এটি ম্যাকস2 কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
macs2 - macs2 - চিপ-সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য মডেল-ভিত্তিক বিশ্লেষণ
বর্ণনাঃ
ব্যবহার: macs2 [-h] [--সংস্করণ]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- চিপ-সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য মডেল-ভিত্তিক বিশ্লেষণ
অবস্থানগত যুক্তি:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
কলপিক
প্রধান MACS2 ফাংশন: প্রান্তিককরণ ফলাফল থেকে কল শিখর.
bdgpeakcall
বেডগ্রাফ আউটপুট থেকে কল পিক। দ্রষ্টব্য: একই ক্রোমোজোমের সমস্ত অঞ্চলে
bedGraph ফাইলটি অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র MACS2 থেকে বেডগ্রাফ ফাইলগুলি
গ্রহণযোগ্য
bdgbroadcall
বেডগ্রাফ আউটপুট থেকে বিস্তৃত শিখর কল করুন। দ্রষ্টব্য: একই ক্রোমোজোমের সমস্ত অঞ্চলে
bedGraph ফাইলটি অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র MACS2 থেকে বেডগ্রাফ ফাইলগুলি
গ্রহণযোগ্য
bdgcmp বেডগ্রাফে দুটি সিগন্যাল ট্র্যাকের তুলনা করে গোলমাল কাটুন। দ্রষ্টব্য: সমস্ত অঞ্চলে
বেডগ্রাফ ফাইলে একই ক্রোমোজোম অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র বেডগ্রাফ ফাইলে
MACS2 থেকে গ্রহণযোগ্য।
bdgopt বেডগ্রাফ ফাইলের স্কোর কলামে অপারেশন। দ্রষ্টব্য: সমস্ত অঞ্চল একই
বেডগ্রাফ ফাইলে ক্রোমোজোম অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র বেডগ্রাফ ফাইল থেকে
MACS2 গ্রহণযোগ্য।
cmbreps
প্রতিলিপি থেকে স্কোরগুলির BEDগ্রাফ একত্রিত করুন। দ্রষ্টব্য: সমস্ত অঞ্চল একই
বেডগ্রাফ ফাইলে ক্রোমোজোম অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র বেডগ্রাফ ফাইল থেকে
MACS2 গ্রহণযোগ্য।
bdgdiff
পেয়ার করা চারটি বেডগ্রাফ ফাইলের উপর ভিত্তি করে ডিফারেনশিয়াল পিক ডিটেকশন। দ্রষ্টব্য: সমস্ত অঞ্চল
বেডগ্রাফ ফাইলে একই ক্রোমোজোমের উপর অবিচ্ছিন্ন হওয়া উচিত তাই শুধুমাত্র বেডগ্রাফ
MACS2 থেকে ফাইলগুলি গ্রহণযোগ্য।
ফিল্টারডআপ
একই অবস্থানে ডুপ্লিকেট রিডগুলি সরান, তারপর গ্রহণযোগ্য বিন্যাসকে BED এ রূপান্তর করুন
বিন্যাস।
ভবিষ্যদ্বাণী
প্রান্তিককরণ ফলাফল থেকে d বা খণ্ডের আকার অনুমান করুন। *ডুপ্লিকেট ফিল্টার করা হবে না*
পাইলআপ পাইলআপ সারিবদ্ধ একটি প্রদত্ত এক্সটেনশন আকারের সাথে পাঠ করে (এমএসিএস-এ টুকরো আকার বা ডি
ভাষা). মনে রাখবেন ডুপ্লিকেট রিড ফিল্টারিং বা সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য কোন ধাপ থাকবে না
গভীরতা স্কেলিং, তাই আপনাকে নির্দিষ্ট প্রি/পোস্টপ্রসেসিং করতে হতে পারে।
র্যান্ডস্যাম্পল
এলোমেলোভাবে নমুনা সংখ্যা/মোট পাঠের শতাংশ।
রিফাইনপিক
(পরীক্ষামূলক) কাঁচা পঠন সারিবদ্ধকরণ নিন, পিক সামিট পরিমার্জন করুন এবং স্কোর দিন
ওয়েস্টন/ক্রিক ট্যাগের ভারসাম্য পরিমাপ করা। SPP দ্বারা অনুপ্রাণিত.
ঐচ্ছিক যুক্তি:
-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন
--সংস্করণ
প্রোগ্রামের সংস্করণ নম্বর দেখান এবং প্রস্থান করুন
প্রতিটি কমান্ডের কমান্ড লাইন বিকল্পের জন্য, টাইপ করুন: macs2 COMMAND -h
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে macs2 ব্যবহার করুন
