mafft-fftnsi - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

mafft - অ্যামিনো অ্যাসিড বা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য একাধিক প্রান্তিককরণ প্রোগ্রাম

সাইনোপিসিস

mafft [অপশন] ইনপুট [> আউটপুট]

লিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

জিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

einsi ইনপুট [> আউটপুট]

fftnsi ইনপুট [> আউটপুট]

fftns ইনপুট [> আউটপুট]

nwns ইনপুট [> আউটপুট]

nwnsi ইনপুট [> আউটপুট]

mafft-প্রোফাইল group1 group2 [> আউটপুট]

ইনপুট, group1 এবং group2 FASTA ফর্ম্যাটে হতে হবে।

বর্ণনাঃ

MAFFT ইউনিক্স-এর মতো অপারেটিং সিস্টেমের জন্য একটি মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম। এটি প্রস্তাব
একাধিক প্রান্তিককরণ পদ্ধতির একটি পরিসীমা।

নির্ভুলতা-ভিত্তিক পদ্ধতি:
· L-INS-i (সম্ভবত সবচেয়ে নির্ভুল; <200 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; পুনরাবৃত্তিমূলক পরিমার্জন
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ সারিবদ্ধকরণ তথ্য অন্তর্ভুক্ত করার পদ্ধতি):

mafft --স্থানীয় পেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

লিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

· G-INS-i (অনুরূপ দৈর্ঘ্যের ক্রমগুলির জন্য উপযুক্ত; <200 ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত;
পুনরাবৃত্ত পরিমার্জন পদ্ধতি বিশ্বব্যাপী জোড়া অনুসারে প্রান্তিককরণ তথ্য অন্তর্ভুক্ত করে):

mafft --গ্লোবালপেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

জিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

· ই-আইএনএস-আই (বড় অসংখ্যাযোগ্য অঞ্চল ধারণকারী ক্রমগুলির জন্য উপযুক্ত; এর জন্য প্রস্তাবিত
<200 ক্রম):

mafft --ep 0 --জেনাফপেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

einsi ইনপুট [> আউটপুট]

E-INS-i এর জন্য, --ep 0 বিকল্প বড় ফাঁক অনুমতি সুপারিশ করা হয়.

গতি-ভিত্তিক পদ্ধতি:
· FFT-NS-i (পুনরাবৃত্ত পরিশোধন পদ্ধতি; শুধুমাত্র দুটি চক্র):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 2 ইনপুট [> আউটপুট]

fftnsi ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-i (পুনরাবৃত্ত পরিশোধন পদ্ধতি; সর্বোচ্চ 1000 পুনরাবৃত্তি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-2 (দ্রুত; প্রগতিশীল পদ্ধতি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 0 ইনপুট [> আউটপুট]

fftns ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-1 (খুব দ্রুত; >2000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; রুক্ষ সহ প্রগতিশীল পদ্ধতি
গাইড গাছ):

mafft -- বৃক্ষ 1 -- সর্বোচ্চ করা 0 ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-i (এফএফটি আনুমানিকতা ছাড়াই পুনরাবৃত্তিমূলক পরিশোধন পদ্ধতি; শুধুমাত্র দুটি চক্র):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 2 --নফ্ট ইনপুট [> আউটপুট]

nwnsi ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-2 (দ্রুত; FFT আনুমানিকতা ছাড়া প্রগতিশীল পদ্ধতি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 0 --নফ্ট ইনপুট [> আউটপুট]

nwns ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-PartTree-1 (~10,000 থেকে ~50,000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; প্রগতিশীল পদ্ধতি
PartTree অ্যালগরিদম সহ):

mafft -- বৃক্ষ 1 -- সর্বোচ্চ করা 0 --নফ্ট --পার্টট্রি ইনপুট [> আউটপুট]

দলে দলে প্রান্তিককরণ

mafft-প্রোফাইল group1 group2 [> আউটপুট]

বা:

mafft -- সর্বোচ্চ করা 1000 --বীজ group1 --বীজ group2 /dev/null [> আউটপুট]

বিকল্প

অ্যালগরিদম
--অটো
L-INS-i, FFT-NS-i এবং FFT-NS-2 থেকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে একটি উপযুক্ত কৌশল নির্বাচন করে,
তথ্য আকার অনুযায়ী। ডিফল্ট: বন্ধ (সর্বদা FFT-NS-2)

--6 মারজোড়
ভাগ করা 6mers সংখ্যার উপর ভিত্তি করে দূরত্ব গণনা করা হয়। ডিফল্ট: চালু

