইসোলিউসিনের জন্য প্রতিটি চি এবং মিথাইল ঘোরানো

ক্রম হল: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

অভিযোজন সেট করুন: GO:angle1:angle2:... ফাইলগুলি অন্তর্ভুক্ত করুন: @filename মন্তব্য:
# মন্তব্য পাঠ্য

প্রোব: সংস্করণ 2.13.110909, কপিরাইট 1996-2011, জে. মাইকেল ওয়ার্ড

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে king-probe ব্যবহার করুন