এটি হল macs2_bdgdiff কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
macs2_bdgdiff - চিপ-সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য মডেল-ভিত্তিক বিশ্লেষণ
বর্ণনাঃ
ব্যবহার: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C কাটঅফ] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [-outdir OUTDIR] (--o-উপসর্গ OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)
ঐচ্ছিক যুক্তি:
-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন
--t1 T1BDG
শর্ত 1 এর জন্য MACS পাইলআপ বেডগ্রাফ। কলপিকের সাথে বেমানান --এসপিএমআর আউটপুট।
REQUIRED টি
--t2 T2BDG
শর্ত 2 এর জন্য MACS পাইলআপ বেডগ্রাফ। কলপিকের সাথে বেমানান --এসপিএমআর আউটপুট।
REQUIRED টি
--c1 C1BDG
শর্ত 1 এর জন্য MACS নিয়ন্ত্রণ ল্যাম্বডা বেডগ্রাফ। কলপিকের সাথে বেমানান --এসপিএমআর
আউটপুট প্রয়োজন
--c2 C2BDG
শর্ত 2 এর জন্য MACS নিয়ন্ত্রণ ল্যাম্বডা বেডগ্রাফ। কলপিকের সাথে বেমানান --এসপিএমআর
আউটপুট প্রয়োজন
-C বিছিন্ন করা, --বিছিন্ন করা বিছিন্ন করা
লগএলআর কাটঅফ। ডিফল্ট: 3 (সম্ভাবনা অনুপাত=1000)
-l মিনলেন, --মিন-লেন মিনলেন
ডিফারেনশিয়াল অঞ্চলের ন্যূনতম দৈর্ঘ্য। ছোট অঞ্চলগুলি সরাতে বড় মান চেষ্টা করুন।
ডিফল্ট: 200
-g MAXGAP, --max-ব্যবধান MAXGAP
কাছাকাছি ডিফারেনশিয়াল অঞ্চলগুলিকে একত্রিত করার জন্য সর্বাধিক ব্যবধান। বিস্তৃত জন্য একটি বিস্তৃত ফাঁক বিবেচনা করুন
চিহ্ন. সর্বোচ্চ ব্যবধান সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট হওয়া উচিত (-g) ডিফল্ট: 100
--d1 DEPTH1, --গভীরতা1 DEPTH1
শর্ত 1-এর জন্য সিকোয়েন্সিং ডেপথ (অ-অপ্রয়োজনীয় সংখ্যার # মিলিয়নে)। এটি হবে
সঙ্গে একসঙ্গে ব্যবহার করা হয় --d2. জন্য বিবরণ দেখুন --d2 তাদের বরাদ্দ কিভাবে জন্য নীচে.
ডিফল্ট: 1 X
--d2 DEPTH2, --গভীরতা2 DEPTH2
শর্ত 2-এর জন্য সিকোয়েন্সিং ডেপথ (অ-অপ্রয়োজনীয় সংখ্যার # মিলিয়নে)। এটি হবে
সঙ্গে একসঙ্গে ব্যবহার করা হয় --d1. DEPTH1 এবং DEPTH2 স্কেলিং গণনা করতে ব্যবহার করা হবে
প্রতিটি নমুনার ফ্যাক্টর, বৃহত্তর নমুনাকে ছোট একটি স্তরে নামিয়ে আনতে।
উদাহরণস্বরূপ, 10 মিলিয়ন শর্ত 1 এবং 20 মিলিয়ন শর্ত 2 তুলনা করার সময়, ব্যবহার করুন
--d1 10 --d2 20, তারপর শর্ত 2-এর জন্য বেডগ্রাফে পাইলআপ মানকে ভাগ করা হবে
2. ডিফল্ট: 1
-- বাইরে OUTDIR
নির্দিষ্ট করা হলে সমস্ত আউটপুট ফাইল সেই ডিরেক্টরিতে লেখা হবে। ডিফল্ট: the
বর্তমান কাজের ডিরেক্টরি
--o-উপসর্গ OPREFIX
আউটপুট ফাইলের উপসর্গ। প্রকৃত ফাইলের নাম দেওয়া হবে PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed এবং PREFIX_common.bed। সঙ্গে পারস্পরিক একচেটিয়া -o/---অফিল।
-o OFILE OFILE OFILE, --অফিল OFILE OFILE OFILE
আউটপুট ফাইলের নাম। ক্রমানুসারে তিনটি আর্গুমেন্ট দিতে হবে: 1. অনন্য অঞ্চলের জন্য ফাইল
শর্ত 1; 2. শর্ত 2-এ অনন্য অঞ্চলের জন্য ফাইল; 3. সাধারণ অঞ্চলের জন্য ফাইল
উভয় অবস্থায়। দ্রষ্টব্য: এর সাথে পারস্পরিক একচেটিয়া --o-উপসর্গ.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে macs2_bdgdiff ব্যবহার করুন