--গ্লোবালপেয়ার
সমস্ত পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট নিডলম্যান-উন্স অ্যালগরিদম দিয়ে গণনা করা হয়। আরও
নির্ভুল কিন্তু --6 মারপেয়ারের চেয়ে ধীর। বিশ্বব্যাপী সারিবদ্ধ একটি সেটের জন্য উপযুক্ত
ক্রম ~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। --maxiterate 1000-এর সাথে একটি সংমিশ্রণ
সুপারিশ করা হয় (G-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--স্থানীয় পেয়ার
সমস্ত জোড়া সারিবদ্ধকরণ স্মিথ-ওয়াটারম্যান অ্যালগরিদমের সাথে গণনা করা হয়। আরও সঠিক
কিন্তু --6 merpair থেকে ধীর। স্থানীয়ভাবে সারিবদ্ধ ক্রমগুলির একটি সেটের জন্য উপযুক্ত।
~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। --maxiterate 1000-এর সাথে একটি সংমিশ্রণ হল
প্রস্তাবিত (L-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--জেনাফপেয়ার
সমস্ত পেয়ারওয়াইজ সারিবদ্ধকরণগুলি সাধারণীকৃত সহ একটি স্থানীয় অ্যালগরিদমের সাথে গণনা করা হয়
affine ফাঁক খরচ (Altschul 1998)। আরো নির্ভুল কিন্তু --6merpair এর চেয়ে ধীর। উপযুক্ত
যখন বড় অভ্যন্তরীণ ফাঁক প্রত্যাশিত হয়। ~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। ক
--maxiterate 1000-এর সাথে সমন্বয় বাঞ্ছনীয় (E-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer
দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--ফাস্টপেয়ার
সমস্ত জোড়া সারিবদ্ধকরণ FASTA (Pearson and Lipman 1988) দিয়ে গণনা করা হয়। FASTA হল
প্রয়োজনীয় ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--ওজন সংখ্যা
জোড় অনুসারে সারিবদ্ধকরণ থেকে গণনা করা সামঞ্জস্যতার মেয়াদের জন্য ওয়েটিং ফ্যাক্টর। বৈধ
যখন --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair বা --blastpair হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: 2.7

-- বৃক্ষ সংখ্যা
গাইড ট্রি নির্মিত হয়েছে সংখ্যা প্রগতিশীল পর্যায়ে বার. 6mer দূরত্ব সহ বৈধ।
ডিফল্ট: 2 X

-- সর্বোচ্চ করা সংখ্যা
সংখ্যা পুনরাবৃত্তিমূলক পরিশোধন চক্র সঞ্চালিত হয়. ডিফল্ট: 0

--এফএফটি
গ্রুপ থেকে গ্রুপ প্রান্তিককরণে FFT আনুমানিকতা ব্যবহার করুন। ডিফল্ট: চালু

--নফ্ট
গ্রুপ-টু-গ্রুপ অ্যালাইনমেন্টে FFT আনুমানিক ব্যবহার করবেন না। ডিফল্ট: বন্ধ

--ফলাফলশূন্য
সারিবদ্ধকরণ স্কোর পুনরাবৃত্তিমূলক পরিমার্জন পর্যায়ে পরীক্ষা করা হয় না। ডিফল্ট: বন্ধ (স্কোর
আমি পরীক্ষা করে দেখেছি)

--মেমসেভ
Myers-Miller (1988) অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়ভাবে চালু যখন
প্রান্তিককরণের দৈর্ঘ্য 10,000 (aa/nt) ছাড়িয়ে গেছে।

--পার্টট্রি
2007 মের দূরত্ব সহ একটি দ্রুত ট্রি-বিল্ডিং পদ্ধতি ব্যবহার করুন (PartTree, Katoh and Toh 6)।
একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) অনুক্রমের জন্য প্রস্তাবিত ইনপুট। ডিফল্ট: বন্ধ

--ডিপিপার্টট্রি
PartTree অ্যালগরিদম DP এর উপর ভিত্তি করে দূরত্বের সাথে ব্যবহার করা হয়। সামান্য আরো সঠিক এবং
--পার্টট্রির চেয়ে ধীর। একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) অনুক্রমের জন্য প্রস্তাবিত
ইনপুট. ডিফল্ট: বন্ধ

--ফাস্টপার্টট্রি
PartTree অ্যালগরিদম FASTA ভিত্তিক দূরত্বের সাথে ব্যবহার করা হয়। একটু বেশি নির্ভুল
এবং --parttree এর চেয়ে ধীর। একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত৷
ইনপুট হয় FASTA প্রয়োজন। ডিফল্ট: বন্ধ

