āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ masai_output_pe āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
masai_output_pe - āĻŽāĻžāĻ¸āĻžāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ - āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻĄ āĻāĻ¨ā§āĻĄ āĻŽā§āĻĄ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
masai_output_pe [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻŽāĻžāĻ¸āĻžāĻ āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻžāĻ°
āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻāĻŋāĻ
āĻĻā§āĻ http://www.seqan.de/projects/masai āĻāĻ°āĻ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯.
(c) āĻāĻĒāĻŋāĻ°āĻžāĻāĻ 2011-2012 Enrico Siragusa āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻžāĨ¤
-h, --help
āĻāĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§.
--āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ
āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻ āĻĒāĻļāĻ¨:
-āĻāĻ¨āĻāĻŋ, --āĻ¨ā§-āĻĢāĻžāĻāĻ
āĻĢāĻžāĻāĻ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤
-ll, --āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋ-āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ NUM āĻāĻŋ
āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 220āĨ¤
-āĻ˛ā§, --āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋ-āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻāĻŋ NUM āĻāĻŋ
āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸āĻšāĻ¨āĻļā§āĻ˛āĻ¤āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 50āĨ¤
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ:
-t, --tmp-āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻžāĻ° STR
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻļāĻžāĻ˛ āĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
-o, --āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻ°āĻŋāĻĄāĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°
āĻšāĻ˛: āĻāĻžāĻāĻāĻž āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĨ¤
-āĻāĻ¨āĻ¸āĻŋ, --āĻ¨āĻž-āĻ¸āĻŋāĻāĻžāĻ°
CIGAR āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° SAM āĻāĻāĻāĻĒā§āĻāĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻŦāĻžāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ:
-nd, --āĻ¨āĻž-āĻĄāĻžāĻŽā§āĻĒ
āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ āĻĄāĻžāĻŽā§āĻĒ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤
āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ
masai_output_pe āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ: 0.7.1 [14053] āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻļā§āĻˇ āĻāĻĒāĻĄā§āĻ 2013-05-16
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ masai_output_pe āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