--খণ্ডিত সংখ্যা
PartTree অ্যালগরিদমে পার্টিশনের সংখ্যা। ডিফল্ট: 50

--গ্রুপ আকার সংখ্যা
থেকে বড় প্রান্তিককরণ করবেন না সংখ্যা ক্রম শুধুমাত্র --*পার্টট্রির সাথে বৈধ
বিকল্প ডিফল্ট: ইনপুট সিকোয়েন্সের সংখ্যা

স্থিতিমাপ
--op সংখ্যা
গ্রুপ থেকে গ্রুপ প্রান্তিককরণে ফাঁক খোলার পেনাল্টি। ডিফল্ট: 1.53

--ep সংখ্যা
অফসেট মান, যা গ্রুপ-টু-গ্রুপ সারিবদ্ধতার জন্য গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টির মতো কাজ করে।
ডিফল্ট: 0.123 X

--লোপ সংখ্যা
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্টে গ্যাপ ওপেনিং পেনাল্টি। বৈধ যখন --localpair বা
--genafpair বিকল্প নির্বাচন করা হয়েছে। ডিফল্ট: -2.00

--লেপ সংখ্যা
স্থানীয় জোড়া অনুসারে সারিবদ্ধকরণে অফসেট মান। বৈধ যখন --localpair বা --genafpair
বিকল্প নির্বাচন করা হয়। ডিফল্ট: 0.1

--লেক্সপ সংখ্যা
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্টে গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি। বৈধ যখন --localpair বা
--genafpair বিকল্প নির্বাচন করা হয়েছে। ডিফল্ট: -0.1

--LOP সংখ্যা
প্রান্তিককরণ এড়িয়ে যাওয়ার জন্য ফাঁক খোলার পেনাল্টি। বৈধ যখন --genafpair বিকল্প হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: -6.00

--লেক্সপ সংখ্যা
সারিবদ্ধকরণ এড়িয়ে যাওয়ার জন্য গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি। বৈধ যখন --genafpair বিকল্প হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: 0.00

--বিএল সংখ্যা
ব্লুসম সংখ্যা ম্যাট্রিক্স (Henikoff and Henikoff 1992) ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা=30, 45, 62 বা 80।
ডিফল্ট: 62 X

--jtt সংখ্যা
জেটিটি পিএএম সংখ্যা (Jones et al. 1992) ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা>0 ডিফল্ট: BLOSUM62

--tm সংখ্যা
ট্রান্সমেমব্রেন PAM সংখ্যা (Jones et al. 1994) ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা>0 ডিফল্ট:
BLOSUM62

--aamatrix ম্যাট্রিক্সফাইল
একটি ব্যবহারকারী-সংজ্ঞায়িত AA স্কোরিং ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন। এর বিন্যাস ম্যাট্রিক্সফাইল যে একই
বিস্ফোরণ. উপেক্ষা করা হয় যখন নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ইনপুট হয়। ডিফল্ট: BLOSUM62

--এফ মডেল
স্কোরিং ম্যাট্রিক্সে AA/nuc রচনা তথ্য অন্তর্ভুক্ত করুন। ডিফল্ট: বন্ধ

আউটপুট
--ক্লাস্টালআউট
আউটপুট বিন্যাস: ক্লাসাল বিন্যাস। ডিফল্ট: বন্ধ (ফাস্ট ফরম্যাট)

--ইনপুট অর্ডার
আউটপুট অর্ডার: ইনপুট হিসাবে একই. ডিফল্ট: চালু

--পুনঃক্রম
আউটপুট অর্ডার: সারিবদ্ধ। ডিফল্ট: বন্ধ (ইনপুটর্ডার)

--বৃক্ষ
গাইড গাছ আউটপুট হয় ইনপুট.ট্রি ফাইল। ডিফল্ট: বন্ধ

-- শান্ত
অগ্রগতি রিপোর্ট করবেন না। ডিফল্ট: বন্ধ

ইনপুট
--nuc
অনুমান করুন ক্রমগুলি নিউক্লিওটাইড। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়

--অ্যামিনো
অনুমান ক্রমগুলি অ্যামিনো অ্যাসিড। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়

--বীজ প্রান্তিককরণ1 [--বীজ প্রান্তিককরণ2 --বীজ প্রান্তিককরণ3 ...]
দেওয়া বীজ প্রান্তিককরণ প্রান্তিককরণ_n (fasta বিন্যাস) মধ্যে অনুক্রমের সাথে সারিবদ্ধ করা হয়
ইনপুট. প্রতিটি বীজের মধ্যে প্রান্তিককরণ সংরক্ষিত হয়।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mafft-fftnsi ব্যবহার করুন